8pz6

crystal structure of VDR in complex with D-Bishomo-1a,25-dihydroxyvitamin D3 analog 56

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor A

Danio rerio

UniProt Q9PTN2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 156–453 未记录 Nuclear receptor coactivator 2 × 2 (Q15596) IG5 (1~{R},3~{R})-5-[(2~{E})-2-[(4~{a}~{R},5~{S},9~{a}~{S})-4~{a}-methyl-5-[(2~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-3,4,5,6,7,8,9,9~{a}-octahydro-2~{H}-benzo[7]annulen-1-ylidene]ethylidene]-2-(3-oxidanylpropylidene)cyclohexane-1,3-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;NaAcetate 3M, Hepes 0.1M pH 7.5 分辨率 2.90 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、74 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VDRA_DANRE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–302; UniProt 156–453

Nuclear receptor coactivator 2

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 686–698 未记录 Vitamin D3 receptor A × 2 (Q9PTN2) IG5 (1~{R},3~{R})-5-[(2~{E})-2-[(4~{a}~{R},5~{S},9~{a}~{S})-4~{a}-methyl-5-[(2~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-3,4,5,6,7,8,9,9~{a}-octahydro-2~{H}-benzo[7]annulen-1-ylidene]ethylidene]-2-(3-oxidanylpropylidene)cyclohexane-1,3-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;NaAcetate 3M, Hepes 0.1M pH 7.5 分辨率 2.90 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–13; UniProt 686–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pz6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pz6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pz6
沉积日期 deposition_date2023-07-27
结构标题 titlecrystal structure of VDR in complex with D-Bishomo-1a,25-dihydroxyvitamin D3 analog 56
关键词 keywordsnuclear receptor, vdr, agonist, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.84
零角强度 I(0) i013902700.00
分子量 molecular_weight28971.0 kDa
排除体积 excluded_volume36764 ų
包络体积 envelope_volume41330 ų
水化壳体积 shell_volume19091 ų
包络直径 envelope_diameter65.7
壳层 Rg shell_rg24.42
包络 Rg envelope_rg18.19
形状 Rg shape_rg17.81
总 Rg total_rg18.94
总原子数 total_atoms2035
残基数 n_residues248
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real19.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.3900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8018
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.2
偏度 Skewness skewness0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.295
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2778000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)