SAXSdb — 8soa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–1102	未记录	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 × 1 （A0A8D0T2D6） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8SOA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8SO9 Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma 提交 2023-04-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–1102（1101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.03 Å
8SOB Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP 提交 2023-04-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–1102（1101 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.90 Å
8SOC Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and Gbetagamma 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1102（1101 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.50 Å
8SOD Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 1 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–1102（1101 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.40 Å
8SOE Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 2 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–1102（1101 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8D1WUA4_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–1108； UniProt 2–1102

Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

Sus scrofa

UniProt A0A8D0T2D6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–877	未记录	phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase × 1 （A0A8D1WUA4） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8SOA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8SO9 Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma 提交 2023-04-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–877（877 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.03 Å
8SOB Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP 提交 2023-04-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–877（877 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.90 Å
8SOC Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and Gbetagamma 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–877（877 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.50 Å
8SOD Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 1 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–877（877 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.40 Å
8SOE Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 2 提交 2023-04-28	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–877（877 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 2	分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8D0T2D6_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–877； UniProt 1–877

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8soa
沉积日期 deposition_date	2023-04-28
结构标题 title	Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP
关键词 keywords	Phosphoinositide 3-Kinase, Chemotaxis, Cancer, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.01 Å
零角强度 I(0) i0	406746000.00
分子量 molecular_weight	170040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214950 Å³
包络体积 envelope_volume	303360 Å³
水化壳体积 shell_volume	60541 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.37 Å
包络 Rg envelope_rg	42.37 Å
形状 Rg shape_rg	42.98 Å
总 Rg total_rg	43.29 Å
总原子数 total_atoms	24051
残基数 n_residues	1481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	406700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8704
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.856

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
分子量 formula_weight	127573.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24051

MHHHHHHELENYEQPVVLREDNRRRRRRMKPRSTAASLSSMELIPIEFVLPTSQRNTKTPETALLHVAGHGNVEQMKAQVWLRALETSVSADFYHRLGPDHFLLLYQKKGQWYEIYDKYQVVQTLDCLRYWKVLHRSPGQIHVVQRHAPSEETLAFQRQLNALIGYDVTDVSNVHDDELEFTRRRLVTPRMAEVAGRDPKLYAMHPWVTSKPLPEYLLKKITNNCVFIVIHRSTTSQTIKVSADDTPGTILQSFFTKMAKKKSLMDIPESQNERDFVLRVCGRDEYLVGETPIKNFQWVRQCLKNGEEIHLVLDTPPDPALDEVRKEEWPLVDDCTGVTGYHEQLTIHGKDHESVFTVSLWDCDRKFRVKIRGIDIPVLPRTADLTVFVEANIQYGQQVLCQRRTSPKPFTEEVLWNVWLEFSIKIKDLPKGALLNLQIYCGKAPALSGKTSAEMPSPESKGKAQLLYYVNLLLIDHRFLLRHGEYVLHMWQLSGKGEDQGSFNADKLTSATNPDKENSMSISILLDNYCHPIALPKHRPTPDPEGDRVRAEMPNQLRKQLEAIIATDPLNPLTAEDKELLWHFRYESLKDPKAYPKLFSSVKWGQQEIVAKTYQLLAKREVWDQSALDVGLTMQLLDCNFSDENVRAIAVQKLESLEDDDVLHYLLQLVQAVKFEPYHDSALARFLLKRGLRNKRIGHFLFWFLRSEIAQSRHYQQRFAVILEAYLRGCGTAMLHDFTQQVQVIDMLQKVTIDIKSLSAEKYDVSSQVISQLKQKLENLQNLNLPQSFRVPYDPGLKAGALVIEKCKVMASKKKPLWLEFKCADPTALSNETIGIIFKHGDDLRQDMLILQILRIMESIWETESLDLCLLPYGCISTGDKIGMIEIVKDATTIAKIQQSTVGNTGAFKDEVLSHWLKEKCPIEEKFQAAVERFVYSCAGYCVATFVLGIGDRHNDNIMISETGNLFHIDFGHILGNYKSFLGINKERVPFVLTPDFLFVMGTSGKKTSLHFQKFQDVCVKAYLALRHHTNLLIILFSMMLMTGMPQLTSKEDIEYIRDALTVGKSEEDAKKYFLDQIEVCRDKGWTVQFNWFLHLVLGIKQGEKHSA

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5
分子量 formula_weight	98497.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQPGATTCTEDRIQHALERCLHGLSLSRRSTSWSAGLCLNCWSLQELVSRDPGHFLILLEQILQKTREVQEKGTYDLLAPLALLFYSTVLCTPHFPPDSDLLLKAARTYHRFLTWPVPYCSICQELLTFIDAELKAPGISYQRLVRAEQGLSTRSHRSSTVTVLLLNPVEVQAEFLDVADKLSTPGPSPHSAYITLLLHAFQATFGAHCDLSGLHRRLQSKTLAELEAIFTETAEAQELASGIGDAAEARQWLRTKLQAVGEKAGFPGVLDTAKPGKLRTIPIPVARCYTYSWNQDSFDILQEILLKEQELLQPEILDDEEDEDEEDEEEDLDADGHCAERDSVLSTGSAASHASTLSLASSQASGPTLSRQLLTSFVSGLSDGVDSGYMEDIEESAYERPRRPGGHERRGHRRPGQKFNRIYKLFKSTSQMVLRRDSRSLEGSPDSGPPLRRAGSLCSPLDSPTLPPSRAQRSRSLPQPKLSPQLPGWLLAPASRHQRRRPFLSGDEDPKASTLRVVVFGSDRISGKVARAYSNLRRLENNRPLLTRFFKLQFFYVPVKRSRGTGTPTSPAPRSQTPPLPTDAPRHPGPAELGAAPWEESTNDISHYLGMLDPWYERNVLGLMHLPPEVLCQSLKAEPRPLEGSPAQLPILADMLLYYCRFAARPVLLQVYQTELTFITGEKTTEIFIHSLELGHSAATRAIKASGPGSKRLGIDGDREAVPLTLQIIYSKGAISGRSRWSNMEKLCTSVNLSKACRQQEELDSSTEALTLNLTEVVKRQTPKSKKGFNQISTSQIKVDKVQIIGSNSCPFAVCLDQDERKILQSVIRCEVSPCYKPEKSSLCPPPQRPSYPPAPATPDLCSLLCLPIMTFSGALPGGGGSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	200533

fit	/app/data/saxs_computation/so/8soa/8soa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/so/8soa/8soa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/so/8soa/8soa.dat

Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)