8q4g

Thin filament from FIB milled relaxed left ventricular mouse myofibrils

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 207.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q4g
沉积日期 deposition_date	2023-08-06
结构标题 title	Thin filament from FIB milled relaxed left ventricular mouse myofibrils
关键词 keywords	muscle sarcomere calcium-free cardiac thin-filament, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.15 Å
零角强度 I(0) i0	1583340000.00
分子量 molecular_weight	331480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	414400 Å³
包络体积 envelope_volume	596550 Å³
水化壳体积 shell_volume	86569 Å³
包络直径 envelope_diameter	263.4 Å
壳层 Rg shell_rg	53.73 Å
包络 Rg envelope_rg	64.26 Å
形状 Rg shape_rg	64.15 Å
总 Rg total_rg	63.87 Å
总原子数 total_atoms	23265
残基数 n_residues	2962
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.7 Å
Rg (实空间) rg_real	63.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1577000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.671
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.245
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0060
最高正则化参数 α highest_alpha	159300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.599; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.888; Smooth: 0.207

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha cardiac muscle 1
分子量 formula_weight	41471.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,I
原子数 atom_count	23265

ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Tropomyosin alpha-1 chain
分子量 formula_weight	20840.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

IQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKEAKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDKYEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELYAQKLKYKAI

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	8.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	100447

fit	/app/data/saxs_computation/q4/8q4g/8q4g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q4/8q4g/8q4g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q4/8q4g/8q4g.dat

Thin filament from FIB milled relaxed left ventricular mouse myofibrils

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)