8p7y

Mycoplasma pneumoniae 70S ribosome with second S4 protein on large subunit

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p7y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p7y
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8p7y
沉积日期 deposition_date2023-05-31
结构标题 titleMycoplasma pneumoniae 70S ribosome with second S4 protein on large subunit
关键词 keywordsIn situ, Ribosome, Chloramphenicol, cryo-ET, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier84.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron85.67
零角强度 I(0) i0163269000000.00
分子量 molecular_weight2278200.0 kDa
排除体积 excluded_volume2366700 ų
包络体积 envelope_volume4152900 ų
水化壳体积 shell_volume368860 ų
包络直径 envelope_diameter286.8
壳层 Rg shell_rg100.60
包络 Rg envelope_rg84.24
形状 Rg shape_rg85.76
总 Rg total_rg85.54
总原子数 total_atoms153255
残基数 n_residues11133
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.0
Rg (实空间) rg_real82.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real1.5620e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6580e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164000000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9017
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary108.5
偏度 Skewness skewness0.083
峰度 Kurtosis kurtosis-0.596
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1950
最高正则化参数 α highest_alpha8410000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.953; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.865; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (67)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)