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8ty7

Crystal structure of 05.GC.w2.3C10 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1)

UniProt G8EHJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–344 片段：HA1 subdomain (UNP residues 18-344) Hemagglutinin × 3 （I1ZFF9） GC_w2_3C10, heavy chain × 3 GC_w2_3C10, light chain × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.4, 18% PEG3350 分辨率 3.21 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TY7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9Y3X Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 3_H2 antibody 提交 2025-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 18–340（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Tri-potassium citrate, 20% (w/v) PEG3350, pH 8.3
分辨率 3.39 Å R-free 0.261
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 18–340（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.80 Å R-free 0.240
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–340（323 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.80 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G8EHJ9_I09A0
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–331； UniProt 18–344

Hemagglutinin

Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1)

UniProt I1ZFF9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 326–499 片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499) Hemagglutinin × 3 （G8EHJ9） GC_w2_3C10, heavy chain × 3 GC_w2_3C10, light chain × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.4, 18% PEG3350 分辨率 3.21 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TY7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8TXP Crystal structure of 05.GC.w13.01 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1) 提交 2023-08-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 326–499（174 aa） 片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.2, 20% PEG3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.292
9Y3X Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 3_H2 antibody 提交 2025-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 326–499（174 aa） 片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Tri-potassium citrate, 20% (w/v) PEG3350, pH 8.3
分辨率 3.39 Å R-free 0.261
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 326–499（174 aa） 片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.80 Å R-free 0.240
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 326–499（174 aa） 片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.80 Å R-free 0.240

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I1ZFF9_9INFA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–174； UniProt 326–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ty7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ty7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ty7
沉积日期 deposition_date2023-08-24
结构标题 titleCrystal structure of 05.GC.w2.3C10 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
关键词 keywordsH1N1, Antibody, Hemagglutinin, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.50 Å
零角强度 I(0) i0165789000.00
分子量 molecular_weight102560.0 kDa
排除体积 excluded_volume127590 ų
包络体积 envelope_volume175710 ų
水化壳体积 shell_volume39244 ų
包络直径 envelope_diameter139.7 Å
壳层 Rg shell_rg42.38 Å
包络 Rg envelope_rg38.83 Å
形状 Rg shape_rg39.52 Å
总 Rg total_rg39.61 Å
总原子数 total_atoms7219
残基数 n_residues926
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.7 Å
Rg (实空间) rg_real39.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal165800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8725
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.0 Å
偏度 Skewness skewness0.278
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12490000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.799
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)