8w18

The crystal structure of the Michaelis-Menten complex of a C1s/C1-INH at 3.94 Angstroms

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w18
沉积日期 deposition_date	2024-02-15
结构标题 title	The crystal structure of the Michaelis-Menten complex of a C1s/C1-INH at 3.94 Angstroms
关键词 keywords	complement, C1s, C1 esterase inhibitor, Michaelis complex, reactive center loop, exosite, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.13 Å
零角强度 I(0) i0	111932000.00
分子量 molecular_weight	85810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107810 Å³
包络体积 envelope_volume	146880 Å³
水化壳体积 shell_volume	35632 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.47 Å
包络 Rg envelope_rg	38.21 Å
形状 Rg shape_rg	37.09 Å
总 Rg total_rg	37.41 Å
总原子数 total_atoms	6029
残基数 n_residues	773
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7932
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.704; Smooth: 0.572

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Plasma protease C1 inhibitor
分子量 formula_weight	43997.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	6029

GSTGSTDSPTQPTTGSFCPGPVTLCSDLESHSTEAVLGDALVDFSLKLYHAFSAMKKVETNMAFSPFSIASLLTQVLLGAGENTKTNLESILSYPKDFTCVHQALKGFTTKGVTSVSQIFHSPDLAIRDTFVNASRTLYSSSPRVLSNNSDANLELINTWVAKNTNNKISRLLDSLPSDTRLVLLNAIYLSAKWKTTFDPKKTRMEPFHFKNSVIKVPMMNSKKYPVAHFIDQTLKAKVGQLQLSHNLSLVILVPQNLKHRLEDMEQALSPSVFKAIMEKLEMSKFQPTLLTLPRIKVTTSQDMLSIMEKLEFFDFSYDLNLCGLTEDPDLQVSAMQHQTVLELTETGVEAAAASAISVARTLLVFEVQQPFLFVLWDQQHKFPVFMGRVYDPRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Complement C1s subcomponent light chain
分子量 formula_weight	27668.5 kDa
突变 mutation	S632A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IIGGSDADIKNFPWQVFFDNPWAGGALINEYWVLTAAHVVEGNREPTMYVGSTSVQTSRLAKSKMLTPEHVFIHPGWKLLEVPEGRTNFDNDIALVRLKDPVKMGPTVSPICLPGTSSDYNLMDGDLGLISGWGRTEKRDRAVRLKAARLPVAPLRKCKEVKVEKPTADAEAYVFTPNMICAGGEKGMDSCKGDAGGAFAVQDPNDKTKFYAAGLVSWGPQCGTYGLYTRVKNYVDWIMKTMQENSTPRED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Complement C1s subcomponent heavy chain
分子量 formula_weight	16588.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSTGSMPCPKEDTPNSVWEPAKAKYVFRDVVQITCLDGFEVVEGRVGATSFYSTCQSNGKWSNSKLKCQPVDCGIPESIENGKVEDPESTLFGSVIRYTCEEPYYYMENGGGGEYHCAGNGSWVNEVLGPELPKCVPVCGVPREPFEEKQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.628 Å
晶胞边长 b length_b	168.628 Å
晶胞边长 c length_c	88.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.940 Å
最低分辨率 resolution_low	47.420 Å
R 因子 r_factor	0.2639
R_work r_work	0.2620
R_free r_free	0.2807

fit	/app/data/saxs_computation/w1/8w18/8w18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w1/8w18/8w18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w1/8w18/8w18.dat

The crystal structure of the Michaelis-Menten complex of a C1s/C1-INH at 3.94 Angstroms

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)