8uk9

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 203.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uk9
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
结构标题 title	Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog
关键词 keywords	DNA Replication, AAA+ ATPase, Bacteriophage, Complex, DNA, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.00 Å
零角强度 I(0) i0	3823820000.00
分子量 molecular_weight	506440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	627940 Å³
包络体积 envelope_volume	906150 Å³
水化壳体积 shell_volume	124640 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.90 Å
包络 Rg envelope_rg	58.47 Å
形状 Rg shape_rg	59.02 Å
总 Rg total_rg	59.01 Å
总原子数 total_atoms	35414
残基数 n_residues	4357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3823000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8602
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.374
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1084000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.771

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader small subunit
分子量 formula_weight	21391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,Q
原子数 atom_count	35422

MSLFKDDIQLNEHQVAWYSKDWTAVQSAADSFKEKAENEFFEIIGAINNKTKCSIAQKDYSKFMVENALSQFPECMPAVYAMNLIGSGLSDEAHFNYLMAAVPRGKRYGKWAKLVEDSTEVLIIKLLAKRYQVNTNDAINYKSILTKNGKLPLVLKELKGLVTDDFLKEVTKNVKEQKQLKKLALEW

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader large subunit
分子量 formula_weight	35909.4 kDa
突变 mutation	D110C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,K,L,M,N

SMITVNEKEHILEQKYRPSTIDECILPAFDKETFKSITSKGKIPHIILHSPSPGTGKTTVAKALCHDVNADMMFVNGSDCKIDFVRGPLTNFASAASFDGRQKVIVIDEFCRSGLAESQRHLRSFMEAYSSNCSIIITANNIDGIIKPLQSRCRVITFGQPTDEDKIEMMKQMIRRLTEICKHEGIAIADMKVVAALVKKNFPDFRKTIGELDSYSSKGVLDAGILSLVTNDRGAIDDVLESLKNKDVKQLRALAPKYAADYSWFVGKLAEEIYSRVTPQSIIRMYEIVGENNQYHGIAANTELHLAYLFIQLACEMQWK

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Sliding clamp
分子量 formula_weight	24881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,R,S,T

MKLSKDTTALLKNFATINSGIMLKSGQFIMTRAVNGTTYAEANISDVIDFDVAIYDLNGFLGILSLVNDDAEISQSEDGNIKIADARSTIFWPAADPSTVVAPNKPIPFPVASAVTEIKAEDLQQLLRVSRGLQIDTIAITVKEGKIVINGFNKVEDSALTRVKYSLTLGDYDGENTFNFIINMANMKMQPGNYKLLLWAKGKQGAAKFEGEHANYVVALEADSTHDF

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	DNA template
分子量 formula_weight	7347.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,O

TTTTTATGTACTCGTAGTGTCTGC

Entity 5 polymer

描述 description	DNA primer
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,P

GCAGACACTACGAGTACATA

Entity 6 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.243 Å
晶胞边长 b length_b	231.991 Å
晶胞边长 c length_c	264.511 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.130 Å
R 因子 r_factor	0.2530
R_work r_work	0.2526
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/uk/8uk9/8uk9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uk/8uk9/8uk9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uk/8uk9/8uk9.dat

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)