8qyu

Beta-cardiac myosin S1 fragment in the pre-powerstroke state complexed to Omecamtiv mecarbil

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qyu
沉积日期 deposition_date	2023-10-26
最后修订 last_revision	2023-12-13
结构标题 title	Beta-cardiac myosin S1 fragment in the pre-powerstroke state complexed to Omecamtiv mecarbil
关键词 keywords	cardiac myosin modulators inherited cardiomyopathies Omecamtiv mecarbil, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.69 Å
零角强度 I(0) i0	649251000.00
分子量 molecular_weight	210850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264830 Å³
包络体积 envelope_volume	358940 Å³
水化壳体积 shell_volume	71910 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.55 Å
包络 Rg envelope_rg	42.43 Å
形状 Rg shape_rg	41.65 Å
总 Rg total_rg	42.09 Å
总原子数 total_atoms	14812
残基数 n_residues	1815
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	649200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8168
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	0.303
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.552; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Myosin-7
分子量 formula_weight	92693.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15636

MVDAEMAAFGEAAPYLRKSEKERLEAQTRPFDLKKDVFVPDDKEEFVKATILSREGGKVTAETEHGKTVTVKEDQVLQQNPPKFDKIEDMAMLTFLHEPAVLYNLKERYASWMIYTYSGLFCVTINPYKWLPVYNAEVVAAYRGKKRSEAPPHIFSISDNAYQYMLTDRENQSILITGESGAGKTVNTKRVIQYFAVIAAIGDRSKKEQATGKGTLEDQIIQANPALEAFGNAKTVRNDNSSRFGKFIRIHFGATGKLASADIETYLLEKSRVIFQLKAERDYHIFYQILSNKKPELLDMLLITNNPYDYAFISQGETTVASIDDAEELMATDNAFDVLGFTTEEKNSMYKLTGAIMHFGNMKFKLKQREEQAEPDGTEEADKSAYLMGLNSADLLKGLCHPRVKVGNEYVTKGQNVQQVVYAKGALAKAVYERMFNWMVTRINATLETKQPRQYFIGVLDIAGFEIFDFNSFEQLCINFTNEKLQQFFNHHMFVLEQEEYKKEGIEWEFIDFGMDLQACIDLIEKPMGIMSILEEECMFPKATDMTFKAKLFDNHLGKSSNFQKPRNIKGKPEAHFSLIHYAGTVDYNIIGWLQKNKDPLNETVVDLYKKSSLKMLSSLFANYAGFDTPIEKGKGKAKKGSSFQTVSALHRENLNKLMTNLRSTHPHFVRCIIPNETKSPGVIDNPLVMHQLRCNGVLEGIRICRKGFPNRILYGDFRQRYRILNPAAIPEGQFIDSRKGAEKLLGSLDIDHNQYKFGHTKVFFKAGLLGLLEEMRDERLSRIITRIQAQSRGVLSRMEFKKLLERRDS

Entity 2 polymer

描述 description	Myosin light chain 3
分子量 formula_weight	21968.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MAPKKPDPKKDEAKAGAKAAAAPAPAPAPPPAPEPSKEPEFDPSKIKIEFTPEQIEEFKEAFTLFDRTPKCEMKITYGQCGDVLRALGQNPTQAEVLRVLGKPKQEELNSKMMDFDTFLPMLQHISKNKDTGTYEDFVEGLRVFDKEGNGTVMGAELRHVLATLGEKLTEDEVEKLMAGQEDSNGCINYEAFVKHIMAG

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	VANADATE ION
分子量 formula_weight	114.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	methyl 4-(2-fluoro-3-{[(6-methylpyridin-3-yl)carbamoyl]amino}benzyl)piperazine-1-carboxylate
分子量 formula_weight	401.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	769

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.996 Å
晶胞边长 b length_b	122.503 Å
晶胞边长 c length_c	187.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	22.630 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/qy/8qyu/8qyu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qy/8qyu/8qyu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qy/8qyu/8qyu.dat

Beta-cardiac myosin S1 fragment in the pre-powerstroke state complexed to Omecamtiv mecarbil

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)