8sm1

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sm1
沉积日期 deposition_date	2023-04-25
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.41 Å
零角强度 I(0) i0	134844000.00
分子量 molecular_weight	92509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115390 Å³
包络体积 envelope_volume	159360 Å³
水化壳体积 shell_volume	38981 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.01 Å
包络 Rg envelope_rg	37.73 Å
形状 Rg shape_rg	37.38 Å
总 Rg total_rg	37.60 Å
总原子数 total_atoms	6512
残基数 n_residues	831
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7841
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.682
峰度 Kurtosis kurtosis	0.040
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.522; Smooth: 0.777

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp350
分子量 formula_weight	46895.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	6513

MEAALLVCQYTIQSLIHLTGEDPGFFNVEIPEFPFYPTCNVCTADVNVTINFDVGGKKHQLDLDFGQLTPHTKAVYQPRGAFGGSENATNLFLLELLGAGELALTMRSKKLPINVTTGEEQQVSLESVDVYFQDVFGTMWCHHAEMQNPVYLIPETVPYIKWDNCNSTNITAVVRAQGLDVTLPLSLPTSAQDSNFSVKTEMLGNEIDIECIMEDGEISQVLPGDNKFNITCSGYESHVPSGGILTSTSPVATPIPGTGYAYSLRLTPRPVSRFLGNNSILYVFYSGNGPKASGGDYCIQSNIVFSDEIPASQDMPTNTTDITYVGDNATYSVPMVTSEDANSPNVTVTAFWAWPNNTETDFKCKWTLTSGTPSGCENISGAFASNRTFDITVSGLGTAPKTLIITRTATNATTTTHKVIFSKAPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4
通用名 common_name	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	769A9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24115.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAELKTPGASVKVSCKASGYTFTGYYIHWVRQAPGEGLEWTGWINPNSGATRYGQKFQGRVTLTSDTSSSTVYMEVSNLTSDDSAVYYCARELSYSIRGTGPLGYWGLGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	769A9 Fab light chain
分子量 formula_weight	23435.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVASKYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQYYGSSPLTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	164.082 Å
晶胞边长 b length_b	54.683 Å
晶胞边长 c length_c	137.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	45.780 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2580
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/sm/8sm1/8sm1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sm/8sm1/8sm1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sm/8sm1/8sm1.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)