8poo

Low resolution structure of inactive conformation of the Ktr cation channel in presence of ATP and c-di-AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 186.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8poo
沉积日期 deposition_date	2023-07-05
最后修订 last_revision	2024-05-15
结构标题 title	Low resolution structure of inactive conformation of the Ktr cation channel in presence of ATP and c-di-AMP
关键词 keywords	Ktr channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.37 Å
零角强度 I(0) i0	1030340000.00
分子量 molecular_weight	293640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	378270 Å³
包络体积 envelope_volume	544600 Å³
水化壳体积 shell_volume	85538 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.69 Å
包络 Rg envelope_rg	53.21 Å
形状 Rg shape_rg	54.36 Å
总 Rg total_rg	54.40 Å
总原子数 total_atoms	20736
残基数 n_residues	2696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.3 Å
Rg (实空间) rg_real	54.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1030000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8526
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.707

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ktr system potassium uptake protein B
分子量 formula_weight	48471.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,A,B
原子数 atom_count	20736

MTLQKDKVIKWVRFTPPQVLAIGFFLTIIIGAVLLMLPISTTKPLSWIDALFTAASATTVTGLAVVDTGTQFTVFGQTVIMGLIQIGGLGFMTFAVLIVMILGKKIGLKERMLVQEALNQPTIGGVIGLVKVLFLFSISIELIAALILSIRLVPQYGWSSGLFASLFHAISAFNNAGFSLWPDNLMSYVGDPTVNLVITFLFITGGIGFTVLFDVMKNRRFKTFSLHTKLMLTGTLMLNAIAMLTVFILEYSNPGTLGHLHIVDKLWASYFQAVTPRTAGFNSLDFGSMREGTIVFTLLLMFIGAGSASTASGIKLTTFIVILTSVIAYLRGKKETVIFRRSIKYPIIIKALAVSVTSLFIVFLGIFALTITEQAPFLQIVFETFSAFGTVGLTMGLTPELTTAGKCIIIVIMFIGRIGPLTFVFSFAKTEQSNIRYPDGEVFTG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ktr system potassium uptake protein A
分子量 formula_weight	32038.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,G

MGRIKNKQFAVIGLGRFGGSIVKELHRMGHEVLAVDINEEKVNAYASYATHAVIANATEENELLSLGIRNFEYVIVAIGANIQASTLTTLLLKELDIPNIWVKAQNYYHHKVLEKIGADRIIHPEKDMGVKIAQSLSDENVLNYLEGSKQFAVIGLGRFGGSIVKELHRMGHEVLAVDINEEKVNAYASYATHAVIANATEENELLSLGIRNFEYVIVAIGANIQASTLTTLLLKELDIPNIWVKAQNYYHHKVLEKIGADRIIHPEKDMGVKIAQSLSDENLELVPR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.795 Å
晶胞边长 b length_b	143.686 Å
晶胞边长 c length_c	160.669 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	5.770 Å
最低分辨率 resolution_low	48.000 Å
R 因子 r_factor	0.4069
R_work r_work	0.4047
R_free r_free	0.4256

fit	/app/data/saxs_computation/po/8poo/8poo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/po/8poo/8poo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/po/8poo/8poo.dat

Low resolution structure of inactive conformation of the Ktr cation channel in presence of ATP and c-di-AMP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)