8ou6

Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11c

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cereblon isoform 4

Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 v2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–123 链 B； UniProt 20–123 链 C； UniProt 20–123	未记录	ZN ZINC ION × 3 W26 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methyl-benzamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.84 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8OU6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V2Y Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5, 15%(W/V) PEG 4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.195
4V2Y Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5, 15%(W/V) PEG 4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.195
4V2Y Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5, 15%(W/V) PEG 4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.195
4V2Z Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pomalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.45 Å R-free 0.203
4V2Z Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pomalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.45 Å R-free 0.203
4V2Z Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pomalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.45 Å R-free 0.203
4V30 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Lenalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15 %(W/V) PEG 6000, 5 %(W/V) GLYCEROL	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
4V30 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Lenalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15 %(W/V) PEG 6000, 5 %(W/V) GLYCEROL	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
4V30 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Lenalidomide 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15 %(W/V) PEG 6000, 5 %(W/V) GLYCEROL	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
4V31 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Deoxyuridine 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 25 %(W/V) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4V31 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Deoxyuridine 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 25 %(W/V) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4V31 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Deoxyuridine 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 25 %(W/V) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4V32 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Y101F mutant 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2, 20 %(W/V) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
4V32 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Y101F mutant 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2, 20 %(W/V) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
4V32 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Y101F mutant 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2, 20 %(W/V) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
5AMH Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, trigonal crystal form 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 7 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 2.2 M CALCIUM CHLORIDE	分辨率 1.20 Å R-free 0.157
5AMI Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash I structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 %(W/V) PEG 6000	分辨率 1.75 Å R-free 0.209
5AMI Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash I structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 %(W/V) PEG 6000	分辨率 1.75 Å R-free 0.209
5AMI Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash I structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 20 %(W/V) PEG 6000	分辨率 1.75 Å R-free 0.209
5AMJ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash II structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
5AMJ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash II structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
5AMJ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thalidomide, Wash II structure 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
5AMK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multiple conformations, hexagonal crystal form 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 64 MM SODIUM CITRATE PH 7.0, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 5000 MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
5AMK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multiple conformations, hexagonal crystal form 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 64 MM SODIUM CITRATE PH 7.0, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 5000 MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
5AMK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multiple conformations, hexagonal crystal form 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 64 MM SODIUM CITRATE PH 7.0, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 5000 MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
5AMK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multiple conformations, hexagonal crystal form 提交 2015-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 64 MM SODIUM CITRATE PH 7.0, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 5000 MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
5OH1 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Aminoglutethimide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
5OH1 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Aminoglutethimide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
5OH1 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Aminoglutethimide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UQ (3~{R})-3-(4-aminophenyl)-3-ethyl-piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate PH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
5OH2 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pyrrolidin-2-one (Butyrolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BAQ pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
5OH2 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pyrrolidin-2-one (Butyrolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BAQ pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
5OH2 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Pyrrolidin-2-one (Butyrolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BAQ pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
5OH3 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Ethosuximide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9V2 (3~{S})-3-ethyl-3-methyl-pyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
5OH3 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Ethosuximide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9V2 (3~{S})-3-ethyl-3-methyl-pyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
5OH3 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Ethosuximide 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
5OH4 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidine-2,6-dione (Glutarimide) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UZ piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
5OH4 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidine-2,6-dione (Glutarimide) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UZ piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
5OH4 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidine-2,6-dione (Glutarimide) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UZ piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
5OH7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Imidazolidine-2,4-dione (Hydantoin) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HYN imidazolidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
5OH7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Imidazolidine-2,4-dione (Hydantoin) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HYN imidazolidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
5OH7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Imidazolidine-2,4-dione (Hydantoin) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.85 Å R-free 0.203
5OH8 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Rolipram 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ROL ROLIPRAM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.95 Å R-free 0.220
5OH8 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Rolipram 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ROL ROLIPRAM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.95 Å R-free 0.220
5OH8 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Rolipram 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.95 Å R-free 0.220
5OH9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thiazolidine-2,4-dione 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 OD3 1,3-thiazolidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
5OH9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thiazolidine-2,4-dione 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 OD3 1,3-thiazolidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
5OH9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Thiazolidine-2,4-dione 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 OD3 1,3-thiazolidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
5OHA Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with 2-Thiohydantoin 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UW 2-sulfanylideneimidazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
5OHA Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with 2-Thiohydantoin 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UW 2-sulfanylideneimidazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
5OHA Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with 2-Thiohydantoin 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9UW 2-sulfanylideneimidazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.55 Å R-free 0.197
5OHB Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidin-2-one (Valerolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 V1L piperidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
5OHB Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidin-2-one (Valerolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 V1L piperidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
5OHB Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidin-2-one (Valerolactam) 提交 2017-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 V1L piperidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
6R0Q Mutant cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with thalidomide metabolite alpha-(o-carboxybenzamido)glutarimide 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–124（124 aa）	突变：A52H, M54Y, F56H, R68N, A72R, I87V, L89Q	ZN ZINC ION × 1 JNW 2-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20 % PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
6R0Q Mutant cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with thalidomide metabolite alpha-(o-carboxybenzamido)glutarimide 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	突变：A52H, M54Y, F56H, R68N, A72R, I87V, L89Q	ZN ZINC ION × 1 JNW 2-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20 % PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
6R0Q Mutant cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with thalidomide metabolite alpha-(o-carboxybenzamido)glutarimide 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–124（124 aa）	突变：A52H, M54Y, F56H, R68N, A72R, I87V, L89Q	ZN ZINC ION × 1 JNW 2-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20 % PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
