← 返回搜索
8sd0

Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3SLR14

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 89.2 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antiviral innate immune response receptor RIG-I

Homo sapiens

UniProt O95786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–925 未记录 p3SLR14 × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SD0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LWD Solution structure of second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 95–190（96 aa） 片段：CARD 2 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LWE Solution structure of mutant (T170E) second CARD of human RIG-I 提交 2012-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 95–190（96 aa） 片段：CARD 2 domain
突变：T170E 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 300 uM [U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] card2, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFB Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Zn 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES, 18% w/v PEG 8000, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2QFD Crystal structure of the regulatory domain of human RIG-I with bound Hg 提交 2007-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 802–925（124 aa） 片段：Regulatory domain
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；293.15 K；0.1 M CHES pH 10.0, 18% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
2RMJ Solution structure of RIG-I C-terminal domain 提交 2007-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–925（134 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RIG-I, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2YKG Structural insights into RNA recognition by RIG-I 提交 2011-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 230–925（696 aa） 片段：RESIDUES 230-925
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000
分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3LRN Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14 bp GC 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 803–923（121 aa） 片段：human RIG-I CTD
链 B 803–923（121 aa） 片段：human RIG-I CTD
突变：C829S 突变：C829S ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；15% PEG 3,350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.282
3LRR Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 12 bp AU rich 5' ppp dsRNA 提交 2010-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 803–923（121 aa） 片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923)
链 B 803–923（121 aa） 片段：RIG-I CTD (UNP residues 803 to 923)
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3,350 (15%) plus ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.228
3NCU Structural and functional insights into pattern recognition by the innate immune receptor RIG-I 提交 2010-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 792–925（134 aa） 片段：residues 792-925
链 B 792–925（134 aa） 片段：residues 792-925
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% (v/v) polyethylene glycerol 3350 (PEG 3350), 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.1 M KCl, and 10 mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.55 Å R-free 0.229
3OG8 Crystal structure of human RIG-I CTD bound to a 14-bp blunt-ended dsRNA 提交 2010-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 802–925（124 aa） 片段：C-terminal domain
链 B 802–925（124 aa） 片段：C-terminal domain
突变：C829S 突变：C829S ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27% PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.278
3ZD6 Snapshot 1 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 185–880（696 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9
分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3ZD7 Snapshot 3 of RIG-I scanning on RNA duplex 提交 2012-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 185–880（696 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
4AY2 Capturing 5' tri-phosphorylated RNA duplex by RIG-I 提交 2012-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 239–925（687 aa） 片段：RESIDUES 239-925
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4BPB STRUCTURAL INSIGHTS INTO RNA RECOGNITION BY RIG-I 提交 2013-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 230–925（696 aa） 片段：RESIDUES 230-925
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000
分辨率 2.58 Å R-free 0.255
4NQK Structure of an Ubiquitin complex 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–200（200 aa） 片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 B 1–200（200 aa） 片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 C 1–200（200 aa） 片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
链 D 1–200（200 aa） 片段：N-terminal tandem CARD domain, UNP residues 1-200
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.2 M Tri-Li Citrate, 3% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.70 Å R-free 0.285
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 230–793（564 aa） 片段：UNP residues 230-793
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 230–793（564 aa） 片段：UNP residues 230-793
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4ON9 DECH box helicase domain 提交 2014-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 230–793（564 aa） 片段：UNP residues 230-793
链 B 230–793（564 aa） 片段：UNP residues 230-793
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；1:1 RIG-I SF2 (60mg/ml) : reservoir solution (100mM HEPES pH=6.8, 100mM ammonium sulfate, 6.7%(v/v) Isopropanol, 9%(v/v) PEG4000), 4days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.71 Å R-free 0.258
4P4H Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain 提交 2014-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 A 1–201（201 aa）
链 B 1–201（201 aa）
链 C 1–201（201 aa）
链 D 1–201（201 aa）
链 E 1–201（201 aa）
链 F 1–201（201 aa）
链 G 1–201（201 aa）
链 H 1–201（201 aa）
突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 突变：E52A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Tri-Li Citrate, PEG 3350, Cr(III) Cl3
分辨率 3.40 Å R-free 0.240
5E3H Structural Basis for RNA Recognition and Activation of RIG-I 提交 2015-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 232–925（694 aa） 片段：UNP residues 232-925
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% w/v PEG3350, 0.25 M sodium thiocyanate, 100 mM MOPS, pH 7.8, 3% v/v 2,2,2-trifluoroethanol
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5F98 Crystal structure of RIG-I in complex with Cap-0 RNA 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric
链 A 232–925（694 aa）
链 C 232–925（694 aa）
链 E 232–925（694 aa）
链 G 232–925（694 aa）
链 I 232–925（694 aa）
链 K 232–925（694 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8), 3.5% (v/v) 2,2,2-trifluoroethanol
分辨率 3.28 Å R-free 0.277
5F9F Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer blunt-end hairpin RNA 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric
