8sic

;Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 230.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sic
沉积日期 deposition_date	2023-04-14
结构标题 title	;Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine ;
关键词 keywords	;viral protein, envelope glycoprotein, monoclonal antibody, antiviral, immune system, macaques, Epstein-Barr virus, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.50 Å
零角强度 I(0) i0	510828000.00
分子量 molecular_weight	186240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232120 Å³
包络体积 envelope_volume	345310 Å³
水化壳体积 shell_volume	52318 Å³
包络直径 envelope_diameter	252.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.43 Å
包络 Rg envelope_rg	68.55 Å
形状 Rg shape_rg	67.49 Å
总 Rg total_rg	66.97 Å
总原子数 total_atoms	13106
残基数 n_residues	1670
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.9 Å
Rg (实空间) rg_real	66.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	507300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6605
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.729
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.204
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0010
最高正则化参数 α highest_alpha	15780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.303; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.211; Smooth: 0.468

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cy137C02 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23805.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	13230

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGGSISGYYWSWIRQPPGKGPEWIGFIDGNTVGTNYNPSLKSRVTLSKDTSKNQFSLKVSSVTAADTAVYYCARKPLRRYFWFDVWGPGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEIKT

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Cy137C02 Fab light chain
分子量 formula_weight	22806.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

QSVLTQPPSVSGDPGQRVTISCTGSSSNIGAGYYVYWYQQFPGTAPKLLIYQDNKRPSGVSDRFSGSKSGTSASLTITGLQPGDEADYYCSAWDSSLSAVMFGRGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVEVAWKADGSAVNAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTSDQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPAE

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp350
分子量 formula_weight	46895.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

MEAALLVCQYTIQSLIHLTGEDPGFFNVEIPEFPFYPTCNVCTADVNVTINFDVGGKKHQLDLDFGQLTPHTKAVYQPRGAFGGSENATNLFLLELLGAGELALTMRSKKLPINVTTGEEQQVSLESVDVYFQDVFGTMWCHHAEMQNPVYLIPETVPYIKWDNCNSTNITAVVRAQGLDVTLPLSLPTSAQDSNFSVKTEMLGNEIDIECIMEDGEISQVLPGDNKFNITCSGYESHVPSGGILTSTSPVATPIPGTGYAYSLRLTPRPVSRFLGNNSILYVFYSGNGPKASGGDYCIQSNIVFSDEIPASQDMPTNTTDITYVGDNATYSVPMVTSEDANSPNVTVTAFWAWPNNTETDFKCKWTLTSGTPSGCENISGAFASNRTFDITVSGLGTAPKTLIITRTATNATTTTHKVIFSKAPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	17

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.047 Å
晶胞边长 b length_b	71.377 Å
晶胞边长 c length_c	395.083 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	71.380 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2455
R_free r_free	0.2949

fit	/app/data/saxs_computation/si/8sic/8sic.fit
pddf	/app/data/pr_computation/si/8sic/8sic.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/si/8sic/8sic.dat

;Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)