SAXSdb — 8pyr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-H × 1 （P51946） CDK-activating kinase assembly factor MAT1 × 1 （P51948） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-H × 1 （P51946） CDK-activating kinase assembly factor MAT1 × 1 （P51948） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 1–346 作者链 E； PDB构建体 1–346； UniProt 1–346

Cyclin-H

Homo sapiens

UniProt P51946

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 7 × 1 （P50613） CDK-activating kinase assembly factor MAT1 × 1 （P51948） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 7 × 1 （P50613） CDK-activating kinase assembly factor MAT1 × 1 （P51948） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 F； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

CDK-activating kinase assembly factor MAT1

Homo sapiens

UniProt P51948

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 7 × 1 （P50613） Cyclin-H × 1 （P51946） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 7 × 1 （P50613） Cyclin-H × 1 （P51946） Nanobody (VHH-RD7-04) × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–82； UniProt 230–309 作者链 G； PDB构建体 3–82； UniProt 230–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pyr
沉积日期 deposition_date	2023-07-26
结构标题 title	Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex
关键词 keywords	Cdk7, Cyclin H, Mat1, CDK activating kinase, kinase, phosphorylation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8pyr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8pyr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8pyr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.34 Å
Rg（电子密度）	28.60 Å
总 Rg	29.36 Å
原子数	5833
残基数	730
排除体积	104390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8pyr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8pyr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 7
分子量 formula_weight	39250.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12032

MALDVKSRAKRYEKLDFLGEGQFATVYKARDKNTNQIVAIKKIKLGHRSEAKDGINRTALREIKLLQELSHPNIIGLLDAFGHKSNISLVFDFMETDLEVIIKDNSLVLTPSHIKAYMLMTLQGLEYLHQHWILHRDLKPNNLLLDENGVLKLADFGLAKSFGSPNRAYTHQVVTRWYRAPELLFGARMYGVGVDMWAVGCILAELLLRVPFLPGDSDLDQLTRIFETLGTPTEEQWPDMCSLPDYVTFKSFPGIPLHHIFSAAGDDLLDLIQGLFLFNPCARITATQALKMKYFSNRPGPTPGCQLPRPNCPVETLKEQSNPALAIKRKRTEALEQGGLPKKLIF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-H
分子量 formula_weight	37695.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MYHNSSQKRHWTFSSEEQLARLRADANRKFRCKAVANGKVLPNDPVFLEPHEEMTLCKYYEKRLLEFCSVFKPAMPRSVVGTACMYFKRFYLNNSVMEYHPRIIMLTCAFLACKVDEFNVSSPQFVGNLRESPLGQEKALEQILEYELLLIQQLNFHLIVHNPYRPFEGFLIDLKTRYPILENPEILRKTADDFLNRIALTDAYLLYTPSQIALTAILSSASRAGITMESYLSESLMLKENRTCLSQLLDIMKSMRNLVKKYEPPRSEEVAVLKQKLERCHSAELALNVITKKRKGYEDDDYVSKKSKHEEEEWTDDDLVESL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CDK-activating kinase assembly factor MAT1
分子量 formula_weight	9043.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSGQHISLAPIHKLEEALYEYQPLQIETYGPHVPELEMLGRLGYLNHVRAASPQDLAGGYTSSLACHRALQDAFSGLFWQPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody (VHH-RD7-04)
分子量 formula_weight	12443.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCVASGFTFKNFYMGWVRQAPDKGLEWVATINSGGEIQSYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNNLRPEDTAVYYCSKQSSTPAKGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	384

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晶胞边长 a length_a	119.860 Å
晶胞边长 b length_b	77.866 Å
晶胞边长 c length_c	121.872 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	48.050 Å
R 因子 r_factor	0.2226
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2415

Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CDK-activating kinase assembly factor MAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8pyr__assembly_1__model_1

8pyr__assembly_1__model_1 | I(q)

8pyr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CDK-activating kinase assembly factor MAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8pyr__assembly_1__model_1

8pyr__assembly_1__model_1 | I(q)

8pyr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (2)