8wcj

Crystal structure of GB3 penta mutation L5V/K10H/T16S/K19E/Y33I

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 39.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus sp. group G

UniProt P19909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 444–497 突变:L446V, K451H, T457S, K460E, Y474I 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;60% v/v Tacsimate pH 7.0 分辨率 1.55 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG2_STRSG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–56; UniProt 444–497

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wcj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wcj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wcj
沉积日期 deposition_date2023-09-12
最后修订 last_revision2024-07-31
结构标题 titleCrystal structure of GB3 penta mutation L5V/K10H/T16S/K19E/Y33I
关键词 keywordsImmunoglobulin G binding protein G, PROTEIN BINDING, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.61
零角强度 I(0) i0930565.00
分子量 molecular_weight6073.0 kDa
排除体积 excluded_volume7488 ų
包络体积 envelope_volume8216 ų
水化壳体积 shell_volume7053 ų
包络直径 envelope_diameter36.1
壳层 Rg shell_rg15.49
包络 Rg envelope_rg10.89
形状 Rg shape_rg10.55
总 Rg total_rg12.11
总原子数 total_atoms428
残基数 n_residues56
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.3
Rg (实空间) rg_real11.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real9.3060e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0520e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal930600.0000
解质量估计 total_estimate0.8805
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.4
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.284
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha145300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.944

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)