8rvv

CryoEM structure of the Elp-Hdr complex of Methanothermobacter marburgensis state 2, dimer (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） Formate dehydrogenase, alpha subunit × 2 （D9PY04） Formate dehydrogenase, beta subunit × 2 （D9PY03） Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein × 2 （D9PY02） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HDRA_METTM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–643； UniProt 12–654

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B

物种未注明

UniProt Q50755

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） Formate dehydrogenase, alpha subunit × 2 （D9PY04） Formate dehydrogenase, beta subunit × 2 （D9PY03） Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein × 2 （D9PY02） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HDRB_METTM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C

物种未注明

UniProt Q50754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） Formate dehydrogenase, alpha subunit × 2 （D9PY04） Formate dehydrogenase, beta subunit × 2 （D9PY03） Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein × 2 （D9PY02） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HDRC_METTM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–183； UniProt 2–184

Formate dehydrogenase, alpha subunit

物种未注明

UniProt D9PY04

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） Formate dehydrogenase, beta subunit × 2 （D9PY03） Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein × 2 （D9PY02） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D9PY04_METTM
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 2–340

Formate dehydrogenase, beta subunit

物种未注明

UniProt D9PY03

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） Formate dehydrogenase, alpha subunit × 2 （D9PY04） Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein × 2 （D9PY02） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D9PY03_METTM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein

物种未注明

UniProt D9PY02

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） Formate dehydrogenase, alpha subunit × 2 （D9PY04） Formate dehydrogenase, beta subunit × 2 （D9PY03） IRON/SULFUR CLUSTER × 26 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 12	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D9PY02_METTM
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–129； UniProt 3–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rvv
沉积日期 deposition_date	2024-02-15
结构标题 title	CryoEM structure of the Elp-Hdr complex of Methanothermobacter marburgensis state 2, dimer (composite structure)
关键词 keywords	Redox, Flavin-based electron bifurcation, methanogenesis, heterodisulfide reductase, F420-H2 oxidase, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rvv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rvv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.24 Å
Rg（电子密度）	63.06 Å
总 Rg	62.33 Å
原子数	60502
残基数	3916
排除体积	548450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rvv__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A
分子量 formula_weight	70412.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	30454

PKIGVYVCHCGVNIGGVVDVEAVRDYAAKLPNVVIAKDYKYYCSDPGQLEIQKDIKELGINRVVVAACSPRLHEPTFRRCVEEAGLNQFLFEFANIREHDSWVHMDNPEGATEKAKDLVRMAVAKARLLEPLEASKVSVDDKALVIGGGVAGIQAALDLADMGFKTYMVEKRPSISGRMGQLDKTFPTLDCSMCILAPKMVDVGKHDNIELITYAEVKEVDGYIGNFKVKIEKKPRYIDEELCTGCGSCVEVCPIEMPNYFDEGIGMTKAVYIPFPQAVPLCATIDKDYCIECMLCDEVCERGAVKHDQEPEEIEIEVGTIIVATGYDAYDPTEKLEYGYGRHTNVITGLELERMINASGPTDGKVLKPSDGEKPKRVAFIHCVGSRDEQIGKPYCSRVCCMYIMKNAQLIKDKMPDTEVTLYYMDIRAFGKGFEEFYKRSQEKYGIKFIRGRPAEVIENPDLTLTVRSEDTLLGKVTEYDYDMVVLGVGLVPPEGAETLRQTIGLSKSADGFLMEAHPKLRPVDTLTDGVYLAGVAQGPKDIPDAVAQASGAAARAAIPMVKGEVEIEPIIAVTDSDVCGGCEVCIELCPFGAISIEEGHANVNVALCKGCGTCVAACPSGAMDQQHFKTEQIMAQIEAALN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B
分子量 formula_weight	31538.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEIAYFLGCIMNNRYPGIEKATRVLFDKLGIELKDMEGASCCPAPGVFGSFDKTTWAAIAARNITIAEDMGADIMTECNGCFGSLFETNHLLKEDEEMKAKINEILKETGREYKGEVNVRHFAEVLYNDVGLDKLSELVEKPLNLNVAVHYGCHFLKPSDEINIDNPERPTILDEIVEVTGAKSVEYKDKMMCCGAGGGVRSRDLDVALDFTREKLTNMKEAGVDAIVNVCPFCHLQFDVGQMEIKDKFGEEFDIPVLHLAQLLGLAMGLPKEDLVVDAHQVCV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C
分子量 formula_weight	20288.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

TLLQREENIIRKGNIDKEFSEKIKAAGGDSLEYCFQCGTCTGSCPSGRRTPYRVRQIIRKANVGLKDEIISDPTLWMCTTCYSCQERCPRKVKIVDVVKLARNEAAKAGFMAPAHKAVGSFVIKTGHGVPINDATMELRKAVGLGELPPTTHQFPEALEEVQKIIKATGFDQLIGYNWETGEL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase, alpha subunit
分子量 formula_weight	37379.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVKHTLCPSCSAGCGVNIVEMGGAPVGTYPYRRHPVNEGKTCRAGRDCYEIPLMDRVTSPGVKKSGKLSGVNWDEALDKLTELLSSEDISILTTGTLTNEEALKLREIIENFNVKKSGLITVFPEFDYPEIDIRNIRDYDNIAVIGDAITCAPLIGRRIFHAMAAGAEVRSYDRRDETRMAVNSGFHITFSDEREVLNDLQQLPGGSLIIITPEIPEIIGPVLEFSSENEFDVLPIFEDFNTRGVMQHLPPVNEGEFDSVWLIDPGAAAEPVDVSGKFVLQSIRTEGLTPDIFLPVAAWCEKSGSYTSTAGYTMKLEPALQAPEGVLSDMEIFERILRA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase, beta subunit
分子量 formula_weight	43387.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKYLLARATDEEIQRKGECGGAVTAIFKYMLDKEVVDAVLTLERGYDVYDGIPVLLEDSSGIESTCGSLHCAPTMFGDLISRYLSDMRLAVAVKPCDAMAIRELEKRHQIDPDKVYKIGLNCGGTLAPVSAREMIETFYEIDPDDVVSEEIDRGKFIVELRDGSHREISIDYLEEEGFGRRENCQRCEIMVPRNADLACGNWGADDGWTFIEVNTERGQEIIEGARSSGYIEAREPSEKMVKIREKIENAMISMARKFQDKYLDEEYPSLDEWDEYWKRCINCFACRDACPVCFCRECELEKDYLLESDEKAPDPLTFQGVRLSHMGFSCINCGQCEDVCPMDIPIARIYHRIQKKYRDRTGFTAGVSQELPPMYSGEKD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein
分子量 formula_weight	14788.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

FEPKIVGFCCNWCSYGGADTAGTARMQYPPNVRIIRVMCSGRVNASMILKAFSEGADGVFVGGCHIGDCHYDSGNYKWKRRARFIEDILPEFGIDKERFRWEWISASEGEKFQKTMQEFYETVKYLGPL

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	Non-cubane [4Fe-4S]-cluster
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	234858

CryoEM structure of the Elp-Hdr complex of Methanothermobacter marburgensis state 2, dimer (composite structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase, alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase, beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methyl viologen-reducing hydrogenase, subunit D-related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rvv__assembly_1__model_1

8rvv__assembly_1__model_1 | I(q)

8rvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)