8ulg

Cryo-EM structure of bovine phosphodiesterase 6 bound to IBMX

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ;

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ; × 1 （P23439） ;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 2 （P04972） CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE6A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–859； UniProt 1–859

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ;

物种未注明

UniProt P23439

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ; × 1 （P11541） ;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 2 （P04972） CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE6B_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–853； UniProt 1–853

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

物种未注明

UniProt P04972

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ; × 1 （P11541） ;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ; × 1 （P23439） CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNRG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87 作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ulg
沉积日期 deposition_date	2023-10-16
结构标题 title	Cryo-EM structure of bovine phosphodiesterase 6 bound to IBMX
关键词 keywords	phosphodiesterase, GPCR effector enzyme, SIGNALING PROTEIN, inhibitor, SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex; SIGNALING PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ulg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ulg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ulg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.55 Å
Rg（电子密度）	48.46 Å
总 Rg	48.48 Å
原子数	14635
残基数	1789
排除体积	261130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ulg__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ;
分子量 formula_weight	99461.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14635

MGEVTAEEVEKFLDSNVSFAKQYYNLRYRAKVISDLLGPREAAVDFSNYHALNSVEESEIIFDLLRDFQDNLQAEKCVFNVMKKLCFLLQADRMSLFMYRARNGIAELATRLFNVHKDAVLEECLVAPDSEIVFPLDMGVVGHVALSKKIVNVPNTEEDEHFCDFVDTLTEYQTKNILASPIMNGKDVVAIIMVVNKVDGPHFTENDEEILLKYLNFANLIMKVFHLSYLHNCETRRGQILLWSGSKVFEELTDIERQFHKALYTVRAFLNCDRYSVGLLDMTKQKEFFDVWPVLMGEAPPYAGPRTPDGREINFYKVIDYILHGKEDIKVIPNPPPDHWALVSGLPTYVAQNGLICNIMNAPSEDFFAFQKEPLDESGWMIKNVLSMPIVNKKEEIVGVATFYNRKDGKPFDEMDETLMESLTQFLGWSVLNPDTYELMNKLENRKDIFQDMVKYHVKCDNEEIQTILKTREVYGKEPWECEEEELAEILQGELPDADKYEINKFHFSDLPLTELELVKCGIQMYYELKVVDKFHIPQEALVRFMYSLSKGYRRITYHNWRHGFNVGQTMFSLLVTGKLKRYFTDLEALAMVTAAFCHDIDHRGTNNLYQMKSQNPLAKLHGSSILERHHLEFGKTLLRDESLNIFQNLNRRQHEHAIHMMDIAIIATDLALYFKKRTMFQKIVDQSKTYETQQEWTQYMMLDQTRKEIVMAMMMTACDLSAITKPWEVQSKVALLVAAEFWEQGDLERTVLQQNPIPMMDRNKADELPKLQVGFIDFVCTFVYKEFSRFHEEITPMLDGITNNRKEWKALADEYETKMKGLEEEKQKQQAANQAAAGSQHGGKQPGGGPASKSCCVQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ;
分子量 formula_weight	98449.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSLSEGQVHRFLDQNPGFADQYFGRKLSPEDVANACEDGCPEGCTSFRELCQVEESAALFELVQDMQENVNMERVVFKILRRLCSILHADRCSLFMYRQRNGVAELATRLFSVQPDSVLEDCLVPPDSEIVFPLDIGVVGHVAQTKKMVNVQDVMECPHFSSFADELTDYVTRNILATPIMNGKDVVAVIMAVNKLDGPCFTSEDEDVFLKYLNFGTLNLKIYHLSYLHNCETRRGQVLLWSANKVFEELTDIERQFHKAFYTVRAYLNCDRYSVGLLDMTKEKEFFDVWPVLMGEAQAYSGPRTPDGREILFYKVIDYILHGKEDIKVIPSPPADHWALASGLPTYVAESGFICNIMNAPADEMFNFQEGPLDDSGWIVKNVLSMPIVNKKEEIVGVATFYNRKDGKPFDEQDEVLMESLTQFLGWSVLNTDTYDKMNKLENRKDIAQDMVLYHVRCDREEIQLILPTRERLGKEPADCEEDELGKILKEVLPGPAKFDIYEFHFSDLECTELELVKCGIQMYYELGVVRKFQIPQEVLVRFLFSVSKGYRRITYHNWRHGFNVAQTMFTLLMTGKLKSYYTDLEAFAMVTAGLCHDIDHRGTNNLYQMKSQNPLAKLHGSSILERHHLEFGKFLLSEETLNIYQNLNRRQHEHVIHLMDIAIIATDLALYFKKRTMFQKIVDESKNYEDRKSWVEYLSLETTRKEIVMAMMMTACDLSAITKPWEVQSKVALLVAAEFWEQGDLERTVLDQQPIPMMDRNKAAELPKLQVGFIDFVCTFVYKEFSRFHEEILPMFDRLQNNRKEWKALADEYEAKVKALEEDQKKETTAKKVGTEICNGGPAPRSSTCRIL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;
分子量 formula_weight	9684.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MNLEPPKAEIRSATRVMGGPVTPRKGPPKFKQRQTRQFKSKPPKKGVQGFGDDIPGMEGLGTDITVICPWEAFNHLELHELAQYGII

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	345.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE
分子量 formula_weight	222.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	863564

Cryo-EM structure of bovine phosphodiesterase 6 bound to IBMX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ulg__assembly_1__model_1

8ulg__assembly_1__model_1 | I(q)

8ulg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of bovine phosphodiesterase 6 bound to IBMX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ulg__assembly_1__model_1

8ulg__assembly_1__model_1 | I(q)

8ulg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)