8vhf

Cryo-EM structure of GPR119-Gs-Nb35 complex with small molecule agonist MBX-2982

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 118.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, HiBiT

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT × 1 (P0ABE7,Q8TDV5) 8VP 2-[1-(5-ethylpyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl]-4-[[4-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenoxy]methyl]-1,3-thiazole × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, HiBiT × 1 (P62873) Nanobody35 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT × 1 (P0ABE7,Q8TDV5) 8VP 2-[1-(5-ethylpyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl]-4-[[4-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenoxy]methyl]-1,3-thiazole × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 突变:S54N, G226A, E268A, N271K, K274D, R280K, T284D, I285T Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT × 1 (P0ABE7,Q8TDV5) 8VP 2-[1-(5-ethylpyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl]-4-[[4-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenoxy]methyl]-1,3-thiazole × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT

Oplophorus gracilirostris

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–128 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) 8VP 2-[1-(5-ethylpyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl]-4-[[4-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenoxy]methyl]-1,3-thiazole × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 3–108; UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562,Glucose-dependent insulinotropic receptor,LgBiT

Oplophorus gracilirostris

UniProt Q8TDV5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–335 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, HiBiT × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) 8VP 2-[1-(5-ethylpyrimidin-2-yl)piperidin-4-yl]-4-[[4-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenoxy]methyl]-1,3-thiazole × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GP119_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 113–447; UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8vhf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8vhf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8vhf
沉积日期 deposition_date2024-01-01
结构标题 titleCryo-EM structure of GPR119-Gs-Nb35 complex with small molecule agonist MBX-2982
关键词 keywords;CryoEM, GPCR, Orphan, G protein complex, Active, Agonist, MEMBRANE PROTEIN, Diabetes, native Mass Spectrometry, MEMBRANE PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex ;; MEMBRANE PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.89
零角强度 I(0) i0217481000.00
分子量 molecular_weight118130.0 kDa
排除体积 excluded_volume147790 ų
包络体积 envelope_volume188960 ų
水化壳体积 shell_volume46807 ų
包络直径 envelope_diameter125.9
壳层 Rg shell_rg40.10
包络 Rg envelope_rg34.05
形状 Rg shape_rg33.87
总 Rg total_rg34.41
总原子数 total_atoms8299
残基数 n_residues1057
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.2
Rg (实空间) rg_real34.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real2.1750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal217500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8643
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.5
偏度 Skewness skewness0.456
峰度 Kurtosis kurtosis-0.143
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha56010000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)