SAXSdb — 8tk7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein EncA

Myxococcus xanthus DK 1622

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase × 180 （E5BBQ0）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase × 3 （E5BBQ0）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase × 15 （E5BBQ0）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase × 18 （E5BBQ0）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase × 3 （E5BBQ0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENCAP_MYXXD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 C； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

Homo sapiens

UniProt E5BBQ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 180 （Q1D6H4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 3 （Q1D6H4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 15 （Q1D6H4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 18 （Q1D6H4）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Type 1 encapsulin shell protein EncA × 3 （Q1D6H4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E5BBQ0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–183； UniProt 1–182 作者链 E； PDB构建体 2–183； UniProt 1–182 作者链 F； PDB构建体 2–183； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tk7
沉积日期 deposition_date	2023-07-25
结构标题 title	Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein
关键词 keywords	Encapsulin, nanocompartment, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8tk7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8tk7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8tk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	162.20 Å
总 Rg	162.30 Å
原子数	402120
残基数	51660
排除体积	7139900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8tk7__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8tk7__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`8tk7__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`8tk7__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`8tk7__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type 1 encapsulin shell protein EncA
分子量 formula_weight	31692.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	6702

MPDFLGHAENPLREEEWARLNETVIQVARRSLVGRRILDIYGPLGAGVQTVPYDEFQGVSPGAVDIVGEQETAMVFTDARKFKTIPIIYKDFLLHWRDIEAARTHNMPLDVSAAAGAAALCAQQEDELIFYGDARLGYEGLMTANGRLTVPLGDWTSPGGGFQAIVEATRKLNEQGHFGPYAVVLSPRLYSQLHRIYEKTGVLEIETIRQLASDGVYQSNRLRGESGVVVSTGRENMDLAVSMDMVAAYLGASRMNHPFRVLEALLLRIKHPDAICTLEGAGATERR

来源 Source

来源生物 organism	Myxococcus xanthus DK 1622
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246197
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
分子量 formula_weight	21482.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,D,F

MGPGSDKDCEMKRTTLDSPLGKLELSGCEQGLHEIIFLGKGTSAADAVEVPAPAAVLGGPEPLMQATAWLNAYFHQPEAIEEFPVPALHHPVFQQESFTRQVLWKLLKVVKFGEVISYSHLAALAGNPAATAAVKTALSGNPVPILIPCHRVVQGDLDVGGYEGGLAVKEWLLAHEGHRLGKRGGGSGGGSPEKRLTVGSLRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8tk7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	8tk7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	8tk7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50680

Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein EncA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tk7__assembly_1__model_1

8tk7__assembly_1__model_1 | I(q)

8tk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 encapsulin shell protein EncA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8tk7__assembly_1__model_1

8tk7__assembly_1__model_1 | I(q)

8tk7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)