SAXSdb — 8szy

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8szy
沉积日期 deposition_date	2023-05-30
结构标题 title	Crystal Structure of Heterotrimeric Anti-TIGIT Fabs in complex with human TIGIT
关键词 keywords	Antibody, TIGIT, PVR-Family, IMMUNE SYSTEM, PROTEIN BINDING; IMMUNE SYSTEM,PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.51 Å
零角强度 I(0) i0	643563000.00
分子量 molecular_weight	209520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	261830 Å³
包络体积 envelope_volume	403610 Å³
水化壳体积 shell_volume	66002 Å³
包络直径 envelope_diameter	229.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.14 Å
包络 Rg envelope_rg	59.36 Å
形状 Rg shape_rg	58.44 Å
总 Rg total_rg	58.38 Å
总原子数 total_atoms	29089
残基数 n_residues	1879
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	641600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7330
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.799
峰度 Kurtosis kurtosis	0.231
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.545; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.572; Smooth: 0.319

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CHA.9.543 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24309.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	29201

EVQLQQSGPELVKPGASMKISCKASGYSFTGYTMNWVRQSHGKNLEWLGLIFPYNGGTSYNQNFKGKATLTVDTSSSTAYMELLSLTSVDSAVYYCARGVRFALDYWGQGTSVSVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CHA.9.543 light chain
分子量 formula_weight	24072.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DVVMTQTPLSLPVSFGDQVSISCRSSQSLANSYGNTYLSWYLHKPGQSPQLLIYEISNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLNISTIKPEDLGMYYCLQGTHQPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	BMS-986207 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25870.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVSSGIYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDYYVSGNYYNVDYYFFGVDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	BMS-986207 light chain
分子量 formula_weight	23621.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPPLFTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
分子量 formula_weight	12483.8 kDa
突变 mutation	C69S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,U

MTGTIETTGNISAEKGGSIILQCHLSSTTAQVTQVNWEQQDQLLAISNADLGWHISPSFKDRVAPGPGLGLTLQSLTVNDTGEYFCIYHTYPDGTYTGRIFLEVLEGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.850 Å
晶胞边长 b length_b	216.910 Å
晶胞边长 c length_c	109.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	45.600 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2686

fit	/app/data/saxs_computation/sz/8szy/8szy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sz/8szy/8szy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sz/8szy/8szy.dat

Crystal Structure of Heterotrimeric Anti-TIGIT Fabs in complex with human TIGIT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)