8t7r

Crystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex with the Fab of alloreactive antibody E07

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 305.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t7r
沉积日期 deposition_date	2023-06-21
结构标题 title	Crystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex with the Fab of alloreactive antibody E07
关键词 keywords	human leukocyte antigen, HLA, HLA class I, antibodies, autoimmunity, Fab, alloreactive, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	85.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	85.53 Å
零角强度 I(0) i0	11871600000.00
分子量 molecular_weight	901560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1116400 Å³
包络体积 envelope_volume	1978100 Å³
水化壳体积 shell_volume	192410 Å³
包络直径 envelope_diameter	284.7 Å
壳层 Rg shell_rg	83.39 Å
包络 Rg envelope_rg	81.82 Å
形状 Rg shape_rg	85.48 Å
总 Rg total_rg	85.67 Å
总原子数 total_atoms	63611
残基数 n_residues	8165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	305.2 Å
Rg (实空间) rg_real	89.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1930e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5110e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	85.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11880000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8908
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	118.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.064
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0420
最高正则化参数 α highest_alpha	772300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 0.860; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.484

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain from antibody JTK191b E07
分子量 formula_weight	22731.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,Y,c,g,k,o,s
原子数 atom_count	63611

QSVSTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSKSVHWYRQKPGQAPVLVVYDNNARPSGIPERISGSNFANTATLTISRVEAGDEADYYCHVWDSSSDHVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab heavy chain from antibody JTK191b E07
分子量 formula_weight	25938.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,Z,d,h,l,p,t

QVQLQESGGGVVQPGGSLRLSCAASGFNFSNYGMHWVRQTPGKGLEWVASIPYDGSHQWHADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQINSLRPEDTAMYYCSKARISYLSAPAWWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	MHC class I antigen (Fragment)
分子量 formula_weight	31637.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W,a,e,i

GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	peptide
分子量 formula_weight	1091.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,1,2,3,4,5,6,7,8

VTEHDTLLY

Entity 5 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X,b,f

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	357.076 Å
晶胞边长 b length_b	259.582 Å
晶胞边长 c length_c	255.361 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	133.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.840 Å
最低分辨率 resolution_low	30.130 Å
R 因子 r_factor	0.2171
R_work r_work	0.2165
R_free r_free	0.2625

fit	/app/data/saxs_computation/t7/8t7r/8t7r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t7/8t7r/8t7r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t7/8t7r/8t7r.dat

Crystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex with the Fab of alloreactive antibody E07

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)