8phd

Structure of Human Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma and ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 123 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–336	未记录	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 1 （P41091） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350 0.2 M lithium citrate 1 mM ATP 5 mM MgCl2	分辨率 2.08 Å R-free 0.205
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–336	未记录	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 × 1 （P41091） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350 0.2 M lithium citrate 1 mM ATP 5 mM MgCl2	分辨率 2.08 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8PHD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8PHV Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma 提交 2023-06-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–336（336 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350, 8% tacsimate	分辨率 1.97 Å R-free 0.222
8PHV Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma 提交 2023-06-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–336（336 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350, 8% tacsimate	分辨率 1.97 Å R-free 0.222

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD123_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–356； UniProt 1–336 作者链 C； PDB构建体 21–356； UniProt 1–336

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

Homo sapiens

UniProt P41091

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 363–472	未记录	Cell division cycle protein 123 homolog × 1 （O75794） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350 0.2 M lithium citrate 1 mM ATP 5 mM MgCl2	分辨率 2.08 Å R-free 0.205
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 363–472	未记录	Cell division cycle protein 123 homolog × 1 （O75794） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350 0.2 M lithium citrate 1 mM ATP 5 mM MgCl2	分辨率 2.08 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8PHD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
28ZU human 48S PIC with Kozak mRNA and eIF1A W70A mutant 提交 2026-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 E 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å
28ZV human 48S PIC with mRNA (non-Kozak) 提交 2026-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 E 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
28ZX human 48S PIC with mRNA (Kozak_1) 提交 2026-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 E 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
28ZY human 48S PIC with mRNA (Kozak_2) 提交 2026-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 E 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
6FEC Human cap-dependent 48S pre-initiation complex 提交 2017-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 S 39–460（422 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Tris HCl, 50 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine 0.25 mM GMPPNP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
6K71 eIF2 - eIF2B complex 提交 2019-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 P 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6K72 eIF2(aP) - eIF2B complex 提交 2019-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 P 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6O81 Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to translation initiation factor 2 from Homo sapiens 提交 2019-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 S 1–472（472 aa）链 T 1–472（472 aa）	未记录	C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
6O85 Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to eukaryotic translation initiation factor 2 from Homo sapiens 提交 2019-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 S 1–472（472 aa）	未记录	C7B 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
6YBV Structure of a human 48S translational initiation complex - eIF2-TC 提交 2020-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZMW Structure of a human 48S translational initiation complex 提交 2020-07-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6ZP4 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2 提交 2020-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 Y 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7A09 Structure of a human ABCE1-bound 43S pre-initiation complex - State III 提交 2020-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 Y 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7D43 eIF2B-eIF2(aP), aPg complex 提交 2020-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 P 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7F66 eIF2B-SFSV NSs-1-eIF2 提交 2021-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 S 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7F67 eIF2B-SFSV NSs-2-eIF2 提交 2021-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 S 1–472（472 aa）链 T 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
7QP6 Structure of the human 48S initiation complex in open state (h48S AUG open) 提交 2022-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 95 mM KOAc, 3.75 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 0.5 mM GTP, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.4 U/uL RiboLock RNase inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by floating home-made continuous carbon on 40 ul sample in the wells of teflon block (custom-made). The sample-covered carbon was then adsorbed to an EM grid.	分辨率 4.70 Å
7QP7 Structure of the human 48S initiation complex in closed state (h48S AUG closed) 提交 2022-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 95 mM KOAc, 3.75 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 0.5 mM GTP, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.4 U/uL RiboLock RNase inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by floating home-made continuous carbon on 40 ul sample in the wells of teflon block (custom-made). The sample-covered carbon was then adsorbed to an EM grid.	分辨率 3.70 Å
8OZ0 Structure of a human 48S translation initiation complex with eIF4F and eIF4A 提交 2023-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 E 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8PHV Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma 提交 2023-06-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 363–472（110 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350, 8% tacsimate	分辨率 1.97 Å R-free 0.222
8PHV Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma 提交 2023-06-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 363–472（110 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG3350, 8% tacsimate	分辨率 1.97 Å R-free 0.222
8PJ1 Structure of human 48S translation initiation complex in open codon scanning state (48S-1) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 90 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.40 Å
8PJ2 Structure of human 48S translation initiation complex in AUG recognition state after eIF5-induced GTP hydrolysis by eIF2 (48S-2) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.40 Å
8PJ3 Structure of human 48S translation initiation complex upon transfer of initiator tRNA to eIF5B (48S-3) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 89 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.70 Å
8PJ4 Structure of human 48S translation initiation complex after eIF5 release (48S-4) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 t 1–472（472 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 89 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.20 Å
8PPL MERS-CoV Nsp1 bound to the human 43S pre-initiation complex 提交 2023-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 It 1–472（472 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 116 MET METHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 129	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.65 Å
8QZZ Crystal structure of human eIF2 alpha-gamma complexed with PPP1R15A_420-452 提交 2023-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–472（472 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11-12% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl pH8.5 supplemented with amino acids	分辨率 3.35 Å R-free 0.299
9HVE Native human eIF2-eIF2B complex 提交 2024-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–472（472 aa）链 P 1–472（472 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9HVF Native human PPP1R15B-P-eIF2-eIF2B complex 提交 2024-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–111； UniProt 363–472 作者链 D； PDB构建体 2–111； UniProt 363–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8phd
沉积日期 deposition_date	2023-06-19
结构标题 title	Structure of Human Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma and ATP
关键词 keywords	eIF2, translation initiation, chaperone, Cdc123, ATP grasp, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.50 Å
零角强度 I(0) i0	132365000.00
分子量 molecular_weight	93137.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117140 Å³
包络体积 envelope_volume	161840 Å³
水化壳体积 shell_volume	40235 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.63 Å
包络 Rg envelope_rg	32.31 Å
形状 Rg shape_rg	33.48 Å
总 Rg total_rg	34.20 Å
总原子数 total_atoms	6569
残基数 n_residues	795
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9059
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.693
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division cycle protein 123 homolog
分子量 formula_weight	41349.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6874

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMKKEHVLHCQFSAWYPFFRGVTIKSVILPLPQNVKDYLLDDGTLVVSGRDDPPTHSQPDSDDEAEEIQWSDDENTATLTAPEFPEFATKVQEAINSLGGSVFPKLNWSAPRDAYWIAMNSSLKCKTLSDIFLLFKSSDFITRDFTQPFIHCTDDSPDPCIEYELVLRKWCELIPGAEFRCFVKENKLIGISQRDYTQYYDHISKQKEEIRRCIQDFFKKHIQYKFLDEDFVFDIYRDSRGKVWLIDFNPFGEVTDSLLFTWEELISENNLNGDFSEVDAQEQDSPAFRCTNSEVTVQPSPYLSYRLPKDFVDLSTGEDAHKLIDFLKLKRNQQEDD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
分子量 formula_weight	12349.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MALPEIFTELEISYFLLRRLLGVRTEGDKKAAKVQKLSKNEVLMVNIGSLSTGGRVSAVKADLGKIVLTNPVCTEVGEKIALSRRVEKHWRLIGWGQIRRGVTIKPTVDDD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	282

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.462 Å
晶胞边长 b length_b	126.020 Å
晶胞边长 c length_c	74.644 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	64.220 Å
R 因子 r_factor	0.1788
R_work r_work	0.1764
R_free r_free	0.2048

fit	/app/data/saxs_computation/ph/8phd/8phd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/8phd/8phd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/8phd/8phd.dat

Structure of Human Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma and ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 123 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)