8u77

Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID subunit 14

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P35189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 176–243 未记录 Protein YNG1 × 1 (Q08465) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 176–243 未记录 Protein YNG1 × 1 (Q08465) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 176–243 未记录 Protein YNG1 × 1 (Q08465) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 176–243 未记录 Protein YNG1 × 1 (Q08465) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAF14_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–72; UniProt 176–243 作者链 C; PDB构建体 5–72; UniProt 176–243 作者链 E; PDB构建体 5–72; UniProt 176–243 作者链 G; PDB构建体 5–72; UniProt 176–243

Protein YNG1

物种未注明

UniProt Q08465

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 113–124 片段:UNP residues 113-124 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 (P35189) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 113–124 片段:UNP residues 113-124 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 (P35189) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 113–124 片段:UNP residues 113-124 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 (P35189) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 113–124 片段:UNP residues 113-124 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 × 1 (P35189) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4 分辨率 1.93 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YNG1_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–12; UniProt 113–124 作者链 D; PDB构建体 1–12; UniProt 113–124 作者链 F; PDB构建体 1–12; UniProt 113–124 作者链 H; PDB构建体 1–12; UniProt 113–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u77

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u77
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u77
沉积日期 deposition_date2023-09-14
最后修订 last_revision2024-08-21
结构标题 titleCrystal structure of Taf14 in complex with Yng1
关键词 keywordsComplex, Taf14, Yng1, transcription factor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.95
零角强度 I(0) i019858600.00
分子量 molecular_weight35962.0 kDa
排除体积 excluded_volume46045 ų
包络体积 envelope_volume55734 ų
水化壳体积 shell_volume21654 ų
包络直径 envelope_diameter73.3
壳层 Rg shell_rg28.10
包络 Rg envelope_rg21.89
形状 Rg shape_rg21.94
总 Rg total_rg22.84
总原子数 total_atoms2529
残基数 n_residues318
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.8
Rg (实空间) rg_real23.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.9860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8948
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.6
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.445
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5518000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)