8val

Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit delta

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 2	DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） Beta sliding clamp × 2 （P0A988） ;DNA (5'-D(APGPAPCPAPCPTPAPCPGPAPGPTPAPCPAPTPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPAPTPGPTPAPCPTPCPGPTPAPGPTPGPTPCPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

DNA polymerase III subunit tau

Escherichia coli

UniProt P06710

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） Beta sliding clamp × 2 （P0A988） ;DNA (5'-D(APGPAPCPAPCPTPAPCPGPAPGPTPAPCPAPTPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPAPTPGPTPAPCPTPCPGPTPAPGPTPGPTPCPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3X_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–376； UniProt 1–373 作者链 C； PDB构建体 4–376； UniProt 1–373 作者链 D； PDB构建体 4–376； UniProt 1–373

;DNA polymerase III subunit delta' ;

Escherichia coli

UniProt P28631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） Beta sliding clamp × 2 （P0A988） ;DNA (5'-D(APGPAPCPAPCPTPAPCPGPAPGPTPAPCPAPTPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPAPTPGPTPAPCPTPCPGPTPAPGPTPGPTPCPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HOLB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–337； UniProt 1–334

Beta sliding clamp

Escherichia coli

UniProt P0A988

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 7 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） ;DNA (5'-D(APGPAPCPAPCPTPAPCPGPAPGPTPAPCPAPTPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPAPTPGPTPAPCPTPCPGPTPAPGPTPGPTPCPT)-3') ; × 1 ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3B_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–369； UniProt 1–366 作者链 G； PDB构建体 4–369； UniProt 1–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8val
沉积日期 deposition_date	2023-12-11
结构标题 title	Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation
关键词 keywords	Bacterial Clamp Loader Complex, REPLICATION, TRANSFERASE-DNA complex; REPLICATION, TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8val__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8val__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8val__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.14 Å
Rg（电子密度）	42.70 Å
总 Rg	43.06 Å
原子数	20714
残基数	2569
排除体积	366050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8val__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit delta
分子量 formula_weight	38745.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20714

MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTLLLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNLELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEGSEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSVWAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit tau
分子量 formula_weight	41803.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D

GPHMSYQVLARKWRPQTFADVVGQEHVLTALANGLSLGRIHHAYLFSGTRGVGKTSIARLLAKGLNCETGITATPCGVCDNCREIEQGRFVDLIEIDAASRTKVEDTRDLLDNVQYAPARGRFKVYLIDEVHMLSRHSFNALLKTLEEPPEHVKFLLATTDPQKLPVTILSRCLQFHLKALDVEQIRHQLEHILNEEHIAHEPRALQLLARAAEGSLRDALSLTDQAIASGDGQVSTQAVSAMLGTLDDDQALSLVEAMVEANGERVMALINEAAARGIEWEALLVEMLGLLHRIAMVQLSPAALGNDMAAIELRMRELARTIPPTDIQLYYQTLLIGRKELPYAPDRRMGVEMTLLRALAFHPRMPLPEPEVPRQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA polymerase III subunit delta' ;
分子量 formula_weight	37272.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GPHMRWYPWLRPDFEKLVASYQAGRGHHALLIQALPGMGDDALIYALSRYLLCQQPQGHKSCGHCRGCQLMQAGTHPDYYTLAPEKGKNTLGVDAVREVTEKLNEHARLGGAKVVWVTDAALLTDAAANALLKTLEEPPAETWFFLATREPERLLATLRSRCRLHYLAPPPEQYAVTWLSREVTMSQDALLAALRLSAGSPGAALALFQGDNWQARETLCQALAYSVPSGDWYSLLAALNHEQAPARLHWLATLLMDALKRHHGAAQVTNVDVPGLVAELANHLSPSRLQAILGDVCHIREQLMSVTGINRELLITDLLLRIEHYLQPGVVLPVPHL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beta sliding clamp
分子量 formula_weight	40922.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

GPHMKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICRGLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLFETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGRFPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFNVSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPAPCPAPCPTPAPCPGPAPGPTPAPCPAPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GCAGACACTACGAGTACATA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPAPTPGPTPAPCPTPCPGPTPAPGPTPGPTPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	9172.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TTTTTTTTTTTATGTACTCGTAGTGTCTGC

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56656

Structure of the E. coli clamp loader bound to the beta clamp in a Open-DNAp/t conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III subunit tau

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA polymerase III subunit delta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta sliding clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8val__assembly_1__model_1

8val__assembly_1__model_1 | I(q)

8val__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)