8pyi

Human IGF1R with inhibitor 6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain

Homo sapiens

UniProt P08069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 BBB; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 CCC; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 DDD; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 EEE; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 FFF; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 GGG; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 HHH; UniProt 974–1286 未记录 IER 3-[8-azanyl-1-(4-ethoxy-8-fluoranyl-2-phenyl-quinolin-7-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]-1-methyl-cyclobutan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Bis-Tris, 0.3 M MgCl2, 20% PEG 3350 分辨率 3.06 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGF1R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 BBB; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 CCC; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 DDD; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 EEE; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 FFF; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 GGG; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286 作者链 HHH; PDB构建体 2–314; UniProt 974–1286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pyi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pyi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pyi
沉积日期 deposition_date2023-07-25
最后修订 last_revision2023-09-20
结构标题 titleHuman IGF1R with inhibitor 6
关键词 keywordsTyrosine, Kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.53
零角强度 I(0) i01029080000.00
分子量 molecular_weight266500.0 kDa
排除体积 excluded_volume333630 ų
包络体积 envelope_volume443180 ų
水化壳体积 shell_volume84313 ų
包络直径 envelope_diameter132.9
壳层 Rg shell_rg50.52
包络 Rg envelope_rg40.74
形状 Rg shape_rg41.52
总 Rg total_rg42.00
总原子数 total_atoms18686
残基数 n_residues2289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.8
Rg (实空间) rg_real41.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real1.0290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1029000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8934
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.2
偏度 Skewness skewness0.047
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha98900000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.895

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)