8p0y

The crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 182.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p0y
沉积日期 deposition_date	2023-05-11
结构标题 title	The crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
关键词 keywords	Nucleoprotein, viral protein, Filovirus, Mengla; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.59 Å
零角强度 I(0) i0	197184000.00
分子量 molecular_weight	113240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140840 Å³
包络体积 envelope_volume	240920 Å³
水化壳体积 shell_volume	43422 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.30 Å
包络 Rg envelope_rg	53.71 Å
形状 Rg shape_rg	53.60 Å
总 Rg total_rg	53.19 Å
总原子数 total_atoms	8000
残基数 n_residues	989
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.4 Å
Rg (实空间) rg_real	53.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	196700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6512
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.675
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.295; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.330; Smooth: 0.245

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	14277.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,Z,Y,T,P,S,X,W,Q,R,U,a,O,A
原子数 atom_count	8000

GPLGSGDMGAAEHTLDPFGDMPPLETDVLTPQDTATVPSAPPSSPTPSTNRQGEAQTQNGEDSSQDWPRRVKTNKGREFMFPTDLLHRTPPQVLLDALVNEYESPLSATELSDDWPEMTFEERKNVAFNL

来源 Source

来源生物 organism	Mengla dianlovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
分子量 formula_weight	443.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mengla dianlovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
分子量 formula_weight	2826.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mengla dianlovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	C-terminal domain of Mengla nucleoprotein
分子量 formula_weight	2911.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mengla dianlovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	177.182 Å
晶胞边长 b length_b	177.182 Å
晶胞边长 c length_c	90.953 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	42

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	4.120 Å
最低分辨率 resolution_low	48.900 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2362
R_free r_free	0.2681

fit	/app/data/saxs_computation/p0/8p0y/8p0y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/8p0y/8p0y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/8p0y/8p0y.dat

The crystal structure of the C-terminal domain of Mengla nucleoprotein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)