SAXSdb — 8vhg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial PAS domain-containing protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 3–361	未记录	Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1 × 1 （Q9WTL8） Reverse strand DNA containing HRE motif × 1 Forward strand DNA containing HRE motif × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VHG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZPH Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with Proflavine 提交 2015-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	PRL PROFLAVIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221
4ZPH Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with Proflavine 提交 2015-05-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221
4ZPK Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with HRE DNA 提交 2015-05-08	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；4% Tacsimate, pH 6.0, 10% PEG3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.321
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
6E3S Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist PT2385 提交 2018-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	突变：W318A	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
6E3T Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist T1001 提交 2018-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	HO7 (6S)-6-(4-bromophenyl)-2,3,5,6-tetrahydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.306
6E3U Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist M1001 提交 2018-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	突变：W318A	HNJ 3-{[2-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}-1H-1lambda~6~,2-benzothiazole-1,1-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.258
7W80 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 in Complex with Antagonist Belzutifan 提交 2021-12-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）	未记录	72Q 3-{[(1S,2S,3R)-2,3-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；Tacsimate, PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
9LJX Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-26 提交 2025-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EKB 4-fluoranyl-~{N}-(3-fluoranyl-2-pyrrolidin-1-yl-phenyl)-1,1-bis(oxidanylidene)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
9LJY Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-14 提交 2025-01-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）	未记录	A1EJ9 4-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.248
9LOH Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-10 提交 2025-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EJ8 4-fluoranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.02 Å R-free 0.262
9LOI Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-16 提交 2025-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EKA 6-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.78 Å R-free 0.275

共 12 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPAS1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–380； UniProt 3–361

Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1

Mus musculus

UniProt Q9WTL8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 75–494	未记录	Endothelial PAS domain-containing protein 1 × 1 （P97481） Reverse strand DNA containing HRE motif × 1 Forward strand DNA containing HRE motif × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VHG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8OSJ Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL-6.2 (DNA conformation 1) 提交 2023-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 69–447（379 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8OSK Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL+5.8 (composite map) 提交 2023-04-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 N 69–447（379 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8OSL Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 N 69–447（379 aa）链 P 69–447（379 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMAL1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 75–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vhg
沉积日期 deposition_date	2024-01-01
结构标题 title	Structure of the BMAL1/HIF2A heterodimer in Complex with DNA
关键词 keywords	Transcriptional factors, heterodimer, DNA recognition, Circadian-dependent cardioprotection, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.73 Å
零角强度 I(0) i0	91855900.00
分子量 molecular_weight	67761.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81451 Å³
包络体积 envelope_volume	125970 Å³
水化壳体积 shell_volume	33916 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.20 Å
包络 Rg envelope_rg	33.59 Å
形状 Rg shape_rg	33.68 Å
总 Rg total_rg	34.16 Å
总原子数 total_atoms	4719
残基数 n_residues	548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8564
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.545
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8398000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.822; Smooth: 0.799

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endothelial PAS domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	43372.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4719

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMADKEKKRSSSELRKEKSRDAARCRRSKETEVFYELAHELPLPHSVSSHLDKASIMRLAISFLRTHKLLSSVCSENESEAEADQQMDNLYLKALEGFIAVVTQDGDMIFLSENISKFMGLTQVELTGHSIFDFTHPCDHEEIRENLTLKNGSGFGKKSKDVSTERDFFMRMKCTVTNRGRTVNLKSATWKVLHCTGQVRVYNNCPPHSSLCGSKEPLLSCLIIMCEPIQHPSHMDIPLDSKTFLSRHSMDMKFTYCDDRILELIGYHPEELLGRSAYEFYHALDSENMTKSHQNLCTKGQVVSGQYRMLAKHGGYVWLETQGTVIYNPRNLQPQCIMCVNYVLSEIEKNDVVFSMDQTES

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
分子量 formula_weight	49248.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFASTCSKKKADRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHMVPQPANGEIRVKSMEYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTAPPHSMDSMLPSGEGGPKRTHPTVPGIPGGTENLYFQSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reverse strand DNA containing HRE motif
分子量 formula_weight	7245.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CACGACCCGCACGTACGCAGCTCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Forward strand DNA containing HRE motif
分子量 formula_weight	7498.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGAGCTGCGTACGTGCGGGTCGTG

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41991

fit	/app/data/saxs_computation/vh/8vhg/8vhg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vh/8vhg/8vhg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vh/8vhg/8vhg.dat

Structure of the BMAL1/HIF2A heterodimer in Complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial PAS domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)