8p59

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-333

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.1 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein CheA

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 355–540	未记录	WZF 7-(2-phenylethoxy)quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 355–540	未记录	WZF 7-(2-phenylethoxy)quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8P59	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3Q CRYSTAL STRUCTURE OF CHEA-289, A SIGNAL TRANSDUCING HISTIDINE KINASE 提交 1998-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 293–671（379 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN, KINASE DOMAIN AND REGULATORY DOMAIN 链 B 293–671（379 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN, KINASE DOMAIN AND REGULATORY DOMAIN	突变：Q545C, I521M, S522G 突变：Q545C, I521M, S522G	HG MERCURY (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；80MM SUCCINATE, PH 5.5, 20% MPD, 5% ISOPROPANOL, 4% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
1I58 STRUCTURE OF THE HISTIDINE KINASE CHEA ATP-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ATP ANALOG ADPCP AND MAGNESIUM 提交 2001-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4 链 B 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4	突变：R354H, I353S, K352G 突变：R354H, I353S, K352G	ACT ACETATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 8000 33-36% Ammonium acetate 0.8 M sodium acetate 0.085 M pH 4.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K	分辨率 1.60 Å R-free 0.262
1I59 STRUCTURE OF THE HISTIDINE KINASE CHEA ATP-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ADPNP AND MAGENSIUM 提交 2001-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4 链 B 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4	突变：R354H, I353S, K352G 突变：R354H, I353S, K352G	ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 8000 33-36% Ammonium acetate 0.8 M sodium acetate 0.085 M pH 4.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1I5A STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH ADPCP AND MANGANESE 提交 2001-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4 链 B 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4	突变：R354H, I353S, K352G 突变：R354H, I353S, K352G	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 8000 33-36% Ammonium acetate 0.8 M sodium acetate 0.085 M pH 4.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1I5B STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH ADPNP AND MANGANESE 提交 2001-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4 链 B 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4	突变：R354H, I353S, K352G 突变：R354H, I353S, K352G	ACT ACETATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 8000 33-36% Ammonium acetate 0.8 M sodium acetate 0.085 M pH 4.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K	分辨率 1.94 Å R-free 0.265
1I5C STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH ADP 提交 2001-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4 链 B 352–540（189 aa）片段：DOMAIN P4	突变：R354H, I353S, K352G 突变：R354H, I353S, K352G	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 8000 33-36% Ammonium acetate 0.8 M sodium acetate 0.085 M pH 5.0. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293 K	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
1I5D STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH TNP-ATP 提交 2001-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 350–540（191 aa）片段：DOMAIN P4	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 128 SPIRO(2,4,6-TRINITROBENZENE[1,2A]-2O',3O'-METHYLENE-ADENINE-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；sodium acetate 0.1 M Ammonium sulfate 1.9 M, pH 4.7. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298 K	分辨率 2.90 Å R-free 0.312
1TQG CheA phosphotransferase domain from Thermotoga maritima 提交 2004-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–104（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；28% PEG 8K, 0.1M NaOAc pH=4.5, and 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 0.98 Å R-free 0.211
1U0S Chemotaxis kinase CheA P2 domain in complex with response regulator CheY from the thermophile thermotoga maritima 提交 2004-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 175–260（86 aa）片段：CheA histidine kinase P2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 12K, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
2CH4 Complex between Bacterial Chemotaxis histidine kinase CheA domains P4 and P5 and receptor-adaptor protein CheW 提交 2006-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 355–671（317 aa）片段：CHEA KINASE AND REGULATORY DOMAINS, RESIDUES 355-671	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PEG 4K 3-5%,NA ACETATE 0.1M PH 4.5,ADPNP 1MM	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
2CH4 Complex between Bacterial Chemotaxis histidine kinase CheA domains P4 and P5 and receptor-adaptor protein CheW 提交 2006-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 355–671（317 aa）片段：CHEA KINASE AND REGULATORY DOMAINS, RESIDUES 355-671	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PEG 4K 3-5%,NA ACETATE 0.1M PH 4.5,ADPNP 1MM	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
2LD6 Solution Structure of Histidine Phosphotransfer Domain of CheA 提交 2011-05-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）片段：HPt domain residues 1-131	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] P1, 90 % H2O/10 % [U-99% 2H] D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3UR1 The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with a truncated fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2011-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 355–671（317 aa）片段：unp residues 355-671	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris, 15% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 4.50 Å R-free 0.291
4JPB The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with an unzipped fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2013-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 355–671（317 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Cubic shaped crystals (50x50x50 um3) were grown from a mixture of 520 uM Tm14s, 457 uM CheA 354 and 121 uM CheW after 1 month by vapor diffusion from a 2 ul drop (1:1 mixture of protein and reservoir: 500 ul reservoir of 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% w/v polyethylene glycol 4,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.19 Å R-free 0.220
4XIV Kinase and Dimerization (P3P4) of the Thermotoga maritima CheA kinase 提交 2015-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 289–540（252 aa）片段：UNP residues 289-540 链 B 289–540（252 aa）片段：UNP residues 289-540	未记录	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate (pH 5.6), 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
6MI6 STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG 提交 2018-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 353–539（187 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 JSJ 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(1-hydroxy-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl]disulfanyl}phosphoryl]oxy}phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；50 mM Citrate pH 5.5, 2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
6MI6 STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG 提交 2018-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 353–539（187 aa）	未记录	JSJ 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(1-hydroxy-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl]disulfanyl}phosphoryl]oxy}phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；50 mM Citrate pH 5.5, 2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
6MI6 STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG 提交 2018-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 353–539（187 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；50 mM Citrate pH 5.5, 2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
6MI6 STRUCTURE OF CHEA DOMAIN P4 IN COMPLEX WITH AN ADP ANALOG 提交 2018-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 353–539（187 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；290 K；50 mM Citrate pH 5.5, 2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8OYQ Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK13 提交 2023-05-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–540（186 aa）	未记录	W6T quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8OYQ Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK13 提交 2023-05-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–540（186 aa）	未记录	W6T quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8OYZ Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK10 提交 2023-05-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–540（186 aa）	未记录	WXC 2-azanyl-7,8-dihydro-6~{H}-quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
8OYZ Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK10 提交 2023-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 355–540（186 aa）链 B 355–540（186 aa）	未记录	WXC 2-azanyl-7,8-dihydro-6~{H}-quinazolin-5-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
8OYZ Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK10 提交 2023-05-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–540（186 aa）	未记录	WXC 2-azanyl-7,8-dihydro-6~{H}-quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
8OZ9 Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-383 提交 2023-05-08	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–540（186 aa）	未记录	W6E 7-(1~{H}-1,2,3-triazol-5-yl)quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.193
8OZ9 Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-383 提交 2023-05-08	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–540（186 aa）	未记录	W6E 7-(1~{H}-1,2,3-triazol-5-yl)quinazolin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.193
8P3N Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK8 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 355–540（186 aa）链 B 355–540（186 aa）	未记录	ADZ 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
8P3R Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK4 提交 2023-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 355–540（186 aa）链 B 355–540（186 aa）	未记录	WUT 9~{H}-purine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
8PF2 Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK16 提交 2023-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 355–540（186 aa）	未记录	RCO RESORCINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.245
8PF2 Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK16 提交 2023-06-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 355–540（186 aa）	未记录	RCO RESORCINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294.15 K；PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.245