6R0Q Mutant cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with thalidomide metabolite alpha-(o-carboxybenzamido)glutarimide 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–124（124 aa）	突变：A52H, M54Y, F56H, R68N, A72R, I87V, L89Q	ZN ZINC ION × 1 JNW 2-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20 % PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.190
6R0S Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 4a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.55 Å R-free 0.213
6R0S Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 4a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JOE 2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]-6-nitro-benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.55 Å R-free 0.213
6R0S Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 4a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JOH 2-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-4-nitro-isoindole-1,3-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.55 Å R-free 0.213
6R0U Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
6R0U Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 JO8 3-azanyl-2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
6R0U Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5a and hydrolysis product 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JO5 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]isoindole-1,3-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
6R0V Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with hydrolysis product of compound 4b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JO2 2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]-4-nitro-benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
6R0V Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with hydrolysis product of compound 4b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JO2 2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]-4-nitro-benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
6R0V Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with hydrolysis product of compound 4b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JO2 2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]-4-nitro-benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
6R11 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JOB 5-azanyl-2-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]isoindole-1,3-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6R11 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JOB 5-azanyl-2-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]isoindole-1,3-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6R11 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6R12 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.74 Å R-free 0.234
6R12 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JOT ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-2-phenyl-ethanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.74 Å R-free 0.234
6R12 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7b 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.74 Å R-free 0.234
6R13 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7f 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.65 Å R-free 0.224
6R13 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7f 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JOK ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-3-phenyl-propanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.65 Å R-free 0.224
6R13 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7f 提交 2019-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.65 Å R-free 0.224
6R18 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 11a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.197
6R18 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 11a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JOQ [4-(aminomethyl)phenyl]methyl ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamate × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.197
6R18 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 11a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.197
6R19 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
6R19 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 JON [(2~{S})-pyrrolidin-2-yl]methyl ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
6R19 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.201
6R1A Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20b 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 m Ammonium phosphate	分辨率 1.54 Å R-free 0.208
6R1A Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20b 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 m Ammonium phosphate	分辨率 1.54 Å R-free 0.208
6R1A Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20b 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JP8 [(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]methyl ~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 m Ammonium phosphate	分辨率 1.54 Å R-free 0.208
6R1C Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 12a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ASP ASPARTIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
6R1C Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 12a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 JOW 4-[[4-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyloxymethyl]phenyl]methylamino]-4-oxidanylidene-butanoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
6R1C Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 12a 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
6R1D Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7d, co-crystallized 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JP5 (phenylmethyl) ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15 % PEG 6K, 5 % Glycerol	分辨率 1.10 Å R-free 0.150
6R1D Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7d, co-crystallized 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JP5 (phenylmethyl) ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15 % PEG 6K, 5 % Glycerol	分辨率 1.10 Å R-free 0.150
6R1K Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7c 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JPB ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-2,4,6-tris(chloranyl)benzamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6R1K Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7c 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JPB ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-2,4,6-tris(chloranyl)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6R1K Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7c 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JPB ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-2,4,6-tris(chloranyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6R1W Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 16b 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.198
6R1W Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 16b 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 JPW (4-azanylcyclohexyl)methyl ~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.198
6R1W Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 16b 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 JPW (4-azanylcyclohexyl)methyl ~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium Phosphate	分辨率 1.35 Å R-free 0.198
6R1X Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7a 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JPQ ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-3-methyl-but-2-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6R1X Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7a 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 JPQ ~{N}-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-3-methyl-but-2-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
6R1X Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 7a 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.4 M Ammonium phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7PJK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with a benzotriazole analog of thalidomide 提交 2021-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 7SE (3S)-3-(benzotriazol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M (NH4)2HPO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.254
7PJK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with a benzotriazole analog of thalidomide 提交 2021-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 7SE (3S)-3-(benzotriazol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M (NH4)2HPO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.254
7PJK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with a benzotriazole analog of thalidomide 提交 2021-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M (NH4)2HPO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.254
7PS9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Iberdomide (CC-220) 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7PS9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Iberdomide (CC-220) 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7PS9 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Iberdomide (CC-220) 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7PSO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122) 提交 2021-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.52 Å R-free 0.217
7PSO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122) 提交 2021-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.52 Å R-free 0.217
7PSO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Avadomide (CC-122) 提交 2021-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 835 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.52 Å R-free 0.217
7SHH Bacterial cereblon homologue in complex with (R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione 提交 2021-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9FT (3R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0. 1M sodium acetate and 16% PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
7SHH Bacterial cereblon homologue in complex with (R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione 提交 2021-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9FT (3R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0. 1M sodium acetate and 16% PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
7SHH Bacterial cereblon homologue in complex with (R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione 提交 2021-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 9FT (3R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0. 1M sodium acetate and 16% PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
8AOP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 14r 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MW6 (3S)-3-[(3-aminophenyl)sulfanylmethyl]piperidine-2,6-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.227
8AOP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 14r 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MW6 (3S)-3-[(3-aminophenyl)sulfanylmethyl]piperidine-2,6-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.227
8AOP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 14r 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 1.94 Å R-free 0.227
8AOQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 N8F (3~{S})-3-(phenylsulfonylmethyl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 2.09 Å R-free 0.233
8AOQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 N8F (3~{S})-3-(phenylsulfonylmethyl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 2.09 Å R-free 0.233
8AOQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.4M Ammonium Phosphate	分辨率 2.09 Å R-free 0.233
