SAXSdb — 8scx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158	未记录	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （A0A6A5Q5E3） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 × 1 （A0A6A5Q2Y5） Antibody Fab fragment light chain × 1 Antibody Fab fragment heavy chain × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8SCX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8E1M Cryo-EM structure of the endogenous core TIM23 complex from S. cerevisiae 提交 2022-08-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5PVU8_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q5E3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–222	未记录	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （A0A6A5PVU8） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44 × 1 （A0A6A5Q2Y5） Antibody Fab fragment light chain × 1 Antibody Fab fragment heavy chain × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8SCX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7CLV Solution structure of mitochondrial Tim23 channel in complex with a signaling peptide 提交 2020-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–222（222 aa）链 B 1–222（222 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；313.75 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 5；313.75 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM 2H, 15N Tim23, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 uM 2H, 15N, 13C Tim23_unlabeled_Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM 15N, 13C Tim23_unlabeled_Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM 50% 2H, 13C, 15N Tim23_unlabeled_Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM IVL-selectively_labeled_Tim23_unlabeled_peptide Tim23_unlabeled_Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM 50%unlabeled/50%labeled_Tim23_unlabeled_peptide Tim23_unlabeled_Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 nM 50%unlabeled/50%labeled_Tim23_unlabeled_peptide [15N, 13C]-peptide_unlabeled_Tim23, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8E1M Cryo-EM structure of the endogenous core TIM23 complex from S. cerevisiae 提交 2022-08-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–222（222 aa）	未记录	CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q5E3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q2Y5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–431	未记录	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （A0A6A5PVU8） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （A0A6A5Q5E3） Antibody Fab fragment light chain × 1 Antibody Fab fragment heavy chain × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8SCX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8E1M Cryo-EM structure of the endogenous core TIM23 complex from S. cerevisiae 提交 2022-08-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–431（431 aa）	未记录	CDL CARDIOLIPIN × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q2Y5_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8scx
沉积日期 deposition_date	2023-04-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of the core TIM23 complex from S. cerevisiae
关键词 keywords	TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.48 Å
零角强度 I(0) i0	105206000.00
分子量 molecular_weight	81732.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102410 Å³
包络体积 envelope_volume	135780 Å³
水化壳体积 shell_volume	35967 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.20 Å
包络 Rg envelope_rg	32.35 Å
形状 Rg shape_rg	32.46 Å
总 Rg total_rg	33.04 Å
总原子数 total_atoms	5753
残基数 n_residues	760
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8992
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.908

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
分子量 formula_weight	16602.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5753

MSADHSRDPCPIVILNDFGGAFAMGAIGGVVWHGIKGFRNSPLGERGSGAMSAIKARAPVLGGNFGVWGGLFSTFDCAVKAVRKREDPWNAIIAGFFTGGALAVRGGWRHTRNSSITCACLLGVIEGVGLMFQRYAAWQAKPMAPPLPEAPSSQPLQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
分子量 formula_weight	23266.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWLFGDKTPTDDANAAVGGQDTTKPKELSLKQSLGFEPNINNIISGPGGMHVDTARLHPLAGLDKGVEYLDLEEEQLSSLEGSQGLIPSRGWTDDLCYGTGAVYLLGLGIGGFSGMMQGLQNIPPNSPGKLQLNTVLNHITKRGPFLGNNAGILALSYNIINSTIDALRGKHDTAGSIGAGALTGALFKSSKGLKPMGYSSAMVAAACAVWCSVKKRLLEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44
分子量 formula_weight	48933.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHRSTFIRTSGTSSRTLTARYRSQYTGLLVARVLFSTSTTRAQGGNPRSPLQIFRDTFKKEWEKSQELQENIKTLQDASGKLGESEAYKKAREAYLKAQRGSTIVGKTLKKTGETMEHIATKAWESELGKNTRKAAAATAKKLDESFEPVRQTKIYKEVSEVIDDGESSRYGGFITKEQRRLKRERDLASGKRHRAVKSNEDAGTAVVATNIESKESFGKKVEDFKEKTVVGRSIQSLKNKLWDESENPLIVVMRKITNKVGGFFAETESSRVYSQFKLMDPTFSNESFTRHLREYIVPEILEAYVKGDVKVLKKWFSEAPFNVYAAQQKIFKEQDVYADGRILDIRGVEIVSAKLLAPQDIPVLVVGCRAQEINLYRKKKTGEIAAGDEANILMSSYAMVFTRDPEQIDDDETEGWKILEFVRGGSRQFT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment light chain
分子量 formula_weight	26173.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEKDTLLLWVLLLWVPGSTGDIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDIYGISFMNWFQQKPGQPPKLLIYATSNQGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEDDTAMYFCQQSKEVPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	25495.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAVLVLLLCLVTFPSCVLSQVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTTYGVHWVRQSPGKGLEWLGVMWRGGSTDFNAAFMSRLSITKDNSKSQVFFKMNSLQADDTAIYYCARYGNYDAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	159958

fit	/app/data/saxs_computation/sc/8scx/8scx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sc/8scx/8scx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sc/8scx/8scx.dat

Cryo-EM structure of the core TIM23 complex from S. cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)