链 A 187–880（694 aa）
链 C 187–880（694 aa）
链 E 187–880（694 aa）
链 G 187–880（694 aa）
链 I 187–880（694 aa）
链 K 187–880（694 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 4 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.3 M NaSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)
分辨率 2.60 Å R-free 0.259
5F9H Crystal structure of RIG-I helicase-RD in complex with 24-mer 5' triphosphate hairpin RNA 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric
链 A 232–925（694 aa）
链 C 232–925（694 aa）
链 E 232–925（694 aa）
链 G 232–925（694 aa）
链 I 232–925（694 aa）
链 K 232–925（694 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M KSCN, 100 mM MOPS (pH 7.8)
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
6GPG Structure of the RIG-I Singleton-Merten syndrome variant C268F 提交 2018-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 232–925（694 aa）
突变：C268F ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M MOPS pH 7.5, 17.5 % (w/v) PEG 3350, 0.25 M NaSCN, 3 % (v/v) 2,2,2 trifluoroethanol
分辨率 2.89 Å R-free 0.260
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 D 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 F 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 H 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 J 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
6KYV Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs 提交 2019-09-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 L 242–922（681 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
7BAH Structure of RIG-I CTD bound to OH-RNA 提交 2020-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 802–925（124 aa）
链 B 802–925（124 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；283.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0 0.2 M NaCl 18% PEG 3350
分辨率 1.89 Å R-free 0.224
7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 802–925（124 aa）
链 B 802–925（124 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4 20% PEG 3350 10% ethylene glycol 10% MPD
分辨率 3.40 Å R-free 0.273
7BAI Structure of RIG-I CTD (I875A) bound to p-RNA 提交 2020-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 802–925（124 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.2 M thiocyanate pH 8.4 20% PEG 3350 10% ethylene glycol 10% MPD
分辨率 3.40 Å R-free 0.273
7JL1 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA in complex with RIPLET PrySpry domain (monomer) 提交 2020-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 159–880（722 aa） 片段：UNP residues 159-880
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7JL3 Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA filament in complex with RIPLET PrySpry domain (trimer) 提交 2020-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 159–880（722 aa） 片段：UNP residues 159-880
链 C 159–880（722 aa） 片段：UNP residues 159-880
链 E 159–880（722 aa） 片段：UNP residues 159-880
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 801–925（125 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
7MK1 Structure of a protein-modified aptamer complex 提交 2021-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 801–925（125 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285.15 K；30% PEG3350, 0.01 M Na acetate pH 4.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
7TNX Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3dsRNA 提交 2022-01-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7TNY Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p2dsRNA 提交 2022-01-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7TNZ Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p1dsRNA 提交 2022-01-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7TO0 Cryo-EM structure of RIG-I in complex with OHdsRNA 提交 2022-01-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7TO1 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
7TO2 Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of p3SLR30 (+ATP) 提交 2022-01-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8DVR Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of p3SLR30 (+AMPPNP) 提交 2022-07-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8DVS Cryo-EM structure of RIG-I bound to the end of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8DVU Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of OHSLR30 (+ATP) 提交 2022-07-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8G7T Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-end) 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–925（925 aa）
链 C 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8G7U Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-semi-closed end) 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–925（925 aa）
链 C 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8G7V Cryo-EM structure of Riplet:RIG-I:dsRNA complex (end-inter) 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–925（925 aa）
链 C 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8SCZ Cryo-EM structure of 14aa-GS RIG-I in complex with p3SLR30 提交 2023-04-06 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9KTW Cryo-EM structure of wild type RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–925（925 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9KU4 Cryo-EM structure of E373A mutant RIG-I with 5'p-RNA 提交 2024-12-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–925（925 aa）
突变：E373A ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å

共 43 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DDX58_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–925； UniProt 1–925

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sd0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sd0
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sd0
沉积日期 deposition_date2023-04-06
结构标题 titleCryo-EM structure of RIG-I in complex with p3SLR14
关键词 keywordsribonucleoprotein complex, RNA sensor, RIG-I like receptor, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-RNA complex; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.12 Å
零角强度 I(0) i0130493000.00
分子量 molecular_weight83648.0 kDa
排除体积 excluded_volume102120 ų
包络体积 envelope_volume136600 ų
水化壳体积 shell_volume39585 ų
包络直径 envelope_diameter93.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.28 Å
包络 Rg envelope_rg27.74 Å
形状 Rg shape_rg28.15 Å
总 Rg total_rg28.82 Å
总原子数 total_atoms5829
残基数 n_residues667
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.2 Å
Rg (实空间) rg_real28.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal130500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9031
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.1 Å
偏度 Skewness skewness0.176
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22600000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.991
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)