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8tcg

Integrin alpha-v beta-6 in complex with minibinder B6_BP_dslf

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 86.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-V heavy chain

Homo sapiens

UniProt P06756

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–469 未记录 Integrin beta-6 × 1 （P18564） Minibinder B6_BP_dslf × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TCG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1U8C A novel adaptation of the integrin PSI domain revealed from its crystal structure 提交 2004-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–987（957 aa） 片段：residues 31-987
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG, MES, CA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.367
3IJE Crystal structure of the complete integrin alhaVbeta3 ectodomain plus an Alpha/beta transmembrane fragment 提交 2009-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–997（967 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；12% PEG3350, 0.1M Na acetate, 0.8M NaCl, 2.5mM CaCl2, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
4G1E Crystal structure of integrin alpha V beta 3 with coil-coiled tag. 提交 2012-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–989（959 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-989
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 7 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.8；293 K；2.0M ammonium sulfate, 80mM sodium cacodylate, 6mM Magnesium Chloride, 2mM Calcium Chloride, pH 5.8, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
4G1E Crystal structure of integrin alpha V beta 3 with coil-coiled tag. 提交 2012-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–989（959 aa） 片段：UNP RESIDUES 31-989
未记录 CA CALCIUM ION × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 14 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.8；293 K；2.0M ammonium sulfate, 80mM sodium cacodylate, 6mM Magnesium Chloride, 2mM Calcium Chloride, pH 5.8, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.261
4G1M Re-refinement of alpha V beta 3 structure 提交 2012-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–989（959 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.8；298 K；12% PEG3350, 0.1M Na acetate, 0.8M NaCl, 2.5mM CaCl2, pH 4.8, EVAPORATION, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.233
4MMX Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to the tenth domain of Fibronectin 提交 2013-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–989（959 aa） 片段：Extracellular domain (UNP residues 31-989)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277.15 K；12% PEG3350, 0.8 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 3.32 Å R-free 0.269
4MMY Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to the tenth domain of Fibronectin with the IAKGDWND motif 提交 2013-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–989（959 aa） 片段：Extracellular domain (UNP residues 31-989)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277.15 K；12% PEG3350, 0.8 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 3.18 Å R-free 0.252
4MMZ Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to an antagonistic tenth domain of Fibronectin 提交 2013-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–989（959 aa） 片段：Extracellular domain (UNP residues 31-989)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MN MANGANESE (II) ION × 8 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277.15 K；12% PEG3350, 0.8 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4O02 AlphaVBeta3 integrin in complex with monoclonal antibody FAB fragment. 提交 2013-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–992（962 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 5 NO3 NITRATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；13.5% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.60 Å R-free 0.312
4UM8 Crystal structure of alpha V beta 6 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–625（595 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 31-625
突变：YES CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 5 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4UM8 Crystal structure of alpha V beta 6 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 31–625（595 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 31-625
突变：YES CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 5 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 31–625（595 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 31-625
突变：YES SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–625（595 aa） 片段：HEADPIECE, RESIDUES 31-625
突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5FFG Crystal structure of integrin alpha V beta 6 head 提交 2015-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–627（597 aa） 片段：UNP residues 31-627
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG3000 20% PEG200 0.1M MES
分辨率 2.25 Å R-free 0.246
5FFO Integrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta 提交 2015-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 31–627（597 aa） 片段：UNP residues 31-627
链 E 31–627（597 aa） 片段：UNP residues 31-627
未记录 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG8000 0.1M Immidazole
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
5NEM Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A. 提交 2017-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.80 Å
5NER Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A prime. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.50 Å
5NET Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose A. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.60 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 60 CA CALCIUM ION × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
6AVQ The Therapeutic Antibody LM609 Selectively Inhibits Ligand Binding to Human alpha-V beta-3 Integrin via Steric Hindrance 提交 2017-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–987（957 aa） 片段：UNP residues 31-987
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率 35.00 Å
6AVR Human alpha-V beta-3 Integrin (intermediate conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609 提交 2017-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–987（957 aa） 片段：UNP residues 31-987
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率 35.00 Å
6AVU Human alpha-V beta-3 Integrin (open conformation) in complex with the therapeutic antibody LM609 提交 2017-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–987（957 aa） 片段：UNP residues 31-987
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率 35.00 Å
6DJP Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs 8B8 and 68 提交 2018-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–995（965 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6MK0 Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to antagonist TDI-4161 提交 2018-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–984（954 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MN MANGANESE (II) ION × 8 JUY (2S)-2-[(1,3-benzothiazole-2-carbonyl)amino]-4-{[5-(1,8-naphthyridin-2-yl)pentanoyl]amino}butanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 800 mM Sodium Cholride, 12% PEG 4000.
分辨率 3.00 Å R-free 0.253
6MSL Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to EETI-II 2.5D 提交 2018-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–997（967 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 12% PEG4000, 800 mM NaCl
分辨率 3.10 Å R-free 0.266
6MSU Integrin alphaVBeta3 in complex with EETI-II 2.5F 提交 2018-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–997（967 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；100 mM Sodium Acetate, 800 mM NaCl, 12% PEG4000
分辨率 3.11 Å
6NAJ Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to Hr10 variant of the 10th domain of Fibronectin. 提交 2018-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–984（954 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；100 M Sodium Acetate, PEG4000, 800 mM Sodium Chloride.
分辨率 3.10 Å R-free 0.268
6OM1 Crystal structure of an atypical integrin 提交 2019-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–624（594 aa）
