8w32

Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transmembrane protein gp41

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 542–591	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.72 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8W32	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIK HIV GP41 CORE STRUCTURE 提交 1997-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 623–656（34 aa）片段：PROTEASE-RESISTANT CORE 链 N 544–579（36 aa）片段：PROTEASE-RESISTANT CORE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；A 10 MG/ML STOCK WAS DILUTED 1:1 IN A SITTING DROP WITH 80 MM NH4CL, 20% PEG200, AND 50% ISOPROPANOL, AND THEN ALLOWED TO EQUILIBRATE AGAINST 80 MM NH4CL, 20% PEG200, AND 30% ISOPROPANOL., pH 6.0, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1DF4 INTERACTIONS BETWEEN HIV-1 GP41 CORE AND DETERGENTS AND THEIR IMPLICATIONS FOR MEMBRANE FUSION 提交 1999-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；SODIUM CITRATE, AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, BETA-OG, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.245
1DF5 INTERACTIONS BETWEEN HIV-1 GP41 CORE AND DETERGENTS AND THEIR IMPLICATIONS FOR MEMBRANE FUSION 提交 1999-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Potassium sodium tartrate, SDS, sodium hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
1DLB HELICAL INTERACTIONS IN THE HIV-1 GP41 CORE REVEALS STRUCTURAL BASIS FOR THE INHIBITORY ACTIVITY OF GP41 PEPTIDES 提交 1999-12-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY)	突变：Q65L 突变：Q65L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1G9M HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 83–127（45 aa）片段：CORE 链 G 195–297（103 aa）片段：CORE 链 G 330–492（163 aa）片段：CORE	突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED 突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED 突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.330
1GC1 HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY 提交 1998-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 83–127（45 aa）片段：CORE 链 G 195–297（103 aa）片段：CORE 链 G 330–492（163 aa）片段：CORE	突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS 突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS 突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, vapor diffusion	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1GZL Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket 提交 2002-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 链 C 628–639（12 aa）片段：RESIDUES 628-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.6；16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
1GZL Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket 提交 2002-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 链 D 628–639（12 aa）片段：RESIDUES 628-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.6；16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
1K33 Crystal structure analysis of the gp41 core mutant 提交 2001-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：gp41 ectodomain core 链 A 628–655（28 aa）片段：gp41 ectodomain core	突变：I48A 突变：I48A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
1K34 Crystal structure analysis of gp41 core mutant 提交 2001-10-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：gp41 ectodomain core 链 A 628–655（28 aa）片段：gp41 ectodomain core	突变：I55A 突变：I55A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.88 Å R-free 0.216
1MZI Solution ensemble structures of HIV-1 gp41 2F5 mAb epitope 提交 2002-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 659–671（13 aa）片段：13 residues 2F5 epitope	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.5 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1RZJ HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 195–492（298 aa）片段：CORE	突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.323
2CMR Crystal structure of the HIV-1 neutralizing antibody D5 Fab bound to the gp41 inner-core mimetic 5-helix 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：5-HELIX, RESIDUES 543-582 AND 625-662 链 A 625–662（38 aa）片段：5-HELIX, RESIDUES 543-582 AND 625-662	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；18% (W/V) PEG 4000, 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL / PH = 8.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
2ME1 HIV-1 gp41 clade B double alanine mutant Membrane Proximal External Region peptide in DPC micelle 提交 2013-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–683（27 aa）片段：membrane proximal external region (UNP residues 657-683)	突变：N671A/N674A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mg/mL DNA nanotube, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MG1 NMR assignment and structure of a peptide derived from the trans-membrane region of HIV-1 gp41 in the presence of hexafluoroisopropanol 提交 2013-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 683–704（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）2；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM TMDp, 67.5 % H2O, 7.5 % [U-100% 2H] D2O, 25 % hexafluoroisopropanol, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, hexafluoroisopropanol/water \| hexafluoroisopropanol/water	分辨率未提供
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2PV6 HIV-1 gp41 Membrane Proximal Ectodomain Region peptide in DPC micelle 提交 2007-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 662–683（22 aa）片段：residues 662-683	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）no salt；压力 ambient NMR样品组成 1mM U-15N,13C MPER + 100mM d38 DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-15N MPER + 100mM d38 DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM unlabeled MPER + 100mM d38 DPC, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683 链 N 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581 链 E 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581 链 B 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2XRA crystal structure of the HK20 Fab in complex with a gp41 mimetic 5- Helix 提交 2010-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：5-HELIX INNER-CORE MIMETIC COMPRISED OF REPEATS OF RESIDUES 543-582 AND 625-662 链 A 625–662（38 aa）片段：5-HELIX INNER-CORE MIMETIC COMPRISED OF REPEATS OF RESIDUES 543-582 AND 625-662	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 (W/V)	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2ZZO Crystal structure of the complex between GP41 fragment N36 and fusion inhibitor C34/S138A 提交 2009-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 628–661（34 aa）片段：FUSION INHIBITOR PEPTIDE C34, UNP residues 628-661 链 N 546–581（36 aa）片段：GP41 FRAGMENT N36, UNP residues 546-581	突变：S138A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；293 K；100MM SODIUM ACETATE BUFFER, PH4.0, 400MM MAGNESIUM CHLORIDE, 12% ETHANOL, pH 4.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.283
