8t5e

De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 11

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 141–166	未记录	Bim_fulldiff × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1 M Citric acid pH 2.5, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.00 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8T5E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F95 SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE COMPLEX 提交 2000-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 108–116（9 aa）片段：DLC8 BINDING REGION 链 D 108–116（9 aa）片段：DLC8 BINDING REGION	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O \| 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O \| 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成 1.5mM DLC8/Bim peptide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O \| 99.9% D2O	分辨率未提供
2K7W BAX Activation is Initiated at a Novel Interaction Site 提交 2008-08-27	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–164（20 aa）片段：BIM BH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.1-0.2 mM [U-99% 15N] protein, 0.1-0.2 mM peptide, 90% H2O/10%D20 \| 90% H2O/10%D20	分辨率未提供
2NL9 Crystal structure of the Mcl-1:Bim BH3 complex 提交 2006-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；0.2M zinc acetate, 0.2M imidazole, 2mM TCEP, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
2NL9 Crystal structure of the Mcl-1:Bim BH3 complex 提交 2006-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 141–166（26 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；0.2M zinc acetate, 0.2M imidazole, 2mM TCEP, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
2NL9 Crystal structure of the Mcl-1:Bim BH3 complex 提交 2006-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 141–166（26 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；0.2M zinc acetate, 0.2M imidazole, 2mM TCEP, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
2V6Q Crystal Structure of a BHRF-1 : Bim BH3 complex 提交 2007-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：RESIDUES 141-166	未记录	BR BROMIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.1 M MALIC ACID PH 4.0, 1.7 M NABR, 0.1 M GUANIDINE HCL	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
2VM6 Human Bcl2-A1 in complex with Bim-BH3 peptide 提交 2008-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–165（25 aa）片段：RESIDUES 141-165	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.1M BIS, TRIS PH 5.8, 2M AMSO4	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2WH6 Crystal structure of anti-apoptotic BHRF1 in complex with the Bim BH3 domain 提交 2009-05-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–76（26 aa）片段：BH3, RESIDUES 51-72	未记录	BR BROMIDE ION × 9 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.1 M MALIC ACID PH 4 1.25 M NABR	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2YQ6 Structure of Bcl-xL bound to BimSAHB 提交 2012-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 147–164（18 aa）片段：BH3 DOMAIN, RESIDUES 14-31	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15 % (W/V) PEG 400, 5 % PEG 3000, 10 % GLYCEROL AND 0.1 M MES PH 6.5.	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
2YQ7 Structure of Bcl-xL bound to BimLOCK 提交 2012-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 147–164（18 aa）片段：BH3 DOMAIN, RESIDUES 147-164	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15 % (W/V) PEG 400, 5 % PEG 3000, 10 % GLYCEROL AND 0.1 M MES PH 6.5.	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
3D7V Crystal structure of Mcl-1 in complex with an Mcl-1 selective BH3 ligand 提交 2008-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：Bim BH3	突变：L62A, F69A	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；0.2M Zinc Acetate, 0.2M Imidazole, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.241
3FDL Bim BH3 peptide in complex with Bcl-xL 提交 2008-11-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3 domain, UNP residues 141-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1M Sodium citrate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
3FDL Bim BH3 peptide in complex with Bcl-xL 提交 2008-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3 domain, UNP residues 141-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1M Sodium citrate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
3IO8 BimL12F in complex with Bcl-xL 提交 2009-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3 peptide, residues 141-166	突变：L152P	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.02M Zinc Acetate 2.5M Sodium Chloride 0.1M Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
3IO8 BimL12F in complex with Bcl-xL 提交 2009-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 141–166（26 aa）片段：BH3 peptide, residues 141-166	突变：L152P	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.02M Zinc Acetate 2.5M Sodium Chloride 0.1M Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
3IO9 BimL12Y in complex with Mcl-1 提交 2009-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3 peptide, residues 141-166	突变：L152P	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；0.15M zinc acetate, 0.15 M imidizole, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.251
3KJ0 Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant I2dY 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–165（23 aa）片段：BH3 region of BIM (UNP 1-23)	突变：I6Y	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris, 45% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