突变：M400GC NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000
分辨率 2.66 Å R-free 0.280
6OM1 Crystal structure of an atypical integrin 提交 2019-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 31–624（594 aa）
突变：M400GC NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000
分辨率 2.66 Å R-free 0.280
6OM1 Crystal structure of an atypical integrin 提交 2019-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 31–624（594 aa）
突变：M400GC NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000
分辨率 2.66 Å R-free 0.280
6OM1 Crystal structure of an atypical integrin 提交 2019-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 31–624（594 aa）
突变：M400GC NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000
分辨率 2.66 Å R-free 0.280
6OM2 Crystal structure of atypical integrin alphaV beta8 with proTGF-beta1 ligand peptide 提交 2019-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 31–624（594 aa）
链 C 31–624（594 aa）
突变：M400GC 突变：M400GC CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100 mM MES, pH 6.7, 12% PEG 20000
分辨率 2.77 Å R-free 0.282
6UJA Integrin alpha-v beta-8 in complex with pro-TGF-beta1 提交 2019-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–1048（1018 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6UJB Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs C6D4 and 11D12v2 提交 2019-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–1048（1018 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
6UJC Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs C6-RGD3 and 11D12v2 提交 2019-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–1048（1018 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
7Y1T Complex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2 提交 2022-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–625（625 aa）
突变：M401C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
8IJ5 Cryo-EM structure of Integrin AVB3 提交 2023-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 31–623（593 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8TCF Integrin alpha-v beta-8 in complex with minibinder B8_BP_dsulf 提交 2023-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–473（443 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8VS6 L-TGF-b3/avb8 提交 2024-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–992（962 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
8VSD avb8/L-TGF-b1/GARP 提交 2024-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 31–623（593 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8W30 Crystal structure of alpha-V beta-1 integrin headpiece in complex with TR01225179 提交 2024-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–625（595 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 A1AFA N-(2,4-dichlorobenzoyl)-L-phenylalanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；28% pentaerythritol ethoxylate (15/4_EO/OH), 0.05M ammonium sulfate, 0.05M Bis Tris pH 6.5
分辨率 2.45 Å R-free 0.275
8XEI Cryo-EM structure of integrin ITGAV/ITGB3 complex, conformation 1 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8XEK Cryo-EM structure of integrin ITGAV/ITGB3 complex, conformation 2 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8XEL Cryo-EM structure of integrin ITGAV/ITGB3 complex, conformation 3 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8XEN Cryo-EM structure of integrin ITGAV/ITGB3 complex, conformation 4 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XER Cryo-EM structure of integrin ITGAV, ITGB3 and Cilengitide TFA complex, conformation 1 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1LU4 2-[(2~{R},5~{R},8~{S},11~{S})-11-(3-carbamimidamidopropyl)-7-methyl-3,6,9,12,15-pentakis(oxidanylidene)-5-(phenylmethyl)-8-propan-2-yl-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]ethanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8XEZ Cryo-EM structure of integrin ITGAV/ITGB3 complex, conformation 5 提交 2023-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8XF6 Cryo-EM structure of integrin ITGAV, ITGB3 and Cilengitide TFA complex, conformation 2 提交 2023-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1LU4 2-[(2~{R},5~{R},8~{S},11~{S})-11-(3-carbamimidamidopropyl)-7-methyl-3,6,9,12,15-pentakis(oxidanylidene)-5-(phenylmethyl)-8-propan-2-yl-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]ethanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8XFG Cryo-EM structure of integrin ITGAV, ITGB3 and CYCLO (RGDFK) complex, conformation 1 提交 2023-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1LU7 2-[(2~{R},5~{R},8~{S},11~{S})-8-(4-azanylbutyl)-11-(3-carbamimidamidopropyl)-3,6,9,12,15-pentakis(oxidanylidene)-5-(phenylmethyl)-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]ethanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8XFO Cryo-EM structure of integrin ITGAV, ITGB3 and CYCLO (RGDFK) complex, conformation 2 提交 2023-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1LU7 2-[(2~{R},5~{R},8~{S},11~{S})-8-(4-azanylbutyl)-11-(3-carbamimidamidopropyl)-3,6,9,12,15-pentakis(oxidanylidene)-5-(phenylmethyl)-1,4,7,10,13-pentazacyclopentadec-2-yl]ethanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8ZDF Cryo-EM structure of the integrin avb3 with CWHM-12, conformation 2 提交 2024-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1D8D (2~{S})-3-[2-azanylethanoyl-[3-oxidanyl-5-[(5-oxidanylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]carbonyl-amino]-2-(3-bromanyl-5-~{tert}-butyl-phenyl)propanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
8ZDG Cryo-EM structure of the integrin avb3 with CWHM-12, conformation 1 提交 2024-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1048（1048 aa）
未记录 A1D8D (2~{S})-3-[2-azanylethanoyl-[3-oxidanyl-5-[(5-oxidanylpyrimidin-2-yl)amino]phenyl]carbonyl-amino]-2-(3-bromanyl-5-~{tert}-butyl-phenyl)propanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9CZ7 Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 12 提交 2024-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–625（595 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6A (2S)-phenyl{(3S)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.57 Å R-free 0.234
9CZA Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 18 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–625（595 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6B (2S)-(2-cyclopropylphenyl){(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.49 Å R-free 0.244
9CZD Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 30 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–625（595 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 A1A6H (2S)-{5-fluoro-2-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}{(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.23 Å R-free 0.233
9CZF Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound MORF-627 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–625（595 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6I (2S)-{5-fluoro-2-[(6S)-5-oxaspiro[2.5]octan-6-yl]phenyl}{(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 ACT ACETATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.53 Å R-free 0.245
9IND Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fab of 130H2 提交 2024-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 31–470（440 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9IUJ Integrin alpha-v beta-3 in complex with rhodostomin 提交 2024-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–987（957 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
9JEI Integrin alpha-v beta-3 in complex with Echistatin 提交 2024-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–987（957 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9LT3 Integrin alpha-v beta-3 in complex with Trimucrin 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–987（957 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9XMM Cryo-EM structure of Integrin alpha V beta 6 complex with a bicyclic inhibitory peptide 提交 2025-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–624（594 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；pH7.5, contains 0.2 mM CaCl2 and 1 mM MnCl2.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å

