8tnt

Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 213.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Epstein-Barr virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–674	未记录	Envelope glycoprotein L × 1 （P03212） Glycoprotein 42 × 1 （P03205） 769C2 light chain × 1 769C2 heavy chain × 1 F-2-1 light chain × 1 F-2-1 heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；280 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8TNT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 3 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 5 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 20–672（653 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residue 20-672)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
5T1D Crystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex 提交 2016-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–674（655 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–679（660 aa）片段：UNP residues 20-679	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 20–679（660 aa）片段：UNP residues 20-679	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7S07 Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 提交 2021-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 18–674（657 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane	分辨率 3.29 Å R-free 0.291
7S1B Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoproteins gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769C2 and 770F7 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 18–674（657 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 24% PEG3350, 7.5% Glycerol	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 17–674（658 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 17–674（658 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281

共 7 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–656； UniProt 19–674

Envelope glycoprotein L

Epstein-Barr virus

UniProt P03212

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–135	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （P03231） Glycoprotein 42 × 1 （P03205） 769C2 light chain × 1 769C2 heavy chain × 1 F-2-1 light chain × 1 F-2-1 heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；280 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8TNT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 2 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 4 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 6 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
3PHF Crystal Structure of the Epstein-Barr virus gH and gL complex 提交 2010-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 24–131（108 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN (unp residues 24-131)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；24% PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M NDSB256-4T , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.58 Å R-free 0.313
5T1D Crystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex 提交 2016-08-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 24–135（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 24–137（114 aa）片段：UNP residues 24-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 24–137（114 aa）片段：UNP residues 24-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7CZE Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2 提交 2020-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 24–132（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7S07 Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 提交 2021-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 27–124（98 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane	分辨率 3.29 Å R-free 0.291
7S1B Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoproteins gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769C2 and 770F7 提交 2021-09-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 24–137（114 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH7.4, 24% PEG3350, 7.5% Glycerol	分辨率 3.03 Å R-free 0.288
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 24–135（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 24–135（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281

共 7 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GL_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 24–135

Glycoprotein 42

Epstein-Barr virus

UniProt P03205

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 33–223	未记录	Envelope glycoprotein H × 1 （P03231） Envelope glycoprotein L × 1 （P03212） 769C2 light chain × 1 769C2 heavy chain × 1 F-2-1 light chain × 1 F-2-1 heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；280 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8TNT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KG0 Structure of the Epstein-Barr Virus gp42 Protein Bound to the MHC class II Receptor HLA-DR1 提交 2001-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 86–221（136 aa）片段：Extracellular Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；300 K；PEG 4000, Ammonium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.65 Å R-free 0.247
3FD4 Crystal Structure of Epstein-Barr virus gp42 protein 提交 2008-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–223（191 aa）链 B 33–223（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；298 K；30% PEG-3000, 100 mM CHES pH 9.5, 10 mM YCl3, 25 mM tris pH 7.5, 150 mM NaCl, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3FD4 Crystal Structure of Epstein-Barr virus gp42 protein 提交 2008-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–223（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；298 K；30% PEG-3000, 100 mM CHES pH 9.5, 10 mM YCl3, 25 mM tris pH 7.5, 150 mM NaCl, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3FD4 Crystal Structure of Epstein-Barr virus gp42 protein 提交 2008-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 33–223（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；298 K；30% PEG-3000, 100 mM CHES pH 9.5, 10 mM YCl3, 25 mM tris pH 7.5, 150 mM NaCl, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 X 47–81（35 aa）片段：UNP residues 47-81	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
5W0K Crystal structure of EBV gHgL/CL40/gp42 N-domain 提交 2017-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Y 47–81（35 aa）片段：UNP residues 47-81	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.25 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 33–223（191 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TNN Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with gp42 antibody A10 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 33–223（191 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.1M citric-acid-BIS-TRIS propane, and 10% PEG 3,350	分辨率 3.36 Å R-free 0.281
8TOO Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12 提交 2023-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 85–223（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.2M zinc acetate dihydrate, and 18% PEG 3,350	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
8TOO Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12 提交 2023-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 85–223（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.2M zinc acetate dihydrate, and 18% PEG 3,350	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
8TOO Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12 提交 2023-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 85–223（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.2M zinc acetate dihydrate, and 18% PEG 3,350	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
8TOO Crystal structure of Epstein-Barr virus gp42 in complex with antibody 4C12 提交 2023-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 85–223（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 0.2M zinc acetate dihydrate, and 18% PEG 3,350	分辨率 2.60 Å R-free 0.275

