SAXSdb — 8vq8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vq8
沉积日期 deposition_date	2024-01-17
结构标题 title	Immune receptor complex
关键词 keywords	peptide HLA complex, IMMUNE SYSTEM-VIRAL peptide complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.23 Å
零角强度 I(0) i0	122433000.00
分子量 molecular_weight	87434.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108740 Å³
包络体积 envelope_volume	142870 Å³
水化壳体积 shell_volume	36808 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.20 Å
包络 Rg envelope_rg	34.76 Å
形状 Rg shape_rg	34.24 Å
总 Rg total_rg	34.51 Å
总原子数 total_atoms	6175
残基数 n_residues	777
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	122400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8241
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.579
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.710; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.828; Smooth: 0.753

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	T cell receptor - LCK1-1 TRAV6-5 alpha chain
分子量 formula_weight	22889.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6625

GDSVTQTEGPVTLSEGTSLTVNCSYETKQYPTLFWYVQYPGEGPQLLFKVPKANEKGSSRGFEATYNKEATSFHLQKASVQESDSAVYYCALRISSGSWQLIFGSGTQLTVMPHIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	T cell receptor - LCK1-1 TRBV1 Beta chain
分子量 formula_weight	27806.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VTLLEQNPRWRLVPRGQAVNLRCILKNSQYPWMSWYQQDLQKQLQWLFTLRSPGDKEVKSLPGADYLATRVTDTELRLQVANMSQGRTLYCTCSAELGGDTQYFGPGTRLLVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
分子量 formula_weight	21204.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIEADHVGTYGISVYQSPGDIGQYTFEFDGDELFYVDLDKKETVWMLPEFGQLASFDPQGGLQNIAVVKHNLGVLTKRSNSTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVADGVYETSFFVNRDYSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWTSGLEVLF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
分子量 formula_weight	26266.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QVYSLIRPNENPAHKGSGGSIEGRGGSGASGDSERHFVYQFMGECYFTNGTQRIRYVTRYIYNREEYVRYDSDVGEHRAVTELGRPDAEYWNSQPEILERTRAELDTVCRHNYEGPETHTSLRRLEQPNVVISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPRRGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWTGGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	197.604 Å
晶胞边长 b length_b	197.604 Å
晶胞边长 c length_c	79.331 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	49.400 Å
R 因子 r_factor	0.1881
R_work r_work	0.1866
R_free r_free	0.2151

fit	/app/data/saxs_computation/vq/8vq8/8vq8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vq/8vq8/8vq8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vq/8vq8/8vq8.dat

Immune receptor complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)