8uh7

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sliding-clamp-loader small subunit

Tequatrovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–187	未记录	Sliding-clamp-loader large subunit × 4 （P04526） Sliding clamp × 3 （P04525） Template DNA strand × 1 Primer DNA strand × 1 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl	分辨率 2.63 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8UH7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–187（186 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 K 2–187（186 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–187（186 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–187（186 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–187（187 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 Q 1–187（187 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–187（187 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–187（187 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOADS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

Sliding-clamp-loader large subunit

Tequatrovirus

UniProt P04526

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–319 链 C； UniProt 1–319 链 D； UniProt 1–319 链 E； UniProt 1–319	未记录	Sliding-clamp-loader small subunit × 1 （P04527） Sliding clamp × 3 （P04525） Template DNA strand × 1 Primer DNA strand × 1 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl	分辨率 2.63 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8UH7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 L 1–319（319 aa）链 M 1–319（319 aa）链 N 1–319（319 aa）链 O 1–319（319 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	突变：D110C 突变：D110C 突变：D110C 突变：D110C	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 K 1–319（319 aa）链 L 1–319（319 aa）链 M 1–319（319 aa）链 N 1–319（319 aa）	突变：D110C 突变：D110C 突变：D110C 突变：D110C	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–319（319 aa）链 C 1–319（319 aa）链 D 1–319（319 aa）链 E 1–319（319 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOADL_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–324； UniProt 1–319 作者链 C； PDB构建体 6–324； UniProt 1–319 作者链 D； PDB构建体 6–324； UniProt 1–319 作者链 E； PDB构建体 6–324； UniProt 1–319

Sliding clamp

Tequatrovirus

UniProt P04525

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–228 链 G； UniProt 1–228 链 H； UniProt 1–228	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Sliding-clamp-loader small subunit × 1 （P04527） Sliding-clamp-loader large subunit × 4 （P04526） Template DNA strand × 1 Primer DNA strand × 1 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl	分辨率 2.63 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8UH7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZD CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4 提交 1999-09-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.259
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 P 1–228（228 aa）链 Q 1–228（228 aa）链 R 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6DRT Crystal structure of the processivity clamp GP45 complexed with recognition peptide of ligase from bacteriophage T4 提交 2018-06-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.240
7D7D CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex 提交 2020-10-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）链 I 1–228（228 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 R 1–228（228 aa）链 S 1–228（228 aa）链 T 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9E5Y T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1 提交 2024-10-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9EA2 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 2 提交 2024-11-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9EA3 T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase 提交 2024-11-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9EA6 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 3 提交 2024-11-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLAMP_BPT4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 G； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 H； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uh7
沉积日期 deposition_date	2023-10-07
结构标题 title	Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog
关键词 keywords	Clamp loader, T4, AAA+ATPase, REPLICATION, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.77 Å
零角强度 I(0) i0	1966420000.00
分子量 molecular_weight	237090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225620 Å³
包络体积 envelope_volume	427310 Å³
水化壳体积 shell_volume	83534 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.13 Å
包络 Rg envelope_rg	40.05 Å
形状 Rg shape_rg	40.82 Å
总 Rg total_rg	40.97 Å
总原子数 total_atoms	17766
残基数 n_residues	2168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1967000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8273
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	163600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader small subunit
分子量 formula_weight	21391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17800

MSLFKDDIQLNEHQVAWYSKDWTAVQSAADSFKEKAENEFFEIIGAINNKTKCSIAQKDYSKFMVENALSQFPECMPAVYAMNLIGSGLSDEAHFNYLMAAVPRGKRYGKWAKLVEDSTEVLIIKLLAKRYQVNTNDAINYKSILTKNGKLPLVLKELKGLVTDDFLKEVTKNVKEQKQLKKLALEW

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader large subunit
分子量 formula_weight	36189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E

GPGGSMITVNEKEHILEQKYRPSTIDECILPAFDKETFKSITSKGKIPHIILHSPSPGTGKTTVAKALCHDVNADMMFVNGSDCKIDFVRGPLTNFASAASFDGRQKVIVIDEFDRSGLAESQRHLRSFMEAYSSNCSIIITANNIDGIIKPLQSRCRVITFGQPTDEDKIEMMKQMIRRLTEICKHEGIAIADMKVVAALVKKNFPDFRKTIGELDSYSSKGVLDAGILSLVTNDRGAIDDVLESLKNKDVKQLRALAPKYAADYSWFVGKLAEEIYSRVTPQSIIRMYEIVGENNQYHGIAANTELHLAYLFIQLACEMQWK

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Sliding clamp
分子量 formula_weight	25162.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H

MKLSKDTTALLKNFATINSGIMLKSGQFIMTRAVNGTTYAEANISDVIDFDVAIYDLNGFLGILSLVNDDAEISQSEDGNIKIADARSTIFWPAADPSTVVAPNKPIPFPVASAVTEIKAEDLQQLLRVSRGLQIDTIAITVKEGKIVINGFNKVEDSALTRVKYSLTLGDYDGENTFNFIINMANMKMQPGNYKLLLWAKGKQGAAKFEGEHANYVVALEADSTHDF

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Template DNA strand
分子量 formula_weight	9172.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TTTTTTTTTTTATGTACTCGTAGTGTCTGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Primer DNA strand
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GCAGACACTACGAGTACATA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ;
分子量 formula_weight	492.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.351 Å
晶胞边长 b length_b	118.325 Å
晶胞边长 c length_c	132.882 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.628 Å
最低分辨率 resolution_low	49.649 Å
R 因子 r_factor	0.1952
R_work r_work	0.1934
R_free r_free	0.2445

fit	/app/data/saxs_computation/uh/8uh7/8uh7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uh/8uh7/8uh7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uh/8uh7/8uh7.dat

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sliding-clamp-loader small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sliding-clamp-loader large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sliding clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)