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	GP42_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–191； UniProt 33–223

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tnt
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2
关键词 keywords	Viral Protein, Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.02 Å
零角强度 I(0) i0	546725000.00
分子量 molecular_weight	195010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244100 Å³
包络体积 envelope_volume	367790 Å³
水化壳体积 shell_volume	57198 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.4 Å
壳层 Rg shell_rg	49.86 Å
包络 Rg envelope_rg	63.05 Å
形状 Rg shape_rg	62.00 Å
总 Rg total_rg	61.69 Å
总原子数 total_atoms	13731
残基数 n_residues	1810
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.7 Å
Rg (实空间) rg_real	62.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	544700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7721
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.149
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha	19130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.611; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.698; Smooth: 0.504

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	72687.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13731

SLSEVKLHLDIEGHASHYTIPWTELMAKVPGLSPEALWREANVTEDLASMLNRYKLIYKTSGTLGIALAEPVDIPAVSEGSMQVDASKVHPGVISGLNSPACMLSAPLEKQLFYYIGTMLPNTRPHSYVFYQLRCHLSYVALSINGDKFQYTGAMTSKFLMGTYKRVTEKGDEHVLSLVFGKTKDLPDLRGPFSYPSLTSAQSGDYSLVIVTTFVHYANFHNYFVPNLKDMFSRAVTMTAASYARYVLQKLVLLEMKGGCREPELDTETLTTMFEVSVAFFKVGHAVGETGNGCVDLRWLAKSFFELTVLKDIIGICYGATVKGMQSYGLERLAAMLMATVKMEELGHLTTEKQEYALRLATVGYPKAGVYSGLIGGATSVLLSAYNRHPLFQPLHTVMRETLFIGSHVVLRELRLNVTTQGPNLALYQLLSTALCSALEIGEVLRGLALGTESGLFSPCYLSLRFDLTRDKLLSMAPQEATLDQAAVSNAVDGFLGRLSLEREDRDAWHLPAYKCVDRLDKVLMIIPLINVTFIISSDREVRGSALYEASTTYLSSSLFLSPVIMNKCSQGAVAGEPRQIPKIQNFTRTQKSCIFCGFALLSYDEKEGLETTTYITSQEVQNSILSSNYFDFDNLHVHYLLLTTNGTVMEIAGLY

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein L
分子量 formula_weight	12475.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

WAYPCCHVTQLRAQHLLALENISDIYLVSNQTCDGFSLASLNSPKNGSNQLVISRCANGLNVVSFFISILKRSSSALTGHLRELLTTLETLYGSFSVEDLFGANLNRYAWHR

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein 42
分子量 formula_weight	21626.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GGGRVAAAAITWVPKPNVEVWPVDPPPPVNFNKTAEQEYGDKEVKLPHWTPTLHTFQVPQNYTKANCTYCNTREYTFSYKGCCFYFTKKKHTWNGCFQACAELYPCTYFYGPTPDILPVVTRNLNAIESLWVGVYRVGEGNWTSLDGGTFKVYQIFGSHCTYVSKFSTVPVSHHECSFLKPCLCVSQRSNS

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	769C2 light chain
分子量 formula_weight	22842.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QSVLTQPASVSGSLGQSVTISCTGTSSDVGGYDYVSWYQQHPGKALKLMIFEVNNRPSGVSTRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCNSYSTTTTWVFGGGTSLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	769C2 heavy chain
分子量 formula_weight	24670.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSTYAMDWVRQAPGKGLEWVSLISSRSSNIYYSDSVKGRFTISRDNAKNSLFLQMNSLRAEDTAVYYCAREAGGFHSHFDMWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	F-2-1 light chain
分子量 formula_weight	23723.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASKSVSTSGYSYMHWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCLHSRDLPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	F-2-1 heavy chain
分子量 formula_weight	24759.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSRYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSTINYTSSLKDKFIISRDNAKNTLYLQMSKVRSEDTALYYCARQGDWWYFDVWGAGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.317 Å
晶胞边长 b length_b	85.172 Å
晶胞边长 c length_c	119.714 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	46.320 Å
R 因子 r_factor	0.2562
R_work r_work	0.2545
R_free r_free	0.2866

fit	/app/data/saxs_computation/tn/8tnt/8tnt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tn/8tnt/8tnt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tn/8tnt/8tnt.dat

Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycoprotein 42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)