3KJ1 Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant I2dA 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–163（21 aa）片段：BH3 region of BIM (UNP 1-21)	突变：I6A	ZN ZINC ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Imidazole, 0.2 M Zinc Acetate, 16% PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.213
3KJ1 Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant I2dA 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 143–163（21 aa）片段：BH3 region of BIM (UNP 1-21)	突变：I6A	ZN ZINC ION × 20 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Imidazole, 0.2 M Zinc Acetate, 16% PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.213
3KJ2 Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant F4aE 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–163（21 aa）片段：BH3 region of Bim (UNP 1-21)	突变：F17E	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Imidazole, 0.2 M Zinc Acetate, 2% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
3KJ2 Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant F4aE 提交 2009-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 143–163（21 aa）片段：BH3 region of Bim (UNP 1-21)	突变：F17E	ZN ZINC ION × 16 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Imidazole, 0.2 M Zinc Acetate, 2% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
4B4S Crystal Structure of a pro-survival Bcl-2:Bim BH3 complex 提交 2012-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–76（26 aa）片段：RESIDUES 51-76	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M MGCL2, 20 % PEG 400, 20 % PEG 3350, 0.1 M TRIS PH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4D2M Vaccinia Virus F1L bound to Bim BH3 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 141–166（26 aa）片段：RESIDUES 141-166 链 D 141–166（26 aa）片段：RESIDUES 141-166	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；0.2M KCL, 15 % PEG400, 1.44 % MPD AND 0.1M AMMONIUM CITRATE PH 6.2.	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
4QVF Crystal structure of Bcl-xL in complex with BIM BH3 domain 提交 2014-07-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；17.5% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M phosphate citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.53 Å R-free 0.230
4UF3 Deerpox virus DPV022 in complex with Bim BH3 提交 2014-12-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3, UNP RESIDUES 141-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；17% PEG 8000, 0.2M MES PH 5.5, 0.2M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.70 Å R-free 0.221
4ZIE Crystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BimBH3 提交 2015-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 141–166（26 aa）片段：BH3 motif, UNP RESIDUES 141-166	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；PEG6000, bicine	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
4ZIF Crystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BimBH3mini 提交 2015-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–160（20 aa）片段：BH3 motif, unp residues 141-160	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Tri-sodium citrate, Sodium cacodylate	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4ZIH Crystal Structure of core/latch dimer of Bax in complex with BimBH3mini 提交 2015-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–160（20 aa）片段：BH3 motif, unp residues 141-160	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Tri-sodium citrate, Sodium cacodylate	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
5AGW Bcl-2 alpha beta-1 complex 提交 2015-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 146–166（21 aa）片段：RESIDUES 148-166	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.02M CACL2, 0.1M MOPS PH7.0, 10% 2-PROPANOL	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
5AGW Bcl-2 alpha beta-1 complex 提交 2015-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 146–166（21 aa）片段：RESIDUES 148-166	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.02M CACL2, 0.1M MOPS PH7.0, 10% 2-PROPANOL	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
5AGX Bcl-2 alpha beta-1 LINEAR complex 提交 2015-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 146–166（21 aa）片段：BIM BH3, RESIDUES 146-166	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.245
5AGX Bcl-2 alpha beta-1 LINEAR complex 提交 2015-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 146–166（21 aa）片段：BIM BH3, RESIDUES 146-166	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH 7.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.245
5C3G Crystal structure of Bcl-xl bound to BIM-MM 提交 2015-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 56–76（21 aa）片段：UNP residues 56-76	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% Peg 1500, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5, 2.5M NaCl, 1.5% MPD	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
5VWV Bak core latch dimer in complex with Bim-BH3 - Cubic 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–165（25 aa）片段：UNP residues 141-165	突变：W147R, Y163T	TFA trifluoroacetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；18 % glycerol, 21.6 % PEG (poly-ethylene glycol) 1500 and 0.5 % ethyl acetate	分辨率 1.90 Å R-free 0.177
5VWV Bak core latch dimer in complex with Bim-BH3 - Cubic 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–165（25 aa）片段：UNP residues 141-165	突变：W147R, Y163T	TFA trifluoroacetic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；18 % glycerol, 21.6 % PEG (poly-ethylene glycol) 1500 and 0.5 % ethyl acetate	分辨率 1.90 Å R-free 0.177
