SAXSdb — 8rt7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TrwE protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	TrwF protein × 16 （A8R757） TrwH × 14 （A7KZV0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R758_SALDU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 D； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 G； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 J； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 M； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 P； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 S； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 V； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 Y； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 b； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 e； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 h； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 k； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 n； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 u； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 y； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

TrwF protein

Escherichia coli

UniProt A8R757

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	TrwE protein × 16 （A8R758） TrwH × 14 （A7KZV0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R757_SALDU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 E； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 H； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 K； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 N； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 Q； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 T； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 W； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 Z； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 c； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 f； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 i； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 l； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 o； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 v； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 z； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

TrwH

Escherichia coli

UniProt A7KZV0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	TrwE protein × 16 （A8R758） TrwF protein × 16 （A8R757）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7KZV0_SALDU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 F； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 I； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 L； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 O； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 R； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 U； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 X； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 a； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 d； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 g； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 j； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 m； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 p； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rt7
沉积日期 deposition_date	2024-01-25
结构标题 title	Conformation-B of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
关键词 keywords	;type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-B core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rt7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rt7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.66 Å
Rg（电子密度）	69.08 Å
总 Rg	69.19 Å
原子数	55802
残基数	7184
排除体积	982500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rt7__assembly_1__model_1`	46-meric （46）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TrwE protein
分子量 formula_weight	42443.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P,S,V,Y,b,e,h,k,n,u,y
原子数 atom_count	55802

MFGRKKGDVIDAGAELERAEQERIEGEYGASELASERRPHTPGARTLLMVLLCVIAVVLVTLSYKAYKVRGVVEDDDAQPQQVVRQVIPGYTPRPIRPEPENVPEPPQPTTSVPAIQPAPVTQPVRPQPTGPREKTPYELARERMLRSGLTAGSGGGEDLPRPQGGDVPAGGLMGGGGGGGELAEKLQPMRLSGSSAGRLGNRDMLITQGTQLDCVLETRLVTTQPGMTTCHLTRDVYSTSGRVVLLDRGSKVVGFYQGGLRQGQARIFVQWSRIETPSGVVINLDSPGTGPLGEAGLGGWIDRHFWERFGGAIMISLIGDLGDWASRQGSRQGDNSIQFSNTANGVESAAAEALRNSINIPPTLYKNQGERVNILVARDLDFSDVYSLESIPTK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TrwF protein
分子量 formula_weight	29749.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q,T,W,Z,c,f,i,l,o,v,z

MKKLAIVALLASLHAVPALALDVPSSSRYDHRIRYVTYNPADVVQVDTVLGVATHIMLEEGEQYLTHAFGDSEAYAFARKGRHIFIKPQAELANTNLIVVTDRRSYKFRLQMRNDRNGAMYELAFRYPDTQARQTREANARAAVEAAFEQRVGAYYNLKYMMSGDKDIAPVNAWDDGRFTYFKFSANADLPSIYFVDAEGNESLVPRTTVGSSNNIIAVHKVNPKWMIRLGNRALAIFNEAYDPNGVPNDTGTASPAVRRVNKGGN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TrwH
分子量 formula_weight	5089.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R,U,X,a,d,g,j,m,p

MKTIIFAILMTGLLSACASAPKPKQPSDFNREPVNKTVPVEIQRGAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	533530

Conformation-B of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TrwE protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TrwF protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TrwH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rt7__assembly_1__model_1

8rt7__assembly_1__model_1 | I(q)

8rt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Conformation-B of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TrwE protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwF protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rt7__assembly_1__model_1

8rt7__assembly_1__model_1 | I(q)

8rt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)