8ttc

Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q9EQH3） CITRIC ACID × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q9EQH3） SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY × 1 （Q641Q2） ACETATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS29_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 C； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

Mus musculus

UniProt Q9EQH3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9QZ88） CITRIC ACID × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9QZ88） SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY × 1 （Q641Q2） ACETATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS35_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–316； UniProt 483–796 作者链 D； PDB构建体 3–316； UniProt 483–796

SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY

物种未注明

UniProt Q641Q2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9QZ88） Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 1 （Q9EQH3） ACETATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WAC2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–14； UniProt 1289–1302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ttc
沉积日期 deposition_date	2023-08-13
最后修订 last_revision	2024-08-21
结构标题 title	Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)
关键词 keywords	Vps29, Vps35, Fam21, Retromer, WASH complex, Endosome, Protein transport, endocytosis; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ttc__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ttc__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ttc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.65 Å
Rg（电子密度）	23.52 Å
总 Rg	24.53 Å
原子数	3896
残基数	484
排除体积	69501 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ttc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8ttc__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	20521.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7807

MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	36237.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSDFADEQSLVGRFIHLLRSDDPDQQYLILNTARKHFGAGGNQRIRFTLPPLVFAAYQLAFRYKENSQMDDKWEKKCQKIFSFAHQTISALIKAELAELPLRLFLQGALAAGEIGFENHETVAYEFMSQAFSLYEDEISDSKAQLAAITLIIGTFERMKCFSEENHEPLRTQCALAASKLLKKPDQGRAVSTCAHLFWSGRNTDKNGEELHGGKRVMECLKKALKIANQCMDPSLQVQLFIEILNRYIYFYEKENDAVTIQVLNQLIQKIREDLPNLESSEETEQINKHFHNTLEHLRSRRESPESEGPIYEGLIL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY
分子量 formula_weight	1563.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SIFDDDMDDIFSSG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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晶胞边长 a length_a	88.763 Å
晶胞边长 b length_b	88.763 Å
晶胞边长 c length_c	328.291 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	46.580 Å
R 因子 r_factor	0.2393
R_work r_work	0.2376
R_free r_free	0.2705

Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ttc__assembly_2__model_1

8ttc__assembly_2__model_1 | I(q)

8ttc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ttc__assembly_2__model_1

8ttc__assembly_2__model_1 | I(q)

8ttc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)