5VWW Bak core latch dimer in complex with Bim-RT - Tetragonal 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 D 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 突变：W147R, Y163T	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 BR BROMIDE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；281 K；12.5 % MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 38 mM imidazole pH 6.5, 12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium iodide, 62 mM sodium MES pH 6.5 and 30 mM sodium bromide	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
5VWX Bak core latch dimer in complex with Bim-h0-h3Glt 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 142–164（23 aa）片段：UNP residues 142-164 链 D 142–164（23 aa）片段：UNP residues 142-164	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；281 K；200 mM calcium acetate, 30 % PEG 400 and 100 mM sodium acetate-acetic acid pH 5.0	分辨率 2.49 Å R-free 0.305
5VWY Bak core latch dimer in complex with Bim-h3Pc-RT 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；15.8 % PEG 8000, 50 mM potassium dihydrogen phosphate, and 22.7 % glycerol	分辨率 1.55 Å R-free 0.216
5VWZ Bak in complex with Bim-h3Pc 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 D 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；281 K；10 % PEG 20000, 20 % PEG MME 550, 38 mM Imidazole pH 6.5, 20 mM ammonium acetate, 20 mM potassium sodium tartrate, 20 mM sodium formate, 62 mM sodium MES pH 6.5, 20 mM trisodium citrate, and 20 mM sodium oxamate	分辨率 1.62 Å R-free 0.191
5VX0 Bak in complex with Bim-h3Glg 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 D 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；281 K；200 mM magnesium chloride, 25 % PEG 3350, and 100 mM bis-tris chloride (pH 6.5)	分辨率 1.60 Å R-free 0.200
5VX2 Mcl-1 in complex with Bim-h3Pc-RT 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 D 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；281 K；20 % PEG 3000, 100 mM trisodium citrate buffered with citric acid pH 5.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.210
5VX3 Bcl-xL in complex with Bim-h3Pc-RT 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 F 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；200 mM magnesium chloride, 20 % PEG 6000, and 100 mM sodium MES pH 6	分辨率 1.95 Å R-free 0.243
5VX3 Bcl-xL in complex with Bim-h3Pc-RT 提交 2017-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166 链 H 141–166（26 aa）片段：UNP residues 141-166	突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W147R, Y163T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；200 mM magnesium chloride, 20 % PEG 6000, and 100 mM sodium MES pH 6	分辨率 1.95 Å R-free 0.243
5WOS Structural and functional insights into Canarypox Virus CNP058 regulation of apoptosis 提交 2017-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）片段：BH3 domain (UNP residues 141-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% w/v PEG6000	分辨率 2.45 Å R-free 0.245
6QFI Structure of human Mcl-1 in complex with BIM BH3 peptide 提交 2019-01-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 141–166（26 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；0.2M zinc acetate, 0.2M Imidazole pH 5.75	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
6RJP Bfl-1 in complex with alpha helical peptide 提交 2019-04-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 147–163（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 16% (w/v) PEG smear high	分辨率 2.57 Å R-free 0.266
6RJP Bfl-1 in complex with alpha helical peptide 提交 2019-04-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 147–163（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6 16% (w/v) PEG smear high	分辨率 2.57 Å R-free 0.266
6TQQ Structural insight into tanapoxvirus mediated inhibition of apoptosis 提交 2019-12-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 141–166（26 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M MIB pH 8.0, 25% PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
6X8O BimBH3 peptide tetramer 提交 2020-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 141–166（26 aa）链 B 141–166（26 aa）链 C 141–166（26 aa）链 D 141–166（26 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG600, 0.05 M Tris-HCl, 0.15 M potassium thiocyanate, 0.5% CHAPS	分辨率 1.31 Å R-free 0.168

共 38 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2L11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 141–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t5e
沉积日期 deposition_date	2023-06-13
结构标题 title	De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides
关键词 keywords	Alpha-helical peptides, protein design, diffusion, deep learning, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.98 Å
零角强度 I(0) i0	6265480.00
分子量 molecular_weight	17753.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22174 Å³
包络体积 envelope_volume	25412 Å³
水化壳体积 shell_volume	14138 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.19 Å
包络 Rg envelope_rg	15.42 Å
形状 Rg shape_rg	15.00 Å
总 Rg total_rg	16.09 Å
总原子数 total_atoms	1244
残基数 n_residues	152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.2 Å
Rg (实空间) rg_real	16.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2650e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6470e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6266000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8172
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1611000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	25.790 Å
晶胞边长 b length_b	66.667 Å
晶胞边长 c length_c	74.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.620 Å
R 因子 r_factor	0.2408
R_work r_work	0.2392
R_free r_free	0.2644

描述 description	Bim_fulldiff
分子量 formula_weight	16226.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1244

De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/t5/8t5e/8t5e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t5/8t5e/8t5e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t5/8t5e/8t5e.dat