SAXSdb — 9ma7

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ma7
沉积日期 deposition_date	2025-03-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 1A12 and 1H5 and non-neutralizing antibody 2E9
关键词 keywords	;Envelope glycoprotein GP350, Membrane antigen (MA), neutralizing antibody, 1A22, 1E5, 2E9, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.11 Å
零角强度 I(0) i0	225051000.00
分子量 molecular_weight	119750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148770 Å³
包络体积 envelope_volume	206030 Å³
水化壳体积 shell_volume	44957 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.44 Å
包络 Rg envelope_rg	39.42 Å
形状 Rg shape_rg	40.08 Å
总 Rg total_rg	40.40 Å
总原子数 total_atoms	8435
残基数 n_residues	1111
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	225000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.897

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein GP350
分子量 formula_weight	51454.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8435

MEAALLVCQYTIQSLIHLTGEDPGFFNVEIPEFPFYPTCNVCTADVNVTINFDVGGKKHQLDLDFGQLTPHTKAVYQPRGAFGGSENATNLFLLELLGAGELALTMRSKKLPINVTTGEEQQVSLESVDVYFQDVFGTMWCHHAEMQNPVYLIPETVPYIKWDNCNSTNITAVVRAQGLDVTLPLSLPTSAQDSNFSVKTQMLGNEIDIECIMEDGEISQVLPGDNKFNITCSGYESHVPSGGILTSTSPVATPIPGTGYAYSLRLTPRPVSRFLGNNSILYVFYSGNGPKASGGDYCIQSNIVFSDEIPASQDMPTNTTDITYVGDNATYSVPMVTSEDANSPNVTVTAFWAWPNNTETDFKCKWTLTSGTPSGCENISGAFASNRTFDITVSGLGTAPKTLIITRTATNATTTTHKVIFSKAPESTTTSPTLNTTGFADPNTTTGLPSSTHVPTNLTAPASTGPTVSTGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	human gammaherpesvirus 4
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 2 polymer

描述 description	1H5 heavy chain no-CH2CH3
分子量 formula_weight	26271.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGWSCIILFLVATATGVHSQVQLVQSGAEVRKPGSSVKVSCEFSGGPFKNSAFSWVRQAPGQGPEWMGGIIPPFVRGKYAQGFQGRVTITADEHLSTTYMELTGLRSDDTAVYYCARGPSSGNYNYYYGMDVWGQGTPVSVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 3 polymer

描述 description	1H5 light chain
分子量 formula_weight	24930.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGWSCIILFLVATATGSWAQSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGSNYVYWYQQLPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLSGWVFGGGTQLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 4 polymer

描述 description	1A12 heavy chain no-CH2CH3
分子量 formula_weight	26621.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGWSCIILFLVATATGVHSQVQLVQSGAEVKKPGASMKVSCKASGYTFAGYYIHWVRQAPGQGLEWMGSINPNSGKATYAQRFHGRVTLTREMSINTAYMELTRLTSDDTAIYYCARDATYSTSFSPRWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 5 polymer

描述 description	1A12 light chain
分子量 formula_weight	24901.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGWSCIILFLVATATGSWAEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSISSNSLAWYQQRPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPRTFGPGTKVDIKGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 6 polymer

描述 description	2E9 heavy chain no-CH2CH3
分子量 formula_weight	25906.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGWSCIILFLVATATGVHSQVQLQESGPGLVKPSETLSLICTVSGYSISSGYNWGWIRQPPGKGLEWIGSINHSGSTYYNPSLKSRVTTSVDTSTNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDSIMIGYRGLDYWGQGTLVSVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

Entity 7 polymer

描述 description	2E9 light chain
分子量 formula_weight	24774.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGWSCIILFLVATATGSWAQSVVTQPPSVSAAPGQKVTISCSGSSSNIGNNYVSWYQQLPGTAPKLLIYDNNKRPSGIPDRFSGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYCGTWDSSLSAYVFGTGTQLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	673171

fit	/app/data/saxs_computation/ma/9ma7/9ma7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/9ma7/9ma7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/9ma7/9ma7.dat

Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 1A12 and 1H5 and non-neutralizing antibody 2E9

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)