8thc

Structure of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to a cracked PCNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 140.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELG1 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4F7G7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–791 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (A0A6B7JGY6) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8H4F7G7_YEASX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–791; UniProt 1–791

Replication factor C subunit 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40339

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–323 未记录 ELG1 isoform 1 × 1 (A0A8H4F7G7) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (A0A6B7JGY6) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC4_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–323; UniProt 1–323

Replication factor C subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–336 未记录 ELG1 isoform 1 × 1 (A0A8H4F7G7) Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (A0A6B7JGY6) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC3_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336

Replication factor C subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40348

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–353 未记录 ELG1 isoform 1 × 1 (A0A8H4F7G7) Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (A0A6B7JGY6) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC2_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–353; UniProt 1–353

Replication factor C subunit 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38251

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–354 未记录 ELG1 isoform 1 × 1 (A0A8H4F7G7) Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (A0A6B7JGY6) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC5_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Proliferating cell nuclear antigen

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6B7JGY6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–258 链 G; UniProt 1–258 链 H; UniProt 1–258 未记录 ELG1 isoform 1 × 1 (A0A8H4F7G7) Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6B7JGY6_YEASX
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 3–260; UniProt 1–258 作者链 G; PDB构建体 3–260; UniProt 1–258 作者链 H; PDB构建体 3–260; UniProt 1–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8thc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8thc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8thc
沉积日期 deposition_date2023-07-14
结构标题 titleStructure of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to a cracked PCNA
关键词 keywordsDNA replication, DNA sliding clamp, PCNA clamp, clamp loader/unloader, Elg1-RFC unloader, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.58
零角强度 I(0) i01206440000.00
分子量 molecular_weight291180.0 kDa
排除体积 excluded_volume366280 ų
包络体积 envelope_volume519140 ų
水化壳体积 shell_volume92945 ų
包络直径 envelope_diameter144.5
壳层 Rg shell_rg53.06
包络 Rg envelope_rg43.36
形状 Rg shape_rg44.61
总 Rg total_rg44.84
总原子数 total_atoms20430
残基数 n_residues2558
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax140.9
Rg (实空间) rg_real44.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real1.2060e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1207000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8972
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.4
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.539
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha162400000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)