8BC6 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aspartimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.223
8BC6 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aspartimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.223
8BC6 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aspartimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.223
8BC7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aminoglutarimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.211
8BC7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aminoglutarimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.211
8BC7 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex an aminoglutarimide degron peptide 提交 2022-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.72 Å R-free 0.211
8C3H Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex a long aspartimide degron peptide 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；274 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.71 Å R-free 0.210
8C3H Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex a long aspartimide degron peptide 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；274 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.71 Å R-free 0.210
8C3H Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex a long aspartimide degron peptide 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；274 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.71 Å R-free 0.210
8OU3 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 8d 提交 2023-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 EF2 S-Thalidomide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3 W1T 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-fluoranyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.47 Å R-free 0.238
8OU4 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11a 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 W2F 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-chloranyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 2.25 Å R-free 0.269
8OU4 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11a 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 W2F 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-chloranyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 2.25 Å R-free 0.269
8OU4 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11a 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 2.25 Å R-free 0.269
8OU5 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11b 提交 2023-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–124（124 aa）链 B 1–124（124 aa）链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 W1X 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
8OU7 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11d 提交 2023-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 W1F 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methoxy-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
8OU7 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11d 提交 2023-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 W1F 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methoxy-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
8OU7 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11d 提交 2023-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 W1F 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methoxy-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
8OU9 Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11e 提交 2023-04-22	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–123（106 aa）链 B 18–123（106 aa）链 C 18–123（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 W1B 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-oxidanyl-benzamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.75 Å R-free 0.224
8OUA Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11f 提交 2023-04-22	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–123（105 aa）链 B 19–123（105 aa）链 C 18–123（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 W0Z 4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(fluoranyl)-3-methoxy-benzamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；0.5 M (NH4)H2PO4	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
8RDP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8a 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ7 (5~{S})-3-(2-chlorophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.76 Å R-free 0.230
8RDP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8a 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ7 (5~{S})-3-(2-chlorophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.76 Å R-free 0.230
8RDP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8a 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ7 (5~{S})-3-(2-chlorophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.76 Å R-free 0.230
8RDQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8b 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YQO (5S)-3-(2,4-dichlorophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
8RDQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8b 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 YQO (5S)-3-(2,4-dichlorophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
8RDQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8b 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
8RDR Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ3 (5~{S})-3-(2-nitrophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.58 Å R-free 0.214
8RDR Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ3 (5~{S})-3-(2-nitrophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.58 Å R-free 0.214
8RDR Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8g 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ3 (5~{S})-3-(2-nitrophenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.58 Å R-free 0.214
8RDS Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8i 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ6 (5~{S})-3-(2-methoxyphenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
8RDS Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8i 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ6 (5~{S})-3-(2-methoxyphenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
8RDS Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8i 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
8RDT Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8j 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ2 (5~{S})-3-(2,3,4-trimethoxyphenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM Thalidomide	分辨率 1.95 Å R-free 0.242
8RDT Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8j 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1HZ2 (5~{S})-3-(2,3,4-trimethoxyphenyl)-1-oxa-2,9-diazaspiro[4.5]dec-2-ene-8,10-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM Thalidomide	分辨率 1.95 Å R-free 0.242
8RDT Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8j 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM Thalidomide	分辨率 1.95 Å R-free 0.242
9GJQ Crystal structure of humanised cereblon from Magnetospirillum gryphiswaldense bound by dihydrouracil-indole compound [1-(1H-indol-6-yl)dihydro-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione]. 提交 2024-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–124（107 aa）	突变：A52H, M54Y, F56H, F77H, Y101F, R117A	A1IMN 1-(1H-indol-6-yl)-1,3-diazinane-2,4-dione × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10 % PEG8000, 8 % ethylene glycol and 100 mM Na-HEPES buffer (pH 7.5)	分辨率 1.39 Å R-free 0.209
9HTK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2n 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IXA (3S)-3-phenylsulfanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.49 Å R-free 0.210
9HTK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2n 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1I4R (3R)-3-phenylsulfanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.49 Å R-free 0.210
9HTK Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2n 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IXA (3S)-3-phenylsulfanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.49 Å R-free 0.210
9HTL Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2j 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW9 (3~{R})-3-phenoxypiperidine-2,6-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.74 Å R-free 0.217
9HTL Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2j 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW9 (3~{R})-3-phenoxypiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.74 Å R-free 0.217
9HTL Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2j 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.74 Å R-free 0.217
9HTM Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2o 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW8 (3R)-3-phenylazanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
9HTM Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2o 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW8 (3R)-3-phenylazanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
9HTM Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2o 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1I4P (3S)-3-phenylazanylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
9HTN Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2s 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW7 (3R)-3-(3,4-dihydro-2H-quinolin-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
9HTN Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2s 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1I4Q (3S)-3-(3,4-dihydro-2H-quinolin-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
9HTN Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2s 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1I4Q (3S)-3-(3,4-dihydro-2H-quinolin-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
9HTO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2r 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW6 (3~{S})-3-indol-1-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
9HTO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2r 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW6 (3~{S})-3-indol-1-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
9HTO Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2r 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW6 (3~{S})-3-indol-1-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
9HTP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2p 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 2.35 Å R-free 0.281
9HTP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2p 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW5 (3~{S})-3-[methyl(phenyl)amino]piperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 2.35 Å R-free 0.281
9HTP Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2p 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3mM thalidomide	分辨率 2.35 Å R-free 0.281
9HTQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2u 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW4 (3~{S})-3-carbazol-9-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.63 Å R-free 0.202
9HTQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2u 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW4 (3~{S})-3-carbazol-9-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.63 Å R-free 0.202
9HTQ Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with glutarimide based compound 2u 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–124（124 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IW4 (3~{S})-3-carbazol-9-ylpiperidine-2,6-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide	分辨率 1.63 Å R-free 0.202