共 55 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITAV_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–440； UniProt 31–469

Integrin beta-6

Homo sapiens

UniProt P18564

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 130–371 未记录 Integrin alpha-V heavy chain × 1 （P06756） Minibinder B6_BP_dslf × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TCG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4UM8 Crystal structure of alpha V beta 6 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–788（788 aa）
突变：YES CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 5 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4UM8 Crystal structure of alpha V beta 6 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–788（788 aa）
突变：YES CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 5 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 18–491（474 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 18–491（474 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5FFG Crystal structure of integrin alpha V beta 6 head 提交 2015-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 128–378（251 aa） 片段：UNP residues 128-378
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5% PEG3000 20% PEG200 0.1M MES
分辨率 2.25 Å R-free 0.246
5FFO Integrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta 提交 2015-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 128–378（251 aa） 片段：Unp residues 128-378
链 F 128–378（251 aa） 片段：Unp residues 128-378
未记录 CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG8000 0.1M Immidazole
分辨率 3.49 Å R-free 0.277
5NEM Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A. 提交 2017-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.80 Å
5NER Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A prime. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.50 Å
5NET Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose A. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.60 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 60 CA CALCIUM ION × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
5NEU Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B. 提交 2017-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.30 Å
9CZ7 Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 12 提交 2024-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6A (2S)-phenyl{(3S)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.57 Å R-free 0.234
9CZA Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 18 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6B (2S)-(2-cyclopropylphenyl){(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.49 Å R-free 0.244
9CZD Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 30 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 A1A6H (2S)-{5-fluoro-2-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}{(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.23 Å R-free 0.233
9CZF Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound MORF-627 提交 2024-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–491（470 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 A1A6I (2S)-{5-fluoro-2-[(6S)-5-oxaspiro[2.5]octan-6-yl]phenyl}{(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid × 1 ACT ACETATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate
分辨率 2.53 Å R-free 0.245
9XMM Cryo-EM structure of Integrin alpha V beta 6 complex with a bicyclic inhibitory peptide 提交 2025-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 18–491（474 aa）
突变：I270C CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；pH7.5, contains 0.2 mM CaCl2 and 1 mM MnCl2.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å

共 13 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–242； UniProt 130–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8tcg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8tcg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8tcg
沉积日期 deposition_date2023-06-30
结构标题 titleIntegrin alpha-v beta-6 in complex with minibinder B6_BP_dslf
关键词 keywordsComplex, heterodimer, signaling, ECM-binding, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.99 Å
零角强度 I(0) i0116284000.00
分子量 molecular_weight84606.0 kDa
排除体积 excluded_volume105500 ų
包络体积 envelope_volume126490 ų
水化壳体积 shell_volume37922 ų
包络直径 envelope_diameter91.6 Å
壳层 Rg shell_rg35.21 Å
包络 Rg envelope_rg27.30 Å
形状 Rg shape_rg26.97 Å
总 Rg total_rg27.84 Å
总原子数 total_atoms11672
残基数 n_residues754
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.3 Å
Rg (实空间) rg_real27.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal116300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9034
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.9 Å
偏度 Skewness skewness0.249
峰度 Kurtosis kurtosis-0.418
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24350000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)