SAXSdb — 8unk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Regulatory protein Cgi121 × 1 （A0A832SJR9） KEOPS complex Pcc1-like subunit × 1 （I6URN7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAE1B_METJA
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 333–535 作者链 K； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

Regulatory protein Cgi121

Methanocaldococcus jannaschii

UniProt A0A832SJR9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） KEOPS complex Pcc1-like subunit × 1 （I6URN7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A832SJR9_9EURY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–146； UniProt 1–145

KEOPS complex Pcc1-like subunit

Pyrococcus furiosus

UniProt I6URN7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530） Regulatory protein Cgi121 × 1 （A0A832SJR9） Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein × 1 （Q58530）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I6URN7_9EURY
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8unk
沉积日期 deposition_date	2023-10-19
结构标题 title	Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
关键词 keywords	tRNA, modification, t6A, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8unk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8unk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8unk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.88 Å
Rg（电子密度）	32.43 Å
总 Rg	32.62 Å
原子数	9862
残基数	691
排除体积	90634 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8unk__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	23957.5 kDa
突变 mutation	E148R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	9862

KIPEHLIGKGAEADIKRDSYLDFDVIIKERVKKGYRDERLDENIRKSRTAREARYLALVKDFGIPAPYIFDVDLDNKRIMMSYINGKLAKDVIEDNLDIAYKIGEIVGKLHKNDVIHNDLTTSNFIFDKDLYIIDFGLGKISNLDRDKAVDLIVFKKAVLSTHHEKFDEIWERFLEGYKSVYDRWEIILELMKDVERRARYVE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulatory protein Cgi121
分子量 formula_weight	16717.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PMIIRGIRGARINNEIFNLGLKFQILNADVVATKKHVLHAINQAKTKKPIAKSFWMEILVRASGQRQIHEAIKIIGAKDGNVCLICEDEETFRKIYELIGGEIDDSVLEINEDKERLIREIFKIRGFGNVVERVLEKIALIELKKE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
分子量 formula_weight	35772.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MICLGLEGTAEKTGVGIVTSDGEVLFNKTIMYKPPKQGINPREAADHHAETFPKLIKEAFEVVDKNEIDLIAFSQGPGLGPSLRVTATVARTLSLTLKKPIIGVNHCIAHIEIGKLTTEAEDPLTLYVSGGNTQVIAYVSKKYRVFGETLDIAVGNCLDQFARYVNLPHPGGPYIEELARKGKKLVDLPYTVKGMDIAFSGLLTAAMRAYDAGERLEDICYSLQEYAFSMLTEITERALAHTNKGEVMLVGGVAANNRLREMLKAMCEGQNVDFYVPPKEFCGDNGAMIAWLGLLMHKNGRWMSLDETKIIPNYRTDMVEVNWI

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	KEOPS complex Pcc1-like subunit
分子量 formula_weight	9410.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MKAKRVQAKIEIEFPSEDVAKVVYEAVLYEHLSVPYRRSEIDFKLEGKKIILDIKATDSSALRGTVNSYLRWIKAAIDVIEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	386585

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulatory protein Cgi121

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

KEOPS complex Pcc1-like subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8unk__assembly_1__model_1

8unk__assembly_1__model_1 | I(q)

8unk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulatory protein Cgi121

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

KEOPS complex Pcc1-like subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8unk__assembly_1__model_1

8unk__assembly_1__model_1 | I(q)

8unk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)