SAXSdb — 8q2m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7b

Sulfolobus acidocaldarius

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 AA； UniProt 1–66	未记录	DNA mimic Foldamer × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；9 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 3.21 Å R-free 0.335

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Q2M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AZP HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX 提交 1997-11-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.252
1AZQ HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX 提交 1997-11-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.94 Å R-free 0.238
1BF4 CHROMOSOMAL DNA-BINDING PROTEIN SSO7D/D(GCGAACGC) COMPLEX 提交 1998-05-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.288
1CA5 INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA 提交 1999-02-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1CA6 INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA 提交 1999-02-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.257
1SAP HYPERTHERMOPHILE PROTEIN, RELAXATION MATRIX REFINEMENT STRUCTURE 提交 1995-04-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1WD0 Crystal structures of the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d in complex with DNA decamers 提交 2004-05-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Tris-HCl, PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.257
1WD1 Crystal structures of the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d in complex with DNA decamers 提交 2004-05-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；potassium phosphate, PEG8000, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.290
1WTO Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D double mutant V26F/M29F in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：V26F/M29F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
1WTP Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in complex with DNA GCGA(UBr)CGC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 0–65（66 aa）链 B 0–65（66 aa）	突变：M29F 突变：M29F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.287
1WTQ Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29F in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：M29F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.225
1WTR Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29A in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：M29A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.274
1WTV Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant M29A in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：M29A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.238
1WTW Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant V26A in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：V26A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.286
1WTX Hyperthermophile chromosomal protein SAC7D single mutant V26A in complex with DNA GTAATTAC 提交 2004-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：V26A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG 400, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
1WVL Crystal Structure of Multimeric DNA-binding Protein Sac7d-GCN4 with DNA decamer 提交 2004-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链未唯一映射参考区间未声明链 A 0–65（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.6M Tri-Sodium Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
1XX8 NMR Structure of the W24A Mutant of the Hyperthermophile Sac7d Protein 提交 2004-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：W24A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；压力 ambient NMR样品组成 5 mM Sac7d, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1XYI Hyperthermophile chromosomal protein Sac7d double mutant Val26Ala/Met29Ala in complex with DNA GCGATCGC 提交 2004-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 0–65（66 aa）	突变：V26A, M29A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；Tris, PEG400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.255
2XIW Crystal structure of the Sac7d-derived IgG1-binder C3-C24S 提交 2010-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–66（65 aa）链 B 2–66（65 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5 M (NH4)2SO4	分辨率 1.50 Å R-free 0.191
8CMN 18mer DNA mimic Foldamer with an aliphatic linker in complex with Sac7d wild protein 提交 2023-02-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：monomeric	链 AA 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；10% PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.297
8QPC 18mer DNA mimic Foldamer with an Aromatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein 提交 2023-10-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：monomeric	链 AA 1–66（66 aa）	突变：V26A/M29A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；10 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0	分辨率 3.24 Å R-free 0.348
9HIZ Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment 提交 2024-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 R 2–66（65 aa）链 S 2–66（65 aa）链 T 2–66（65 aa）链 U 2–66（65 aa）	突变：K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变：K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变：K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 突变：K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24 % (w/v) PEG8000, 0.1 M Tris/HCl pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–65（64 aa）链 B 2–65（64 aa）链 C 2–65（64 aa）链 D 2–65（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–65（64 aa）链 D 2–65（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
9QT7 Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer 提交 2025-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–65（64 aa）链 C 2–65（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.296

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN7D_SULAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q2m
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	18mer DNA mimic Foldamer with an Aliphatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein
关键词 keywords	Foldamer, DNA mimic, DNA binding protein, histone; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.36 Å
零角强度 I(0) i0	3755110.00
分子量 molecular_weight	11855.0 kDa
排除体积 excluded_volume	13884 Å³
包络体积 envelope_volume	16375 Å³
水化壳体积 shell_volume	10419 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.6 Å
壳层 Rg shell_rg	18.93 Å
包络 Rg envelope_rg	14.58 Å
形状 Rg shape_rg	14.27 Å
总 Rg total_rg	15.42 Å
总原子数 total_atoms	820
残基数 n_residues	63
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2340e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3755000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8124
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.267
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	495600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.920 Å
晶胞边长 b length_b	70.920 Å
晶胞边长 c length_c	119.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	30.710 Å
R 因子 r_factor	0.3260
R_work r_work	0.3249
R_free r_free	0.3345

描述 description	DNA-binding protein 7b
分子量 formula_weight	7538.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA
原子数 atom_count	820

18mer DNA mimic Foldamer with an Aliphatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Sulfolobus acidocaldarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2285
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

描述 description	DNA mimic Foldamer
分子量 formula_weight	2536.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/q2/8q2m/8q2m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q2/8q2m/8q2m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q2/8q2m/8q2m.dat