3DNL Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the b12-bound state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3DNN Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the unliganded state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3DNO Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the CD4-bound state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3J70 Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b 提交 2014-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500 链 P 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500 链 U 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 20.00 Å
3TYG Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with a glycosylated engineered gp120 outer domain with miniV3 (eODmV3) 提交 2011-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 412–419（8 aa）链 A 445–477（33 aa）链 A 254–297（44 aa）链 A 330–401（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 0.29M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
5C0R Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 628–654（27 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485 链 A 546–577（32 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.19 Å R-free 0.251
5C0S Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 628–654（27 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485 链 A 546–577（32 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5KA5 HIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 A 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG	突变：V549E 突变：V549E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；3M Sodium chloride, 0.1M Sodium Acetate Sample concentration: 6 mg/ml	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5KA6 HIV-1 gp41 variant Q552R and L555M resistance mutations 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 A 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 B 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 B 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 C 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 C 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG	突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.3M Calcium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate Sample concentration: 6.35 mg/ml	分辨率 1.85 Å R-free 0.278
6DLN Oligomeric Structure of the HIV gp41 MPER-TMD in Phospholipid Bilayers 提交 2018-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 665–703（39 aa）片段：residues 665-703 链 B 665–703（39 aa）片段：residues 665-703 链 C 665–703（39 aa）片段：residues 665-703	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.5；263 K；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；233 K；压力 1 NMR样品组成 33 % w/w 4-19F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5 NMR样品组成 33 % w/w [U-13C; U-15N]-L684,I686, G694, 19F-5F-W678, 19F-4F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5 NMR样品组成 33 % w/w [U-13C; U-15N]-L669,I686, A700, 13C'-G694, 19F-5F-W680 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5	分辨率未提供
6PSA PIE12 D-PEPTIDE AGAINST HIV ENTRY (IN COMPLEX WITH IQN17 Q577R RESISTANCE MUTANT) 提交 2019-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276	突变：Q577R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294 K；HAMPTON RESEARCH SALT RX SCREEN, CONDITION B4 - 1.8M AMMONIUM CITRATE DIBASIC, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6	分辨率 1.30 Å R-free 0.217
8TQ7 Crystal structure of Fab.34.2.12 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320) 链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ9 Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.240
8W2Y Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-21	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.63 Å R-free 0.291
8W37 Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 2.07 Å R-free 0.268
9ARN Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), plus N-terminal extension	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.41 Å R-free 0.291
9ARP Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), with N-terminal extension	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, 25% w/v PEG 4000 at pH 4.6	分辨率 2.04 Å R-free 0.369
9ARP Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), with N-terminal extension	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, 25% w/v PEG 4000 at pH 4.6	分辨率 2.04 Å R-free 0.369

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1H2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 32–81； UniProt 542–591

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w32
沉积日期 deposition_date	2024-02-21
最后修订 last_revision	2025-03-05
结构标题 title	Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity
关键词 keywords	HIV, GP41, Virus, Viral Protein, Reverse Hairpin; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.82 Å
零角强度 I(0) i0	1614100.00
分子量 molecular_weight	8618.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10716 Å³
包络体积 envelope_volume	14962 Å³
水化壳体积 shell_volume	7486 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.01 Å
包络 Rg envelope_rg	22.40 Å
形状 Rg shape_rg	21.84 Å
总 Rg total_rg	21.96 Å
总原子数 total_atoms	605
残基数 n_residues	71
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6140e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5760e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1614000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6408
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	13.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.740
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	93770.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.112; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.002; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	9715.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	640

PTSLIEELIRRSEEQQRRNEEALRREDSGGGRQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQED

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	45.057 Å
晶胞边长 b length_b	45.057 Å
晶胞边长 c length_c	219.846 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	36.770 Å
R 因子 r_factor	0.2547
R_work r_work	0.2529
R_free r_free	0.2902

fit	/app/data/saxs_computation/w3/8w32/8w32.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w3/8w32/8w32.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w3/8w32/8w32.dat