8pn6

Crystal Structure of co-expressed NS2B-NS3 Protease from Zika Virus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1414–1457 未记录 Genome polyprotein × 1 (A0A142IX72) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;30% w/v PEG 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M acetate (pH 4.8) 分辨率 1.61 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、302 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–46; UniProt 1414–1457

Genome polyprotein

Zika virus

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1507–1673 未记录 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q32ZE1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;30% w/v PEG 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M acetate (pH 4.8) 分辨率 1.61 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A142IX72_ZIKV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–168; UniProt 1507–1673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pn6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pn6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pn6
沉积日期 deposition_date2023-06-29
结构标题 titleCrystal Structure of co-expressed NS2B-NS3 Protease from Zika Virus
关键词 keywordsZika NS2B-NS3, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.00
零角强度 I(0) i08207020.00
分子量 molecular_weight20781.0 kDa
排除体积 excluded_volume25928 ų
包络体积 envelope_volume30119 ų
水化壳体积 shell_volume15640 ų
包络直径 envelope_diameter57.1
壳层 Rg shell_rg22.10
包络 Rg envelope_rg16.41
形状 Rg shape_rg15.96
总 Rg total_rg17.15
总原子数 total_atoms1463
残基数 n_residues195
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.6
Rg (实空间) rg_real17.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real8.2070e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7040e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8207000.0000
解质量估计 total_estimate0.8055
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.0
偏度 Skewness skewness0.161
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2338000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)