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1SXJ
Crystal Structure of the Eukaryotic Clamp Loader (Replication Factor C, RFC) Bound to the DNA Sliding Clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA)
提交 2004-03-30
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
突变:R165Q
|
MG MAGNESIUM ION × 4
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;292 K;PEG 3350, sodium chloride, CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.85 Å
R-free 0.306
|
|
7SGZ
Structure of the yeast Rad24-RFC loader bound to DNA and the closed 9-1-1 clamp
提交 2021-10-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å
|
|
7SH2
Structure of the yeast Rad24-RFC loader bound to DNA and the open 9-1-1 clamp
提交 2021-10-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å
|
|
7ST9
Open state of Rad24-RFC:9-1-1 bound to a 5' ss/dsDNA junction
提交 2021-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GLU GLUTAMIC ACID × 1
THR THREONINE × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
7STB
Closed state of Rad24-RFC:9-1-1 bound to a 5' ss/dsDNA junction
提交 2021-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å
|
|
7STE
Rad24-RFC ADP state
提交 2021-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.73 Å
|
|
7TFH
Atomic model of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to two DNA molecules, one at the 5'-recessed end and the other at the 3'-recessed end
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:dodecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å
|
|
7TFI
Atomic model of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with an open clamp
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å
|
|
7TFJ
Atomic model of S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with a closed clamp ring
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7TFK
Atomic model of S. cerevisiae clamp loader RFC bound to two DNA molecules, one at the 5'-recessed end and the other at the 3'-recessed end
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:nonameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
|
7TFL
Atomic model of S. cerevisiae clamp loader RFC bound to DNA
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:heptameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å
|
|
7THJ
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation
提交 2022-01-11
|
构建体不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
7THV
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation
提交 2022-01-12
|
构建体不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7TI8
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA)
提交 2022-01-13
|
构建体不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7TIB
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA
提交 2022-01-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7TIC
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) in an autoinhibited conformation
提交 2022-01-13
|
构建体不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
7TID
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA
提交 2022-01-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7TKU
Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the open sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA)
提交 2022-01-17
|
构建体不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7U19
RFC:PCNA bound to nicked DNA
提交 2022-02-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7U1A
RFC:PCNA bound to dsDNA with a ssDNA gap of six nucleotides
提交 2022-02-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7U1P
RFC:PCNA bound to DNA with a ssDNA gap of five nucleotides
提交 2022-02-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
8DQW
Open state of Rad24-RFC:9-1-1 bound to a 5' ss/dsDNA junction
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 4
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å
|
|
8DQX
Open state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å
|
|
8DQZ
Intermediate state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å
|
|
8DR0
Closed state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å
|
|
8DR1
Consensus closed state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2)
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:dodecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.14 Å
|
|
8DR3
Closed state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) with NTD
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:dodecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
8DR4
Open state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) without NTD
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:dodecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å
|
|
8DR5
Open state of RFC:PCNA bound to a 3' ss/dsDNA junction (DNA2) with NTD
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:dodecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 4
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å
|
|
8DR6
Closed state of RFC:PCNA bound to a nicked dsDNA
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å
|
|
8DR7
Open state of RFC:PCNA bound to a nicked dsDNA
提交 2022-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
8FS3
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 1 (open 9-1-1 and shoulder bound DNA only)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 4
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å
|
|
8FS4
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 2 (open 9-1-1 ring and flexibly bound chamber DNA)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å
|
|
8FS5
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 3 (open 9-1-1 and stably bound chamber DNA)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å
|
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8FS6
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 4 (partially closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
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8FS7
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 5 (closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 4
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å
|
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8FS8
Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 5-nt gapped DNA (9-1-1 encircling fully bound DNA)
提交 2023-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:undecameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
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AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 4
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å
|
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8THB
Structure of the Saccharomyces cerevisiae PCNA clamp unloader Elg1-RFC complex
提交 2023-07-14
|
聚集状态不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 3
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
8THD
Structure of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to PCNA
提交 2023-07-14
|
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 C
1–336(336 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
MG MAGNESIUM ION × 3
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
|
8TW7
Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo state conformation I
提交 2023-08-20
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 3
9–335(327 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
8TW8
Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo state conformation I
提交 2023-08-20
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 3
9–335(327 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
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8TWA
Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex
提交 2023-08-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:14-meric
|
链 3
9–335(327 aa)
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
8TWB
Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-DNA complex
提交 2023-08-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 3
9–335(327 aa)
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9PEO
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å
|
|
9PER
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å
|
|
9PES
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å
|
|
9PET
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.57 Å
|
|
9PEU
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å
|
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9PEV
Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
提交 2025-07-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 C
1–340(340 aa)
|
未记录
|
ACT ACETATE ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å
|