SAXSdb — 8ruu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ruu
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	Fabs derived from bimekizumab in complex with IL-17F
关键词 keywords	Complex Fab bimekizumab IL-17F, IL-17A, BKZ, IMMUNE SYSTEM, IMMUNOSUPPRESSANT; IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.96 Å
零角强度 I(0) i0	218348000.00
分子量 molecular_weight	118050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146990 Å³
包络体积 envelope_volume	203460 Å³
水化壳体积 shell_volume	44734 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.87 Å
包络 Rg envelope_rg	41.78 Å
形状 Rg shape_rg	41.96 Å
总 Rg total_rg	41.98 Å
总原子数 total_atoms	16399
残基数 n_residues	1064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	218200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5674
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.636
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.565; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.706; Smooth: 0.832

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunoblobulin heavy chain
分子量 formula_weight	24522.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H
原子数 atom_count	16433

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYNMAWVRQAPGKGLEWVATITYEGRNTYYRDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCASPPQYYEGSIYRLWFAHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Immunoblobulin light chain
分子量 formula_weight	23635.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,L

AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRADESVRTLMHWYQQKPGKAPKLLIYLVSNSEIGVPDRFSGSGSGTDFRLTISSLQPEDFATYYCQQTWSDPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-17F
分子量 formula_weight	14922.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

RKIPKVGHTFFQKPESCPPVPGGSMKLDIGIINENQRVSMSRNIESRSTSPWNYTVTWDPNRYPSEVVQAQCRNLGCINAQGKEDISMNSVPIQQETLVVRRKHQGCSVSFQLEKVLVTVGCTCVTPVIHHVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	99.150 Å
晶胞边长 b length_b	141.750 Å
晶胞边长 c length_c	145.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	81.950 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2415

fit	/app/data/saxs_computation/ru/8ruu/8ruu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ru/8ruu/8ruu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ru/8ruu/8ruu.dat

Fabs derived from bimekizumab in complex with IL-17F

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)