共 21 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHEA_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–189； UniProt 355–540 作者链 B； PDB构建体 4–189； UniProt 355–540

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p59
沉积日期 deposition_date	2023-05-23
最后修订 last_revision	2024-06-12
结构标题 title	Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound QUI-SV-333
关键词 keywords	inhibitor, Transferase, Signaling Protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.35 Å
零角强度 I(0) i0	24412600.00
分子量 molecular_weight	38710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48891 Å³
包络体积 envelope_volume	59308 Å³
水化壳体积 shell_volume	21583 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.92 Å
包络 Rg envelope_rg	23.09 Å
形状 Rg shape_rg	23.34 Å
总 Rg total_rg	24.21 Å
总原子数 total_atoms	5518
残基数 n_residues	344
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9064
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4059000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chemotaxis protein CheA
分子量 formula_weight	21079.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5680

GSHMVPISFVFNRFPRMVRDLAKKMNKEVNFIMRGEDTELDRTFVEEIGEPLLHLLRNAIDHGIEPKEERIAKGKPPIGTLILSARHEGNNVVIEVEDDGRGIDKEKIIRKAIEKGLIDESKAATLSDQEILNFLFVPGFSTKEKVSEVSGRGVGMDVVKNVVESLNGSISIESEKDKGTKVTIRLPLT

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	7-(2-phenylethoxy)quinazolin-2-amine
分子量 formula_weight	265.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	162

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.824 Å
晶胞边长 b length_b	59.087 Å
晶胞边长 c length_c	65.929 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	65.377 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.2304

fit	/app/data/saxs_computation/p5/8p59/8p59.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p5/8p59/8p59.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p5/8p59/8p59.dat