8r7c

MutSbeta bound to compound CHDI-00915542 in the canonical DNA-mismatch bound form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 193.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r7c
沉积日期 deposition_date	2023-11-24
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	MutSbeta bound to compound CHDI-00915542 in the canonical DNA-mismatch bound form
关键词 keywords	PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH, DNA BINDING PROTEIN, DNA mismatch Repair; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.92 Å
零角强度 I(0) i0	5270470000.00
分子量 molecular_weight	393940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	375740 Å³
包络体积 envelope_volume	791820 Å³
水化壳体积 shell_volume	118200 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.8 Å
壳层 Rg shell_rg	59.53 Å
包络 Rg envelope_rg	53.88 Å
形状 Rg shape_rg	54.89 Å
总 Rg total_rg	55.06 Å
总原子数 total_atoms	29648
残基数 n_residues	3571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.8 Å
Rg (实空间) rg_real	55.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5271000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8483
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.013
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	270700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.861

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA mismatch repair protein Msh2
分子量 formula_weight	104431.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	29762

MAVQPKETLQLESAAEVGFVRFFQGMPEKPTTTVRLFDRGDFYTAHGEDALLAAREVFKTQGVIKYMGPAGAKNLQSVVLSKMNFESFVKDLLLVRQYRVEVYKNRAGNKASKENDWYLAYKASPGNLSQFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEALLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITERKKADFSTKDIYQDLNRLLKGKKGEQMNSAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQRQAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLDMDQVENHEFLVKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHVTALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSFVNEIISRI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	DNA mismatch repair protein Msh3
分子量 formula_weight	104289.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GPKSANKRSKSIYTPLELQYIEMKQQHKDAVLCVECGYKYRFFGEDAEIAARELNIYCHLDHNFMTASIPTHRLFVHVRRLVAKGYKVGVVKQTETAALKAIGDNRSSLFSRKLTALYTKSTLIGEDVNPLIKLDDAVNVDEIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETRMSSLQPVELLLPSALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTEFYAKDTVDIKGSQIISGIVNLEKPVICSLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQLSSKMEFMTINGTTLRNLEILQNQTDMKTKGSLLWVLDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREINARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYHKKCSTQEFFLIVKTLYHLKSEFQAIIPAVNSHIQSDLLRTVILEIPELLSPVEHYLKILNEQAAKVGDKTELFKDLSDFPLIKKRKDEIQGVIDEIRMHLQEIRKILKNPSAQYVTVSGQEFMIEIKNSAVSCIPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVENYRHLNQLREQLVLDCSAEWLDFLEKFSEHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGDYCRPTVQEERKIVIKNGRHPVIDVLLGEQDQYVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPAEEATIGIVDGIFTRMGAADNIYKGRSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTHDGIAIAYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPGAAEQVPDFVTFLYQITRGIAARSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKRLKYFAKLWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPAPTPCPTPGPAPAPGPCPCPGPAPTPCPGPAPTPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7345.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

CCTCTATCTGAAGCCGATCGATGG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPAPTPCPGPAPTPCPGPCPAPGPCPTPTPCPAPGPAPTPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7354.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CCATCGATCGCAGCTTCAGATAGG

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPTPCPGPAPTPCPGPCPAPGPCPTPTPCPAPGPAPTPAPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	7369.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TCATCGATCGCAGCTTCAGATAGG

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	~{N}-(4-chlorophenyl)-2-(4-ethylpiperazin-1-yl)pteridin-4-amine
分子量 formula_weight	369.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	69

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.222 Å
晶胞边长 b length_b	104.789 Å
晶胞边长 c length_c	121.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	110.03 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	112.460 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2013
R_free r_free	0.2305

fit	/app/data/saxs_computation/r7/8r7c/8r7c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r7/8r7c/8r7c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r7/8r7c/8r7c.dat

MutSbeta bound to compound CHDI-00915542 in the canonical DNA-mismatch bound form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)