8rek

Plasmodium vivax Apical Membrane Antigen 1/Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rek
沉积日期 deposition_date	2023-12-11
最后修订 last_revision	2024-10-16
结构标题 title	Plasmodium vivax Apical Membrane Antigen 1/Fab complex
关键词 keywords	AMA-1, Plasmodium vivax, Antigen, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.77 Å
零角强度 I(0) i0	129698000.00
分子量 molecular_weight	89507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110770 Å³
包络体积 envelope_volume	155210 Å³
水化壳体积 shell_volume	35541 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.10 Å
包络 Rg envelope_rg	41.10 Å
形状 Rg shape_rg	40.76 Å
总 Rg total_rg	40.75 Å
总原子数 total_atoms	6293
残基数 n_residues	809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7084
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.643
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.433; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.198; Smooth: 0.707

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Apical membrane antigen 1 (Fragment)
分子量 formula_weight	54180.8 kDa
突变 mutation	S178N, N226D, N441Q are potential N-glycosylation sites
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6293

SIPTVERSTRMGNPWKAFMEKYDIERTHSSGVRVDLGEDAEVENAKYRIPAGRCPVFGKGIVIENSDVSFLRPVATGDQKLKDGGFAFPNANDHISPMTLANLKERYKDNVEMMKLNDIALCRTHAASFVMAGDQNSNYRHPAVYDEKEKTCHMLYLSAQENMGPRYCSPDAQNRDAVFCFKPDKDESFENLVYLSKNVRNDWDKKCPRKNLGNAKFGLWVDGNCEEIPYVKEVEAEDLRECNRIVFGASASDQPTQYEEEMTDYQKIQQGFRQNNREMIKSAFLPVGAFNSDNFKSKGRGFNWANFDSVKKKCYIFNTKPTCLINDKNFIATTALSHPQEVDLEFPCSIYKDEIEREIKKQSRNMNLYSVDGERIVLPRIFISNDKESIKCPCEPERISQSTCNFYVCNCVEKRAEIKENNQVVIKEEFRNYYENGEEKSNKQMLLLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax Sal-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126793
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 8.1.1 heavy chain
分子量 formula_weight	23539.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFTFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVATINDGGTYTYYPDSVKGRFTISRDNAKNNLYLQMSSLKSEDTAMYFCARGSQLGRGEFAYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPS

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 8.1.1 light chain
分子量 formula_weight	23296.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYMHWYQQKPGSSPKPWIYATFNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWSSNPPTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.390 Å
晶胞边长 b length_b	214.680 Å
晶胞边长 c length_c	57.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	69.540 Å
R 因子 r_factor	0.2251
R_work r_work	0.2213
R_free r_free	0.2920

fit	/app/data/saxs_computation/re/8rek/8rek.fit
pddf	/app/data/pr_computation/re/8rek/8rek.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/re/8rek/8rek.dat

Plasmodium vivax Apical Membrane Antigen 1/Fab complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)