SAXSdb — 8vgj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptase alpha/beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–275 链 B； UniProt 31–275 链 C； UniProt 31–275 链 D； UniProt 31–275	未记录	Fab E104.v1.4DS light chain × 4 Fab E104.v1.4DS heavy chain × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VGJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4A6L beta-tryptase inhibitor 提交 2011-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）链 B 31–275（245 aa）链 C 31–275（245 aa）链 D 31–275（245 aa）	未记录	P43 1-{3-[1-({5-[(2-fluorophenyl)ethynyl]furan-2-yl}carbonyl)piperidin-4-yl]phenyl}methanamine × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；PEG 3000 10%, NAACETATE 100 MM PH 5, GLYCEROL 5%, NACL 1.7 M	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.216
4MPU Human beta-tryptase co-crystal structure with (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X2A (6S,8R)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-8-hydroxy-6-(1-hydroxycyclobutyl)-5,7-dioxaspiro[3.4]octane-6,8-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 2A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.216
4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.230
4MPV Human beta-tryptase co-crystal structure with (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	2A4 (2R,4S)-N,N'-bis[3-({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)phenyl]-4-hydroxy-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-5,5-dimethyl-1,3-dioxolane-2,4-dicarboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, individual monocrystals equilibrated with 30% PEG1500, 0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate and soaked 20 hours in same solution supplemented with compound 3A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.230
4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 ACT ACETATE ION × 4 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
4MPW Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 2AJ [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4MPX Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 2AV [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzothiene-4,2-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 6A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
4MQA Human beta-tryptase co-crystal structure with {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) 提交 2013-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275 链 B 31–275（245 aa）片段：UNP residues 31-275	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X00 {(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)bis[5-(methylsulfanyl)benzene-3,1-diyl]}bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound 13A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
5WI6 Human beta-1 tryptase mutant Ile99Cys 提交 2017-07-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）链 B 31–275（245 aa）链 C 31–275（245 aa）链 D 31–275（245 aa）	突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C 突变：I118C	SO4 SULFATE ION × 7 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；ammonium sulfate, polyethylene glycol 1500	分辨率 2.72 Å R-free 0.227
6O1F Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab 提交 2019-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–275（245 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；5% PEG 4000 0.1M lithium sulfate 0.1M Tris pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.233
6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–275（275 aa）	未记录	Y35 (3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}[1,1'-biphenyl]-3-yl){4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}[3,4-di(hydroxy-kappaO)phenyl]methanonato(2-)hydroxyborate(1-) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6P0P Human beta-tryptase co-crystal structure with 5-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-2-(3'-{4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidine-1-carbonyl}-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-2-hydroxy-2H-1,3,2-benzodioxaborol-2-uide 提交 2019-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–275（275 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.9 mg/mL protein incubated with compound for 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6VVU Anti-Tryptase fab E104.v1 bound to tryptase 提交 2020-02-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–275（275 aa）链 B 1–275（275 aa）链 C 1–275（275 aa）链 D 1–275（275 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 4000 and 4% pentaerythritol ethoxylate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
8VGH CryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-tryptase Fab E104.v1 提交 2023-12-27	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 31–275（245 aa）链 B 31–275（245 aa）链 C 31–275（245 aa）链 D 31–275（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8VGI CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.2DS 提交 2023-12-27	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 31–275（245 aa）链 B 31–275（245 aa）链 C 31–275（245 aa）链 D 31–275（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8VGK CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.6DS 提交 2023-12-27	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 31–275（245 aa）链 B 31–275（245 aa）链 C 31–275（245 aa）链 D 31–275（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9MNB Beta1-tryptase monomer bound to inhibitory Fabs E82.AS and E104.v2 提交 2024-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 31–275（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES, 100mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 14 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRYB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–260； UniProt 31–275 作者链 B； PDB构建体 16–260； UniProt 31–275 作者链 C； PDB构建体 16–260； UniProt 31–275 作者链 D； PDB构建体 16–260； UniProt 31–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vgj
沉积日期 deposition_date	2023-12-27
结构标题 title	CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.4DS
关键词 keywords	antibody fragment, fab, protein engineering, tryptase, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.75 Å
零角强度 I(0) i0	1248610000.00
分子量 molecular_weight	291090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	363490 Å³
包络体积 envelope_volume	548380 Å³
水化壳体积 shell_volume	94667 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.3 Å
壳层 Rg shell_rg	52.54 Å
包络 Rg envelope_rg	47.75 Å
形状 Rg shape_rg	49.72 Å
总 Rg total_rg	49.96 Å
总原子数 total_atoms	20480
残基数 n_residues	2548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.1 Å
Rg (实空间) rg_real	49.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1248000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8269
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	0.105
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	88110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.690; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.683

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tryptase alpha/beta-1
分子量 formula_weight	29211.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20579

AGSTHHHHHHDDDDKIVGGQEAPRSKWPWQVSLRVHGPYWMHFCGGSLIHPQWVLTAAHCVGPDVKDLAALRVQLREQHLYYQDQLLPVSRIIVHPQFYTAQIGADIALLELEEPVNVSSHVHTVTLPPASETFPPGMPCWVTGWGDVDNDERLPPPFPLKQVKVPIMENHICDAKYHLGAYTGDDVRIVRDDMLCAGNTRRDSCQGDSGGPLVCKVNGTWLQAGVVSWGEGCAQPNRPGIYTRVTYYLDWIHHYVPKKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab E104.v1.4DS light chain
分子量 formula_weight	23603.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I,L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQSIKSVYNNRLGWYQQKCGKAPKLLIYETSILTSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQCEDFATYYCAGGFDRSGDTTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTCQDSKDCTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab E104.v1.4DS heavy chain
分子量 formula_weight	25323.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,J,K

EVQLVESGPGCVKPSETLSLTCTVSRFSLIGYAITWIRQPPGKGLEWIGGISSAATTFYSSWAKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDPRGYGAALDRLDLWGQGTCVTVSSFSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFCECPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTHHHHHHP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	253508

fit	/app/data/saxs_computation/vg/8vgj/8vgj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vg/8vgj/8vgj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vg/8vgj/8vgj.dat

CryoEM structure of tryptase in complex with engineered conformationally rigid anti-tryptase Fab E104.v1.4DS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptase alpha/beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)