8sm5

Crystal Structure of BHRF1 from Epstein Barr Virus in complex with BID BH3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sm5
沉积日期 deposition_date	2023-04-25
结构标题 title	Crystal Structure of BHRF1 from Epstein Barr Virus in complex with BID BH3 peptide
关键词 keywords	BHRF1, BID peptide, complex, Viral Protein, BH3 domain, apoptosis; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.17 Å
零角强度 I(0) i0	158407000.00
分子量 molecular_weight	96897.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119970 Å³
包络体积 envelope_volume	154860 Å³
水化壳体积 shell_volume	41990 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.06 Å
包络 Rg envelope_rg	29.79 Å
形状 Rg shape_rg	30.17 Å
总 Rg total_rg	30.83 Å
总原子数 total_atoms	6813
残基数 n_residues	848
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9048
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.535
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	119800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Apoptosis regulator BHRF1
分子量 formula_weight	17918.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I
原子数 atom_count	6850

AYSTREILLALCIRDSRVHGNGTLHPVLELAARETPLRLSPEDTVVLRYHVLLEEIIERNSETFTETWNRFITHTEHVDLDFNSVFLEIFHRGDPSLGRALAWMAWCMHACRTLCCNQSTPYYVVDLSVRGMLEASEGLDGWIHQQGGWSTLIEDN

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 4 strain B95-8
通用名 common_name	Epstein-Barr virus (strain B95-8), Human herpesvirus 4 (strain B95-8)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10377
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	BID BH3
分子量 formula_weight	2027.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J

DIIRNIARHLAQVGDSMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	186.817 Å
晶胞边长 b length_b	186.817 Å
晶胞边长 c length_c	70.486 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	80.894 Å
R 因子 r_factor	0.2007
R_work r_work	0.1976
R_free r_free	0.2597

fit	/app/data/saxs_computation/sm/8sm5/8sm5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sm/8sm5/8sm5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sm/8sm5/8sm5.dat

Crystal Structure of BHRF1 from Epstein Barr Virus in complex with BID BH3 peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)