SAXSdb — 8v2b

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v2b
沉积日期 deposition_date	2023-11-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of mouse type II OSM receptor complex: model for full extracellular assembly
关键词 keywords	cytokine signaling, OSM, gp130, OSMR, CYTOKINE, CYTOKINE-RECEPTOR complex; CYTOKINE/RECEPTOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.44 Å
零角强度 I(0) i0	422051000.00
分子量 molecular_weight	171070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213910 Å³
包络体积 envelope_volume	421130 Å³
水化壳体积 shell_volume	60747 Å³
包络直径 envelope_diameter	195.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.41 Å
包络 Rg envelope_rg	56.25 Å
形状 Rg shape_rg	60.43 Å
总 Rg total_rg	60.44 Å
总原子数 total_atoms	12049
残基数 n_residues	1455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.9 Å
Rg (实空间) rg_real	60.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	422000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8600
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.282

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Oncostatin-M
分子量 formula_weight	20645.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12049

ANRGCSNSSSQLLSQLQNQANLTGNTESLLEPYIRLQNLNTPDLRAACTQHSVAFPSEDTLRQLSKPHFLSTVYTTLDRVLYQLDALRQKFLKTPAFPKLDSARHNILGIRNNVFCMARLLNHSLEIPEPTQTDSGASRSTTTPDVFNTKIGSCGFLWGYHRFMGSVGRVFREWDDGSTRSRR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-6 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	70033.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QLLEPCGYIYPEFPVVQRGSNFTAICVLKEACLQHYYVNASYIVWKTNHAAVPREQVTVINRTTSSVTFTDVVLPSVQLTCNILSFGQIEQNVYGVTMLSGFPPDKPTNLTCIVNEGKNMLCQWDPGRETYLETNYTLKSEWATEKFPDCQSKHGTSCMVSYMPTYYVNIEVWVEAENALGKVSSESINFDPVDKVKPTPPYNLSVTNSEELSSILKLSWVSSGLGGLLDLKSDIQYRTKDASTWIQVPLEDTMSPRTSFTVQDLKPFTEYVFRIRSIKDSGKGYWSDWSEEASGTTYEDRPSRPPSFWYKTNPSHGQEYRSVRLIWKALPLSEANGKILDYEVILTQSKSVSQTYTVTGTELTVNLTNDRYVASLAARNKVGKSAAAVLTIPSPHVTAAYSVVNLKAFPKDNLLWVEWTPPPKPVSKYILEWCVLSENAPCVEDWQQEDATVNRTHLRGRLLESKCYQITVTPVFATGPGGSESLKAYLKQAAPARGPTVRTKKVGKNEAVLAWDQIPVDDQNGFIRNYSISYRTSVGKEMVVHVDSSHTEYTLSSLSSDTLYMVRMAAYTDEGGKDGPEFTFTTPKFAQGEIEEQKLISEEDLGGEQKLISEEDLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Oncostatin-M-specific receptor subunit beta
分子量 formula_weight	82357.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVLEEPLPLTPEIHKVSFQLKLQEVNLEWTVPALTHEELNMIFQIEISRLNISNTIWVENYSTTVKREEAVRWNWTSDIPLECVKHFIRIRALVDDTKSLPQSSWGNWSSWKEVNAKVSVEPDKSLIFPKDKVLEEGSNVTICLMYGQNVYNVSCKLQDEPIHGEQLDSHVSLLKLNNVVFLSDTGTNINCQATKGPKRIFGTVLFVSKVLEEPKNVSCETRDFKTLDCSWEPGVDTTLTWRKQRFQNYTLCESFSKRCEVSNYRNSYTWQITEGSQEMYNFTLTAENQLRKRSVNINFNLTHRVHPKAPQDVTLKIIGATKANMTWKVHSHGNNYTLLCQVKLQYGEVIHEHNVSVHMSANYLFSDLDPDTKYKAFVRCASANHFWKWSDWTQKEFSTPETAPSQALDVWRQVWSENGRRIVTLFWKPLLKSQANGKIISYNIVVENEAKPTESEHYCVWAPALSTNLSLDLQPYKIRITTNNSMGASPESLMVLSNDSGHEEVKEKTIKGIKDAFNISWEPVSGDTMGYVVDWCAHSQDQRCDLQWKNLGPNTTSTTITSDDFKPGVRYNFRIFERSVEHKARLVEKQRGYTQELAPLVNPKVEIPYSTPNSFVLRWPDYDSDFQAGFIKGYLVYVKSKEMQCNQPWERTLLPDNSVLCKYDINGSETKTLTVENLQPESLYEFFVTPYTSAGPGPNETFTKVTTPDARSHML

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	99588

fit	/app/data/saxs_computation/v2/8v2b/8v2b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v2/8v2b/8v2b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v2/8v2b/8v2b.dat

Cryo-EM structure of mouse type II OSM receptor complex: model for full extracellular assembly

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)