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8sx1

PARP4 catalytic domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

Homo sapiens

UniProt Q9UKK3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 242–573 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 分辨率 4.20 Å R-free 0.331

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SX1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11JF RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 1–1724（1724 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–282（41 aa）
链 A 365–573（209 aa）
未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–282（41 aa）
链 B 365–573（209 aa）
未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 242–282（41 aa）
链 C 365–573（209 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
分辨率 2.55 Å R-free 0.254
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–282（41 aa）
链 A 365–573（209 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–282（41 aa）
链 B 365–573（209 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 242–282（41 aa）
链 C 365–573（209 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
分辨率 3.00 Å R-free 0.248
8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–573（332 aa）
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47
分辨率 2.95 Å R-free 0.262
8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–573（332 aa）
未记录 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47
分辨率 2.95 Å R-free 0.262
9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric
链 B 1–1724（1724 aa）
链 D 1–1724（1724 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
分辨率 2.90 Å
9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1724（1724 aa）
链 D 1–1724（1724 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric
链 B 1–1724（1724 aa）
链 D 1–1724（1724 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
分辨率 2.90 Å
9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1724（1724 aa）
链 D 1–1724（1724 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
分辨率 2.90 Å
9DEV PARP4 BRCT domain 提交 2024-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.15M Citric Acid pH3.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
9DFO PARP4 BRCT domain K31Q mutant 提交 2024-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
突变：K31Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；31% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
9DFP PARP4 BRCT domain K23/24Q mutant 提交 2024-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
突变：K23Q,K24Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
分辨率 1.92 Å R-free 0.219
9DFQ PARP4 BRCT domain F39Q mutant 提交 2024-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
突变：F39Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
9DFR PARP4 BRCT domain F39A mutant 提交 2024-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–100（100 aa）
突变：F39A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.218

共 11 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PARP4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 B； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 C； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 D； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 E； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 F； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 G； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573 作者链 H； PDB构建体 2–333； UniProt 242–573

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sx1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sx1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sx1
沉积日期 deposition_date2023-05-19
结构标题 titlePARP4 catalytic domain
关键词 keywordsPARP family, ADP-ribosyltransferase, marylation, vault, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.84 Å
零角强度 I(0) i01092180000.00
分子量 molecular_weight278090.0 kDa
排除体积 excluded_volume350370 ų
包络体积 envelope_volume540270 ų
水化壳体积 shell_volume90957 ų
包络直径 envelope_diameter183.8 Å
壳层 Rg shell_rg53.43 Å
包络 Rg envelope_rg48.65 Å
形状 Rg shape_rg49.83 Å
总 Rg total_rg50.03 Å
总原子数 total_atoms19488
残基数 n_residues2490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.7 Å
Rg (实空间) rg_real50.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0920e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1092000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8661
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary59.5 Å
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.184
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha103400000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.772
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)