共 61 个其他 PDB 条目、172 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A4TVL0_9PROT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–105； UniProt 20–123 作者链 B； PDB构建体 2–105； UniProt 20–123 作者链 C； PDB构建体 2–105； UniProt 20–123

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ou6
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
结构标题 title	Cereblon isoform 4 in complex with novel Benzamide-Type Cereblon Binder 11c
关键词 keywords	Cereblon, PROTAC, E3, molecular glue, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.07 Å
零角强度 I(0) i0	16299700.00
分子量 molecular_weight	29289.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35952 Å³
包络体积 envelope_volume	43128 Å³
水化壳体积 shell_volume	18308 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.70 Å
包络 Rg envelope_rg	20.05 Å
形状 Rg shape_rg	20.05 Å
总 Rg total_rg	20.89 Å
总原子数 total_atoms	3858
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9168
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.598
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2056000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cereblon isoform 4
分子量 formula_weight	11748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3954

ASIFRCRQCGQTISRRDWLLPMGGDHEHVVFNPAGMIFRVWCFSLAQGLRLIGAPSGEFSWFKGYDWTIALCGQCGSHLGWHYEGGSQPQTFFGLIKDRLAEGPA

来源 Source

来源生物 organism	Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 v2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1430440
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2-methyl-benzamide
分子量 formula_weight	261.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.989 Å
晶胞边长 b length_b	59.126 Å
晶胞边长 c length_c	87.139 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	37.120 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/ou/8ou6/8ou6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ou/8ou6/8ou6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ou/8ou6/8ou6.dat