SAXSdb — 8voj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone deacetylase 1 × 1 （Q13547） REST corepressor 1 × 1 （Q9UKL0） ZINC ION × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KBTB4_HUMAN
Isoform	Q9NVX7-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534 作者链 B； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534

Histone deacetylase 1

Homo sapiens

UniProt Q13547

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4 × 2 （Q9NVX7） REST corepressor 1 × 1 （Q9UKL0） ZINC ION × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

REST corepressor 1

Homo sapiens

UniProt Q9UKL0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4 × 2 （Q9NVX7） Histone deacetylase 1 × 1 （Q13547） ZINC ION × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–401； UniProt 86–485

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8voj
沉积日期 deposition_date	2024-01-15
结构标题 title	The Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4 enhanced by UM171 and IP6
关键词 keywords	molecular glue, protein degradation, E3 ligase, transcription and translation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8voj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8voj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8voj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.29 Å
Rg（电子密度）	43.10 Å
总 Rg	43.26 Å
原子数	12109
残基数	1508
排除体积	214550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8voj__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4
分子量 formula_weight	59971.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12109

MKGGNADSWQREKLASMESPEEPGASMDENYFVNYTFKDRSHSGRVAQGIMKLCLEEELFADVTISVEGREFQLHRLVLSAQSCFFRSMFTSNLKEAHNRVIVLQDVSESVFQLLVDYIYHGTVKLRAEELQEIYEVSDMYQLTSLFEECSRFLARTVQVGNCLQVMWLADRHSDPELYTAAKHCAKTHLAQLQNTEEFLHLPHRLLTDIISDGVPCSQNPTEAIEAWINFNKEEREAFAESLRTSLKEIGENVHIYLIGKESSRTHSLAVSLHCAEDDSISVSGQNSLCHQITAACKHGGDLYVVGGSIPRRMWKCNNATVDWEWCAPLPRDRLQHTLVSVPGKDAIYSLGGKTLQDTLSNAVIYYRVGDNVWTETTQLEVAVSGAAGANLNGIIYLLGGEENDLDFFTKPSRLIQCFDTETDKCHVKPYVLPFAGRMHAAVHKDLVFIVAEGDSLVCYNPLLDSFTRLCLPEAWSSAPSLWKIASCNGSIYVFRDRYKKGDANTYKLDPATSAVTVTRGIKVLLTNLQFVLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone deacetylase 1
分子量 formula_weight	55178.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98,3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVKLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	REST corepressor 1
分子量 formula_weight	45974.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIAIAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVPQVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine
分子量 formula_weight	453.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.77 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	186315

The Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4 enhanced by UM171 and IP6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone deacetylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

REST corepressor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8voj__assembly_1__model_1

8voj__assembly_1__model_1 | I(q)

8voj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)

The Cryo-EM structure of LSD1-CoREST-HDAC1 in complex with KBTBD4 enhanced by UM171 and IP6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Kelch repeat and BTB domain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone deacetylase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

REST corepressor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8voj__assembly_1__model_1

8voj__assembly_1__model_1 | I(q)

8voj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)